蛋白质谱鉴定不成功一般有哪些因素?

质谱鉴定不成功主要有两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库。

目前已经有大量的物种完成了全基因组测序，并预测了相应的基因，未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究，如果没有较好的近缘物种也可以使用稍大一些的属或者科的数据库进行检索。除此之外，如果研究人员做过转录组亦可以使用相关的数据建立本地库进行蛋白的质谱鉴定数据库。

质谱鉴定不成功主要可以分为两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库，质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低、蛋白点取得太小不利于操作、虽然经过双向电泳分离但却是某几个蛋白的混合蛋白点、蛋白酶解及质谱操作失误等，要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点，并且取的蛋白点面积需要适当大一些（对于某些很小但很清晰的蛋白点，取点的时候可是适当选择孔径大一些的枪头，把边上空白处适当取到一些也不要紧），避免取点可能混合的蛋白点，具备丰富的酶解质谱操作经验。