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        lncRNA 癌症

        相关实验:全血 RNA 提取实验

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        梅子玉玉

        友友们,我现在急需大家的帮助,我用的癌症组织测序差异表达的lncRNA测序结果是2016年的,是以LNCipedia数据库的命名方式,我验证上下调20个lncRNA,其中3个符合测序差异表达上下调趋势,选出的三个lncRNA在ncbi和emsmble找不到;上调的1号lncRNA在RNA central、LNCipedia、genecard、AnnoLnc2查得到信息,lncbook查不到到信息;上调的2号lncRNA在RNA central、LNCipedia、genecard、lncbook查不到信息,AnnoLnc2查得到信息;下调的3号lncRNA在RNA central、LNCipedia、genecard、AnnoLnc2、lncbook都能查得到。

        问题1、ncbi和ensembl查不到的lncRNA可以用来进一步研究吗?需要注意什么方面

        问题2、可以从哪些方面入手从这3个lncRNA选一个做下一步实验研究

        谢谢大家,急需

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        2 个回答

        user-title

        蓝莓小布丁

        有帮助

        可以试着把基因的序列输入到Genecard等网站中,看能不能转化成相应的名称,我以前想查靶点没找到,就把2D结构划进去也能找到

        user-title

        梅子玉玉user-title

        我用LNCipedia Gene symbol可以在genecard上查到其他命名方式,其他命名都在ncbi和ensembl上搜索都搜不出来

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        ncbi和ensembl查不到的lncRNA也是可以用来进一步研究的,注意保证rna不被污染

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