在 NCBI 查询到人类的 CD209 有好多条 mRNA 该如何选取？

相关实验：聚合酶链式反应（PCR）

luobocaizx

2013-08-23

在 NCBI 查询到人类的 CD209 有好多条 mRNA 该如何选取？如何知道该条序列的编码区，启动子等序列，进行引物设计时，引物能否设定在编码区内？还是只能设定在编码区两端，希望大家解疑！谢谢！

2 个回答

ULYSSEESWB

2013-08-26

有帮助

首先你查到好几个mRNA序列有两种情况，一是有多个转录本，可能存在组织表达差异，一般在comment会有简要说明；二是genbank可能会有人重复提交相同序列，我们一般关注reference sequence，是ncbi专家经过验证和编辑，较为可靠。编码区及CDS区，数据库中会有标示。至于启动子区貌似没有精确标示，一般是转录上游1000-2000bp区域，这些有相关的预测网站进行预测，或查阅相关的文献得到。至于引物设计方面，如果你仅仅是检测基因表达水平，不用扩增全长CDS区，如果你要做克隆、表达，则需要设计CDS区两端的引物（当然有时候我们只表达该蛋白的一部分，如酶的催化域、受体胞内部分，则不一定需要扩增全长CDS区，一切按照实验需要而设计）。

dengchch

2013-08-24

有帮助

有好多条mRNA是因为这个基因有不止一个转录本，一般情况下是选择最长的转录本进行克隆，当然如果别人有报道说不同的转录本有不同的功能的话最好还是都克隆并研究一下。基因的编码区和启动子序列在NCBI网站上都能查到，你搜索时用gene这个选项卡，然后搜你的基因，在结果中选人的该基因，然后分别去找相关信息。其中编码区就是CDS。设计引物时，如果你要克隆基因，那肯定引物要在CDS区两端，因为你要扩的是完整的该基因的CDS区。

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