SSR标记实验步骤

一、简介：

SSR简单序列重复标记（Simple sequence repeat, 简称SSR标记），也叫微卫星序列重复，是由一类由几个核苷酸（1-5个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列，长度较短，广泛分布在染色体上。由于重复单位的次数的不同或重复程度的不完全相同，造成了SSR长度的高度变异性，由此而产生SSR标记或SSLP标记。虽然SSR在基因组上的位置不尽相同，但是其两端序列多是保守的单拷贝序列，因此可以用微卫星区域特定顺序设计成对引物，通过PCR技术，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。

优点：

（1）标记数量丰富，具有较多的等位变异，广泛分布于各条染色体上；

（2）是共显性标记，呈孟德尔遗传；

（3）技术重复性好，易于操作，结果可靠。

缺点：

开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息，而且引物合成费用较高。

二、操作程序：

取叶片→磨样→提取DNA→PCR扩增→电泳检测→染色→读带标记。

1、DNA提取

按照Doyle和Dickson（1987）CTAB法（`Cetyl triethyl ammonium bromide）并略加改进的程序进行，具体步骤如下：

① 成熟期取叶片加液氮研磨成粉末状，转入1.5ml离心管中，-20℃冰箱保存；

② 加入600μl 65℃的2×CTAB混匀并置于65℃水浴中保温30-60分钟；

③ 取出，冷却，上下摇匀后，加入600微升24:1的氯仿异戊醇；

④ 12000转/分钟离心10分钟，取上清液于另一个1.5ml的离心管中；

⑤ 加异丙醇，12000转/分钟离心10分钟，倒掉上清液；

⑥ 干后用100%的洒精清洗，干后加适量TE。

2、PCR扩增

模板DNA的浓度大约25ng/μl,扩增反应体系为20μl。具体如下：

Sterile ddH2O        11μl

PCR Buffer              3μl

dNTP-mix                 0.5μl

Primer1                     1μl

Primer2                     1μl

Taq polymerase      0.5ul（2U/μl）

DNA                            3μl  

PCR扩增程序为：（2h30min）  

①  预变性：94℃，5分钟；

②  变  性：94℃，40秒；

③  退  火：55℃  40秒；

④  延  伸：72℃，1分钟；

⑤  循  环：从2到4共38个循环；

⑥  72℃下最后延伸5分钟；4℃ 5min，扩增产物置于4℃的冰箱保存。

3、扩增产物的电泳分离

制胶→灌胶→上样→电泳。

扩增产物用8%的聚丙烯酰胺变性胶电泳分离，步骤如下：

①  准备电极液（1×TBE）；

②  将梳子拨出，并迅速用电极液冲洗胶面；

③  不预电泳；

④  点样，电泳220V；

⑤  拆板，并及时将内板、边条及梳子洗净。

4、凝胶染色

①  固定：10%醋酸，5分钟；

②  染色：10分钟；

③  漂洗：dH2O，5-10秒；

④  显色：甲醛-NaOH，直到满意为止；

⑤  漂洗：dH₂O，2分钟。

 5、自封带封胶，读带标记，数码照相摄像，室温风干。