华大基因数据库和软件共享
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简介
BGI有一支专业的团队致力于数据库建设和基于Web应用开发。为了使华大基因提供的数据更好地被理解和使用，我们设立了项目介绍、基因组 浏览、数据下载和相关问题等网站内容。我们也提供典型的基因组分析服务和相关工具的下载服务.
数据库列表
| 序号 | 数据库名称 | 外链地址 |
| 1 | The first Asian Diploid gen ome | http://yh.genomics.org.cn/ |
| 2 | Tree Fam | http://treefam.genomics.org.cn/ |
| 3 | NewExon | http://newexon.genomics.org.cn/ |
| 4 | The first Asian Diploid genome | http://breeding.genomics.org.cn/ |
| 5 | SilkDB | http://silkworm.genomics.org.cn/ |
| 6 | RIS-2010update | http://rise2.genomics.org.cn/ |
| 7 | Snap | http://snap.humgen.au.dk/ |
| 8 | PigGIS | http://pig.genomics.org.cn/ |
| 9 | ChickVD | http://chicken.genomics.org.cn/ |
| 10 | HGP | &NBS p; |
| 11 | Migratory Locust EST Database | http://locustdb.genomics.org.cn/ |
| 12 | Influenza Virus Database(IVDB) | http://influenza.genomics.org.cn/ |
| 13 | Tsunami DNA database | http://strdb.genomics.org.cn/ |
| 14 | Ensembl Release 49 Mirror from BGI-SZ | http://ensembl.genomics.org.cn/ |
| 15 | Soybean Genome Database | http://sgdb.genomics.org.cn/ |
| 16 | Salmonella Database | http://salmonella.genomics.org.cn/ |
| 17 | Giant Panda Database | http://panda.genomics.org.cn/ |
| 18 | Cucumber Genome Database | http://cucumber.genomics.org.cn/ |
| 19 | Ant Database | http://ant.genomics.org.cn |
| 20 | Tobacco Database | http://tobacco.genomics.org.cn/ |
| 21 | Tree families database | http://treefam.genomics.org.cn/ |
| 22 | Camel Genome Database | http://camel.genomics.org.cn/ |
| 23 | ISGC | http://sheep.genomics.org.cn/ |
华大自主研发的软件列表
| 序号 | 软件名称 | 软件描述 | 服务入口 | 发表文章 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | SOAP(Short Oligonucleotide Alignment Program) |
生物信息中心核心技术开发团队自主开发的基因组短序列寡核苷酸分析软件包，它可以高效地处理第二代测序技术产出的巨大数量的短序列，实现比对、短序列组装、序列差异分析以及可变剪接的鉴定。 |
http://soap.genomics.org.cn/ |
1 . Ruiqiang Li, Chang Yu,YingruiLi,et al.SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment. Bioinformatics,2009,25(15):1966–7. 2 . Ruiqiang Li,Yingrui Li, KarstenKristiansen,et al.SOAP: short oligonucleotide alignment program. Bioinformatics,2008,24(5):713-4. |
| 2 | CAT |
CAT被称为CAT（跨物种比对工具）的一种新算法，是用来进行mRNA序列与哺乳动物基因组之间的比对。 |
1 . Li H, Guan L, Liu T, Guo Y, Zheng WM, Wong GK, Wang J. A cross-species alignment tool (CAT).BMC Bioinformatics 2007; 8: 349. |
|
| 3 | ReAS |
ReAS旨在用未集结reads的全基因组鸟枪法恢复转座子的祖先序列。 |
||
| 4 | RePS(repeat-masked Phrap with scaffolding) |
从鸟枪数据明确列出具体kmer重复序列，并在组装前删除它们的WGS序列组装方法。所建立的软件Phrap用于为每个base计算有意义的错误概率。克隆端配对信息用于构建scaffolds的秩序和重叠。更新版的RePS结合了一些用Phusion介绍聚类的想法。 |
ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/ricedb/Tools/RePS/RePS-IBM-AIX.tar.gz |
1 . Wang J, Wong GK, Ni P, etal.RePS: a sequence assembler that masks exact repeats identified from the shotgun data. Genome Res 2002; 12: 824-31. |
| 5 | MIEREAP |
基于深度测序数据的microRNA预测软件 |
http://cloud.genomics.cn/ | |
| 6 |
SOLEXA-MRNATAG_PIPELI NE |
基于Solexa测序技术的基因表达谱分析软件 |
http://soap.genomics.org.cn/ | |
| 7 |
EXON_CAPTURE_ PIPELINE |
全基因组外显子捕获数据分析软件 |
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| 8 | SVBP |
对序列拼接结果的可信度检验及可视化软件 |
||
| 9 | WEGO(Web Gene Ontology Annotation Plot) |
用于图形显示GOTree注释的Web工具，尤其是在比较基因组分析中。 |
http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl |
Bioinformati Ruiqiaam |
| 10 | HIBAIS |
基于HapMap信息的血统推断分析软件 |
http://soap.genomics.org.cn/ | |
| 11 | Solar |
处理比对结果的软件，尤其适用于含有intron的比对 |
http://cloud.genomics.cn/ | |
| 12 | Kaks_Calculator |
用于计算非同义替换率和统一替换率的软件程序包，它采用模型选择和模型平均策略，同时也集成了现有的其他几个用于计算Ka和Ks的算法。 |
http://evolution.genomics.org.cn/software.htm |
Zhang Zhang, Jun Li,Xiao-QianZhao,etal.KaKs_Calculator: calculating Ka and Ks through model selection and model averaging.Geno. Prot. Bioinfo.,2006,4(4) |
| 13 | FGF(Fishing Gene Family) |
用于在特定基因组里查询蛋白质家族并构建该家族分子进化树的软件系统，可以用来分析基因结构、拷贝数和进化关系等。 |
http://fgf.genomics.org.cn/ |
