【求助】这几组microrna有什么区别?
丁香园论坛
hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b (同源??)
hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1 (分布不同??)
晕了,赐教啊
这2个第一个你应该清楚吧,hsa-miR-62undefined表示和前面那个互补的miRNA,于是就用了一个号标记。
hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
其实和上面也没有太大的差别,hsa-mir-532-5p就是在茎环结构的5‘端,而hsa-miR-532-3p是在茎环结构的3‘端,并且他们是互补的。且是同一基因转录出来的。
hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b These names have been remapped to miR-34c (MI0000403 ), miR-34b (MI0000404 ) and miR-34a (MI0000584 ) to clarify homology with human sequences.
hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1 (分布不同??)
其实这2个就是他们的前体不一样,而最后成熟体一致的,都是hsa-let-7a。
个人观点,仅供参考,更多资讯请看http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=14447767&sty=1&tpg=1&age=0
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hsa-mir-103-2-as
hsa-mir-103-1-as
这是什么意思呢?
hsa-miR-625 和hsa-miR-62undefined
hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
对于这个,我的认识是在pre-mirna被Dicer加工成两个短链之后,一般来说,其中的一条被认为是成熟的miRNA序列,而另外一条被认为是序列。miRBase里面的MATURE SEQUENCE只有非星号的序列。在我看过的很多paper里面,基本只考虑这个成熟序列。至于为什么,我也一直没有明白:(
对于用3p和5p标注的,似乎是两条都被认为是有效的mature sequence,miRBase里面都列为MATURE SEQUENCE。
hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b (同源??)
hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1 (分布不同??)
这个zhujoker 解释了,但是更一般意义上说呢? 就我的一点经验来看,-1,-2,-3后缀的成熟序列往往是一样的,但是a,b,c这样后缀的,我一直不清楚什么关系。比如mmu-miR-208a和mmu-miR-208b的mature sequence就略微不一样。我的体会是,可能-1,-2,-3是指pre-mirna序列不同,但是mature序列一致;而a,b,c后缀指几个mature序列很相近的miRNA(而且很可能它们的seed序列一致,所以才能算成一个miRNA)
至于as后缀,我还没在实际中见过。
希望了解命名规则的朋友能讲一讲,给大家解惑。
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