WB为什么不能选用琼脂糖凝胶跑电泳，而是选择SDS-PAGE跑电泳？

SDS－PAGE是竖胶，电泳点样孔与电泳方向平行，点样的时候肯定会造成样品分布不均。所以需要一个高浓度的胶来预电泳保证在分离胶的时候所有蛋白处于同一水平。而琼脂糖凝胶电泳时，胶是横着的，点样孔方向与胶的方向垂直，所以加样的时候不会导致样品电泳时不在同一水平。

聚丙烯酰胺形成的孔比用于琼脂糖凝胶电泳的琼脂糖的孔小。这使得它更适合于在大型多核苷酸DNA或RNA片段上分离蛋白质，并允许分离相对较小的蛋白质。因此，当人们提到「蛋白质电泳」时，他们最经常提到的分离技术是PAGE。

SDS Page 是一种凝胶电泳，用于根据蛋白质的大小从蛋白质混合物中分离蛋白质。 凝胶电泳是一个术语，用于指用于 DNA、RNA 和蛋白质分离的常规技术，而 SDS 页是一种凝胶电泳。 这是凝胶电泳和 SDS Page 之间的主要区别。

WB实验通常选择SDS-PAGE,而不采用琼脂糖凝胶电泳,主要原因有:

1. SDS-PAGE可以分离不同分子量的蛋白。在变性条件下,SDS可使蛋白质根据其分子量呈线性扩散,从而实现分子量大小的分离。而琼脂糖凝胶电泳主要根据蛋白质净电荷进行分离。

2. SDS-PAGE系统可提供更好的分辨率。通常可有效分离两种蛋白分子量相差10%的蛋白。而琼脂糖凝胶分辨率较差。

3. SDS-PAGE有确定蛋白分子量的marker作为标准。通过计算目标蛋白迁移距离,可以估算其分子量。琼脂糖凝胶系统缺乏这方面的标准。

4. SDS可提供负电荷,使样本在电泳过程中向阳极迁移。而琼脂糖凝胶的蛋白迁移受本身净电荷影响更大。

5. 存在SDS的条件下,蛋白质的保留时间更长,有利于转膜。而琼脂糖凝胶中的蛋白质保留时间短。

6. SDS-PAGE体系更成熟,实验操作简便,结果可重复性好。更适合WB高通量分析。

综上,SDS-PAGE系统可提供更好的蛋白分离效果,是WB优先选择的电泳方法。