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        无毒核酸染料之DuRed

        互联网

        10719

        DuRed核酸染料特点

        ● 无毒性:DuRed 独特的油性和大分子量特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内,艾姆斯氏试验结果也表明,该染料的诱变性远远小于EB。

        ● 灵敏度高:适用于各种大小片段的电泳染色,对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。

        ● 稳定性高: 适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶;室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定,耐光性强。

        ● 信噪比高:样品荧光信号强,背景信号低。

        ● 操作简单:与 EB 一样,在预制胶和电泳过程中染料不降解;而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗 ,即可直接用紫外凝胶透射仪观察。

        ● 适用范围广:可选择电泳前染色(胶染法)或电泳后染色(泡染法);适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳;可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。

        ● 与EB有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置:标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用,使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可,在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。但是DuRed不能被488 nm氩离子激光器或相似波长的可见光完全激发,因此不推荐使用此类激发装置的成像系统。对于此类装置,我们推荐您使用DuGreen(Cat# 011或012),它和SYBR Green I的光谱相似,灵敏度相当,但更加稳定。

        DuRed使用方法简介

        1.胶染法(用法同EB)(推荐方法)

        (1) 制胶时加入DuRed 核酸染料(例如:每50mL 琼脂糖溶液中加入5μL DuRed 10,000× 储液,

        以此比例类推)。

        (2) 按照常规方法进行电泳。

        注意事项:

        ♦ 此方法染色染料用量相对较少。500 μL染料大约可以做100块 50mL的胶。

        ♦ 由于DuRed具有良好的热稳定性,可以在热的琼脂糖溶液中直接添加,而不需要等待溶液冷却。摇晃,振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将DuRed储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中,然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。DuRed兼容所有常用的电泳缓冲溶液。

        ♦ 如果总是看到条带弥散或分离不理想,建议使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在,则说明问题与染料无关,请尝试:降低琼脂糖浓度;选用更长的凝胶;延长凝胶时间以保证边缘清晰;改进上样技巧或选择泡染法染色。

        ♦ 此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶,对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。

        2.泡染法

        (1) 按照常规方法进行电泳。

        (2) 用H2O将DuRed 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl中,制成3× 染色液。(例如将15μL DuRed 10,000× 储液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中)。

        (3) 将凝胶小心地放入合适的容器中,如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3× 染色液浸没凝胶。室温振荡染色30min左右,最佳染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5~10%丙烯酰胺的凝胶,染色时间通常介于30min到1h,并随丙烯酰胺含量增加而延长。

        注意事项:

        ♦ 用泡染法染色时,染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右。

        ♦ 3× DuRed染色液可以大量制备,在室温下避光保存直至用完。

        几种核酸染料比较

        名称 灵敏度 稳定性 对DNA迁移的影响 安全性 适用性
        DuRed 条带不弯曲,DNA片段不迁移
        • 是一种独特的油性大分子,不易挥发升华,不易吸入人体,不能穿透细胞膜进入活体细胞内,安全无毒。
        • 艾姆斯氏测试结果表明,DuRed在凝胶染色浓度下完全没有诱变性,因此完全没有致癌毒性。
        通用大小片段电泳染色,与EB有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置。标准的EB滤光片或SYBR滤光片都适用,使用普通紫外凝胶透射仪观察即可,在300nm紫外光附近可得到最佳激发。
        DuGreen 条带不弯曲,DNA片段不迁移 ①  是一种独特的油性大分子,不易挥发升华,不易吸入人体,不能穿透细胞膜进入活体细胞内,安全无毒。
        ②  艾姆斯氏测试结果表明,DuGreen在凝胶染色浓度下完全没有诱变性,因此完全没有致癌毒性。
        通用大小片段电泳染色,适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。
        SYBR Green I 染料浓度较高时,条带容易弯曲,DNA片段迁移的现象明显 属花箐染料,能透过细胞膜进入活体细胞内,但容易生物降解,不会在体内残留,安全无毒。 100bp以上电泳染色,适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。
        EB 条带不弯曲,DNA片段不迁移 ①  分子量小,易挥发升华,易吸入人体,不易生物降解,在体内长期残留。
        ②  艾姆斯氏测试结果表明,EB容易引起有机体突变,是一种强诱变剂,具有高致癌性。
        100bp以上电泳染色,背景荧光信号高;使用普通紫外凝胶透射仪观察。
        Goldview 条带不弯曲,DNA片段不迁移 ①  主要成分为吖啶橙,是一种煤焦油提取物,具有高毒,致癌,高诱变性。
        ②  易挥发升华,易吸入人体,能穿透细胞膜进入活体细胞内,不易生物降解,在体内长期残留。
        100bp以上电泳染色,背景荧光信号高;适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。
         

        特别提醒:

        ♦ 如果您使用的是紫外成像仪,请选择DuRed;如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测,请选择 DuGreen。

        ♦ 在极少数情况下,质粒经某些酶切后的DNA样品会出现拖尾和分辨率降低,此时建议同时尝试两种染色方法以决定哪种方法更加合适。

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