windows下构建基于web的Blast服务
互联网
1137
|
本篇文章主要介绍windows如何使用PHP建立PHP服务。 首先讨论一下设计思路
代码示例（很早以前写的，供参考）
<?php
#准备输入文件
$seq_type=$_POST['seqType'];
$file_name=mt_rand();
$uploadfile="../temp/" . $file_name . ".fa";
$out_file="../temp/" . $file_name . ".out";
if($seq_type=="file"){
move_uploaded_file($_FILES['seqFile']['tmp_name'], $uploadfile);
$upload_state=$_FILES['upfile']['error'];
}elseif($seq_type=="text"){
$seq_text=trim($_POST['seqText']);
if(!empty($seq_text)){
$handle=fopen($uploadfile,'w');
fwrite($handle,$seq_text);
fclose($handle);
$upload_state=0;
}
}else{
$url="gene_blast.php";
echo "<script language=\"javascript\">";
echo "location.href=\"$url\";";
echo "alert(\"系统错误，请返回重新操作！ \");";
echo "</script>";
exit;
}
if ($upload_state==0){
#得到其他参数
$seq_start=trim($_POST['from']);
$seq_end=trim($_POST['to']);
$db_sta=trim($_POST['database']);
if($db_sta==1){
$db="..\\db\\insect_rrna.fasta";
}elseif($db_sta==0){
$db="..\\db\\insect_mt.fasta";
}
$program=trim($_POST['blast_type']);
$e_vale=trim($_POST['EXPECT']);
$description=trim($_POST['DESCRIPTIONS']);
$alignments=trim($_POST['ALIGNMENTS']);
$in_file="..\\temp\\" . $file_name . ".fa";
$out_file="..\\temp\\" . $file_name . ".out";
$blast="..\\cgi_bin\\bin\\blastall -p $program" .
" -e $e_vale " .
"-v $description " .
"-b $alignments " .
"-d $db " .
"-i $in_file " .
"-o $out_file";
#执行系统命令
system("$blast",$sys_state);
#echo $sys_state;
if ($sys_state==0) {
#echo $blast;
$url="../temp/" . $file_name . ".out";
echo "<script language=\"javascript\">";
echo "location.href=\"$url\";";
#echo "alert(\"程序出现错误，请重新开始! \");";
echo "</script>";
}else{
$url="gene_blast.php";
echo "<script language=\"javascript\">";
echo "location.href=\"$url\";";
echo "alert(\"程序出现错误，请重新开始! \");";
echo "</script>";
}
if(file_exists($out_file)){
#unlink($out_file);
}
} else {
$url="gene_blast.php";
echo "<script language=\"javascript\">";
echo "location.href=\"$url\";";
echo "alert(\"输入序列有问题，请重新输入! \");";
echo "</script>";
}
?>
问题讨论1、时间溢出的问题执行Blast可能需要执行很长的时间，所以调整PHP最大相应时间的参数。 2、如何传入用户比对的序列用户可以输入，或者上传序列，这里也需要根据需要调整最大上传文件的大小，无论上从文件上传还是从输入框输入，最后都将序列内容写入统一的临时文件中，将这个临时文件传给Blast。 3、是否需要检查参数的有效性比如核酸序列是否正确，输入的数值是否合法等等，这里的建议就是统统交给blast程序，如果出错，将错误截取，返回给用户就可以了。 4、安全性因为命令要传给后台执行，所以对于用户输入的内容要做过滤，有关这方面得信息请参考PHP调用系统命令函数的使用说明。 5、输出结果的样式可以通过设置Blast的参数来控制，比如输出为html格式的，详细参看作者的另一篇文章： Blast本地化：使用Blastall进行数据库比对 如果你想对blast结果做分析，比如画图，构建物种分类树等，可以对结果详细描述的文章： Blast结果的详细解析 还没有完以上也就是简单的实现个基本的功能，如果考虑到使用性能 ，并发，可用性等，上面的实现方法是远远不够的，比如，
所以就要考虑考虑异步执行，队列 ，由于有会涉及都另外的很多东西，这里就不多说了。大家可以留言探讨。 (责任编辑：大汉昆仑王) |
