蛋白质糖基化位点与标准品不匹配该怎么办？

可以做标准品调整，或者选用匹配的标准品

建议使用 PNGaseF（N-多糖酶）处理。

更换标准品，可能是特异性差的原因。

选择多种酶对目标蛋白进行酶解，尽可能完全的覆盖目标蛋白序列。然后将糖基酶切下来后，对该蛋白中的糖基化位点进行分析。确定发生糖基化修饰的肽段后，重新对目标蛋白进行酶解，并且保留肽段上的糖基，进行LC-MS/MS分析时，采用ETD\HCD\CID联合碎裂的方式，获得尽可能丰富的肽段二级碎裂信息。通过对糖基化修饰肽段二级图谱的软件分析以及人工鉴定，获得目标蛋白中糖基化位点及该位点糖型的准确信息。