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        【求助】这几组microrna有什么区别?

        丁香园论坛

        4873
        hsa-miR-625 和hsa-miR-62undefined
        hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
        hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b  (同源??)
        hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)

        晕了,赐教啊
        hsa-miR-625 和hsa-miR-62undefined
        这2个第一个你应该清楚吧,hsa-miR-62undefined表示和前面那个互补的miRNA,于是就用了一个号标记。
        hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
        其实和上面也没有太大的差别,hsa-mir-532-5p就是在茎环结构的5‘端,而hsa-miR-532-3p是在茎环结构的3‘端,并且他们是互补的。且是同一基因转录出来的。
        hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b These names have been remapped to miR-34c (MI0000403 ), miR-34b (MI0000404 ) and miR-34a (MI0000584 ) to clarify homology with human sequences.
        hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)
        其实这2个就是他们的前体不一样,而最后成熟体一致的,都是hsa-let-7a。
        个人观点,仅供参考,更多资讯请看http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=14447767&sty=1&tpg=1&age=0
        非常感谢zhujoker,还有一个小小的问题,就是既然那组和p那组一样,为什么mirbase数据库还要分开呢?为什么不统一一下呢?
        对于你的这个问题,其实我也是一直存在这种想法的,就是没有去探究而已,经你这样一说,我又看了一下mirbase数据库,感觉他们的确没有什么差异的,记得第一次看见hsa-miR-62undefined这样标记的是在plosone杂志上,上面说了是hsa-miR-625的互补序列。但是在用到像hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p标记时,是实验室的一个同学构建miRNA表达质粒上遇到的,所以也就略知一二。但是他们之间到底有什么差异,我看了一些,没有找到,因为好像有的是用的hsa-miR-625 和hsa-miR-62undefined,而另外一些是用的hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p,而在一些文献上没有特别的说明,比如现在mirbase数据库上的hsa-miR-17用的是hsa-miR-17和hsa-miR-1undefined,但是在一篇最新(09.5.4)的gene development上一篇文章(The miR-200 family determines the epithelial phenotype of cancer cells by targeting the E-cadherin repressors ZEB1 and ZEB2)中用到的是hsa-miR-17-3p,呵呵,这个到底有没有差异我想应该是没有的。应该最后会统一的吧,或者说他们真正的有差别,但是我不知道,呵呵。希望有知道一起分享一下。但是现在比较流行用hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p,可能这也是最后的版本吧。

        希望版主将此贴移至“【讨论】microRNA研究交流贴:别讨论引物设计实验操作等问题! [精华]”
        多谢zhujoker哈,又有个问题,在mirbase上最近的版本中有两条序列是这样的
        hsa-mir-103-2-as
        hsa-mir-103-1-as

        这是什么意思呢?
        这个帖子很好!虽然我用mirbase也有一段时间了,对这些问题其实没有想很深。

        hsa-miR-625 和hsa-miR-62undefined
        hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p

        对于这个,我的认识是在pre-mirna被Dicer加工成两个短链之后,一般来说,其中的一条被认为是成熟的miRNA序列,而另外一条被认为是序列。miRBase里面的MATURE SEQUENCE只有非星号的序列。在我看过的很多paper里面,基本只考虑这个成熟序列。至于为什么,我也一直没有明白:(

        对于用3p和5p标注的,似乎是两条都被认为是有效的mature sequence,miRBase里面都列为MATURE SEQUENCE。

        hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b  (同源??)
        hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)
        这个zhujoker 解释了,但是更一般意义上说呢? 就我的一点经验来看,-1,-2,-3后缀的成熟序列往往是一样的,但是a,b,c这样后缀的,我一直不清楚什么关系。比如mmu-miR-208a和mmu-miR-208b的mature sequence就略微不一样。我的体会是,可能-1,-2,-3是指pre-mirna序列不同,但是mature序列一致;而a,b,c后缀指几个mature序列很相近的miRNA(而且很可能它们的seed序列一致,所以才能算成一个miRNA)

        至于as后缀,我还没在实际中见过。

        希望了解命名规则的朋友能讲一讲,给大家解惑。
        学习了~
        学习了,谢谢~
        不错的帖子

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