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（ 1）是鲨类和鳐类眼后方的通至咽头的小孔。原来是存在于颚弓与舌弓之间的第一鳃裂的痕迹。在鳐类与其底栖生活方式有关，实际上是通过呼吸孔，将用于呼吸的水导入体内。另外对一般的脊椎动物来说也有将上记的鳃裂称为呼吸孔的，但与外界不通，在两栖类的无尾类及羊膜类是形成鼓室和尤氏管。
（ 2）两栖类无尾类的幼体（蝌蚪）生有鳃盖，但其后缘的大部分与腹部皮肤相愈合，仅在左体侧残留有小的与鳃裂相当的小孔。通过这个小孔，将用于呼吸的水被排出，而被称为出水孔（ excurrent po- re）或呼吸孔。当发生变态时，左前肢则通过此孔伸出，但右前肢则通过鳃盖新生出的孔而伸出。
（ 3）原索动物呼吸门。
（ 4）在苔类的叶状体，是构成气室的表皮开口部的一种组织。从表面上看，是由 4个孔道细胞构成，开口于气室的六角形区域的中央。在横切面上孔道细胞有 4层重叠，全形呈酒杯状。与种子植物的气孔不同，不开不闭。
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