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控制转录区域的检测 研究任何基因的第一个步骤是确立可能包含有调控元件的大区域，相关的一些进展已加快了在缺乏单个顺式调控元件特征的情况下对这个区域的预测。这些工具一般可以划归为两大类：转录启动子(转录起始位点)和增强子的查找。这些方法会受到直系同源基因序列的保守性、核苷酸的组成及对可利用的转录数据分析的影响。 现有通过实验注释的一些调控序列表明，接近于转录起始位点的序列更有可能比远离 ...

系统进化足迹 来源于进化过程中选择性压力的序列相似性是许多生物信息学方法的基础。在转录因子结合位点的预测中，序列相似性是整个过程中首先表现出来的特征，被称之为系统进化足迹(phylogenetic footprinting)。依据基因功能区中的突变将比没有特异功能序列中的突变累积得慢的假设，对来源于不同的直系同源基因序列的比对能够预测引导转录的片段。多个真核基因组序列测定极大地促进了新的揭 ...

基因组序列的搜寻(一)序列的搜寻 对于序列的搜索，美国加州大学Santa Cruz分校(UCSC)的基因组生物信息学网址(http：//genome．UCSC．edu)提供了一个容易使用而且能力特别强的图形基因组浏览器，BLAST搜索则为用DNA或蛋白质序列提供了一个高效、快捷的搜寻基因组的方法。基于DNA的BLAT可快速寻找长度在40 bp或更长的具有95％以上相似性的序列，因此BLAT ...

基因位点及信息获取的方法 NCBI的Map Viewer(http：//www．ncbi．nlm．nih．gov/mapview/)是常用的软件。NCBI的MapViewer支持以染色体位置来对基因组信息进行搜寻和展示，感兴趣的区域可以通过以基因或分子标记物的名称等文本查询或通过序列比对(BLAST)来获得，可在全基因组水平对结果进行展示或选择性地展示更详细的结果。多种选项可以用来设定展示 ...

获得感兴趣基因的最全面信息的方法 当拿到一个新的基因时，怎样得到与此基因相关的最全面的信息，如cDNA序列、基因组组成、蛋白质功能域及结构、定位、表达和功能。以下的几个工具可以为研究人员提供相关的信息。 EMBL的Bioinformatic Harvester(http：//harvester．embl．de/)是一个与此相关的工具，它在一个页面上提供来源于整合的浏览工具和数据库( ...

蛋白质家族分析 USCS Gene Sorter是一个很好的探索基因家族及其相关性的资源。这个工具以表格形式展示所选择的基因组中具有相关性的一些基因，可以进行几个不同层面的相关性分析，如蛋白质水平的同源性、基因表达谱的相似性或邻近基因。这个浏览器支持以不同的词组和术语的查询，包括基因名称、Swiss―Prot、蛋白质名称、GenBank的序列号，以及基因描述中的词组或术语。基因家族的展示可 ...

蛋白质相互作用信息的查询 研究一个基因及其编码的蛋白质时，除了一方面了解它们的功能外，另一方面需研究与此蛋白质相互作用的其他蛋白质的信息，以使研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能，更清楚地理解其调控机制。下面是与研究蛋白质相互作用相关的数据库应用系统。 STRING数据库(http：//string．embl．de/)是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统，这种 ...

比较基因组学，系统进化树 NCBI Entrez中的Blink(BLAS TLink)对寻找跨物种的蛋白质同源系和直系同源是一个很好的工具。Blink不是一个独立的工具，它是作为连接存在于NCBI Entrez的每一个蛋白质的记录中，Blink的词条(entries)是基于通过多对多的BLAST序列比对得到的结果，最好的前200个比对结果被呈现。在Blink的报告页面上，保守的蛋白质功能域 ...

从DNA序列查询单核苷酸多态性(SNP)的存在 用户可以应用Ensembl网页，选择适当的物种，通过关键词的搜索或通过针对基因组数据库BLAST查询的序列得到相关的基因组区域。在这两种情况下，用户通过点击在EnsemblGene Report页面上“Genomic Location"条框中的连接，可查询感兴趣基因的ContigView，在这个条框中，用户可以看到对于整个染色体而言的感兴趣基 ...

基因是否与疾病相关的查询 当研究一个人类基因时，一个最感兴趣的问题就是它是否与疾病相关。有两个方法可以查询这个信息，其中之一是查询已知的基因―疾病的相关性。另一方面，如果与某种疾病相关的基因未知，至少可以尝试将基因在染色体上的位置与相对应的疾病对应。 OMIM数据库是人类基因与遗传紊乱的编目，数据库含有文本的信息、图片和参考信息，同时还含有连接到NCBI Entrez数据库中Med ...

通过比较基因组学确定大基因组区域保守的非编码序列 基于一般的假设，在不相似序列中的保守区域极有可能具有一定的功能，保守的非编码序列(conserved non―coding sequences，CNS)被认为是基因组中调控区域的高度可靠的候选者。CNS不仅在启动子的邻近区域找到，还发现存在于启动子相距一定距离的位点上，如增强子。因此，随着可利用的基因组的增加，比较基因组学在生物信息学领域迅 ...

通过预计算的比对结果确定CNS 运用预计算全基因组比对的结果揭示保守区域比用户自己进行序列比对分析更快速．且准确性高。几种相关的工具可以实现这个目的。VISTABrowser(http：//pipeline．1b1．gov/cgi―bin/gateway2)可以让用户检查全基因组装配子的预计算比对结果，并可以是一对一和多序列比对。这个工具与UCSC Genome Browser紧密连接。浏 ...

通过自身计算的比对确立CNS 1．用户递交的所有序列mVISTA(主要VISTA)是用来可视化分析来源于不同物种的任意长度的比对。VISTA是特异设计用于展示多达100个物种的“orthologous genes/regulatory regions”的比对。序列不能粘贴，只能以．txt的格式保存为FASTA文本。除此以外，用户可以为参考序列提供一个注释的文件，确定外显子、UTR等的位置 ...

第二信使cAMP抑制JNK活化的机制及对细胞死亡的调控作用 第二信使cAMP与其它信号途径的“crosstalk”是cAMP调控多种细胞生命活动的重要机制。我们以往的研究揭示，在成纤维细胞中，cAMP通过PKA-CREB-DLC抑制v38活化，进而抑制NF-KB活化、促进TNF-a诱导的细胞死亡。但cAMP发挥抗凋亡作用的机制还不清楚。cAMP显著拮抗UV诱导的成纤维细胞凋亡。尽管cAMP ...

CD4+CD25+FOXp3+调节性T细胞、巨噬细胞及交叉免疫耐受 在抗原等异物刺激机体诱导免疫反应过程中，免疫正应答与潜在免疫耐受诱导同时共存。优化的免疫抑制剂应当选择性阻断免疫正应答，而同时对免疫耐受建立的潜力无作用或具有促进效应。 近年来，我们观察了免疫抑制剂环孢霉素A(CsA)、雷帕霉素(Rapamycin)、阿斯匹林、抗CD4抗体、电离辐射等对机体CD4+CD25+调节性 ...

反向疫苗学研究及其进展 基因组学(后)时代的到来改变着免疫学的发展和研究模式。在获得大量人体和病原体基因信息特别是基因序列信息的基础上，怎样从序列信息为起点，发展免疫干预(免疫预防和免疫治疗)手段是重要的发展领域和方向。 从序列到疫苗是反向疫苗学的主要内容。建立了insilicon，invitro，invivo，exvivo的反向疫苗技术体系和平台。在预防性疫苗包括基于基因序列的免 ...

氯化镧抑制TNF-α诱导NF-κB信号通路活化 观察氯化镧对NF-κB信号通路中关键分子的蛋白表达和磷酸化及NF-κB／p65亚基与靶基因结合能力的影响，探索氯化镧抑制NFκB活化的可能作用位点。以1×106个／ml接种细胞于含10％胎牛血清的RMPll640液体培养基中，于5％C02、37℃恒温培养，随机分组如下：①TNFα组：以含TNFα20ng／ml的无血清培养基培养Hela细胞。② ...

外周T细胞免疫调节亲合力模式与自我非我辨别 自我非我辨别(self non-self discrimination)和控制免疫反应的类型、强度及其范围(controlling the magnitude and classofimmune responses)，是免疫系统用以控制对任何一种可能的外界抗原发生有效的免疫反应，却不损伤自身组织和器官的两种同等重要的调节途径。为确保免疫系统的最佳 ...

越来越多的怪异基因 斯坦特和他同时代的科学家都非常清楚地知道，这其中的某些细节是非常重要的。他们知道，在蛋白质固定到其附近的DNA位时，基因可被关闭或开启。他们还了解到，一些编码RNA分子的基因从来不会变成蛋白质。相反，他们有其他的任务，如帮助建立核糖体内的蛋白质。 但是，这些例外似乎显得并不重要，还不足以引起科学家对基因的定义提出疑问。耶鲁大学的生物信息学家马克・格斯坦说：“生物 ...

基因遗传的第二通道 研究结果表明，基因组还以另一种方式被组织起来，这种方式给人们提出了一个问题，即重要的基因是怎样遗传的。我们的DNA上镶嵌着数以百万计的蛋白质和其他分子，他们决定着哪些基因能产生副本，哪些则不能。新细胞继承了这些分子和DNA，换句话说，遗传可流经第二个通道。 第二通道的最突出的粒子就是一种叫做柳穿鱼的普通花卉。大多数柳穿鱼植物以镜面对称的方式长有白色花瓣，但是，某 ...