基于滤膜的DNA阵列
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基于滤膜的 DNA 阵列
虽然像玻璃这样的固相支持基质对于高通量的处理有许多优点，但是基于滤膜的阵列仍然成为一种流行的样式。之所以这样，一方面是因为采用尼龙滤膜做的基因表达谱实验是以分子生物学家熟悉的标准的Southernblotting方法为基础的。另一方面，大多数研究机构都有利用33 P标记的靶cDNA的滤膜杂交实验和获得数据的设备，如感光成像仪。
虽然人们更倾向于使用非放射性标记的方法，但是利用放射性标记的靶与尼龙滤膜阵列杂交的实验比用荧光标记方法的灵敏度更高。而且，利用放射标记的探针可以得到宽达4～5个对数级的测量密度的线性区，而用荧光标记的方法通常只能得到宽达3个对数级的线性区。尼龙滤膜阵列的另外一个优点是它的许多类型在商业市场上可以买到，而且尼龙滤膜可以剥离下来重复利用多次而没有明显的功能退化现象发生，这也是它内在的一个价格上的优势(Arfin等，2000)。然而，由于尼龙滤膜有疏松多孔的性质，所以它不适合小型化。尽管这样，尼龙滤膜还是进行小基因组生物(如细菌)基因表达谱研究的合适材料，也适合生产满足特殊需要的生物其所有基因的某个功能子集的DNA阵列或者是用来作疾病诊断的DNA阵列。例如，由Sigma-Genosys(Woodland，TX)生产的模式生物大肠杆菌的尼龙滤膜DNA阵列比较流行，大小为1lcm× 21cm，有18 000个点样点上点有双链的大肠杆菌的4290个开放阅读框(ORF)的全长PCR产物，散布在阵列上的剩余的空白点样点用来进行背景测量。
关于制造玻璃载片DNA阵列的仪器和方法的详细讨论可参见《DNAMicroarrays：aPractical Approach))(Mark Schena，1999)。关于预备和标记微阵列靶标的实验方法，杂交操作的规范，数据的获取与滤膜、玻璃载片以及AffymetrixGeneChips的标准化方法的内容，在由Baldi和Hatfield编写的《DNA MTcroarrays and Gene Expression：from Experiments to DataAnalysisandModeling))(2002)中有论述。
