PCR引物设计

PCR引物设计及软件使用技巧张新宇，朱有康，高燕宁（中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京100021）摘要：本文旨在介绍使用软件设计PCR引物的技巧。在PCR引物设计原则的基础上，详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法，并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“PremierPrimer5”软件，而引物的评价分析则可采用“Oligo6”软件。关键词：PCR；引物设计中 ...

在论坛上看到不停地有人在问RT-PCR的问题，实际上在以前的帖子中各位香主和eeflying（我为什么总是提他们？因为还是很佩服的哦，生怕自己说错了，被他们指出来哦）都谈到了很多，鄙人也充大头答了一些问题，但是还是有各种问题，由于的基因表达还有点实战经验（但也技止此而），所以想些点东西给大家参考，计划把包括RNA酶保护分析，northernblot，原位杂交，半定量RT-PCR和定量RT-PCR都 ...

聚合酶链反应即PCR技术，因为其对基因或特定核酸序列在短时间内的极大的扩增效率，已在感染性疾病、肿瘤、遗传病、寄生虫病、法医学、动植物和考古等的诊断和研究中得到了广泛的应用，并在某些方面几乎是难以替代的。但是，像自然界的任何事物一样，PCR也有其局限性，稍不注意，就很容易造成错误的判断。　　感染性疾病由病原微生物引起，主要有病毒、细菌、衣原体、支原体和螺旋体等，在PCR出现以前，这些病原体通常采用 ...

引物（primers)引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。引物的重要性在整个PCR体系中 引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能对引物进行有效的延伸，可见引物设计好坏与PCR结果密切相关。引物设计原则1.引物长度 ...

PCR primers should be free of significant complementarily at their 3'-termini as this favours formation of primer-dimer which reduce product yield. Formation of primer-dimer artifacts may also cause m ...

What is degenerate PCR? Degenerate PCR is in most respect identical to ordinary PCR but with one major difference. Instead of using specific PCR primers with a given sequence you use mixed PCR prime ...

一滴残留在裙子上的精液使得美国总统BillClinton不得不坦承他与白宫实习生有不正当的关系。因为他知道现在的生物科技就连一个精子也能被用来做为证据。这种将极微量的生物标本化为可供鉴定的现代技术正是PCR(Polymerasechainreaction)--聚合酶链式反应具有的特色之一。这也是分子生物医学令人震撼的一例。何谓PCR 简单的说，PCR就是利用DNA聚合酶对特定基因 ...

一．荧光PCR原理 1．荧光共振能量传递(FRET)某荧光标记基团在激发光刺激下生成某波长的发射光，当另一屏蔽基团与其距离合适时，原发射光将会被屏蔽基团所吸收，并转化为其他波长的发射光或热能，称之为FRET。2．荧光化学：荧光定量PCR所使用的荧光化学可分为两种：荧光探针和荧光染料。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬 ...

摘　要： RACE是一种快速克隆cDNA末端的方法，目前 该方法被广泛应用于未知碱基序列基因的克隆，尤其是SMART　RACE技术更为人们所青睐。本文总结了我们实验室用SMART　RACE技术克隆基因的一些心得体会，希望对用RACE方法克隆基因的同行有些帮助。关键词：　RACE;　RNA提取;　兼并引物　中图分类号 :Ｑ75　　　文献标识码 :ＡSome Suggestions on Gene ...

陈文学 邹学森 陈岳青 黄秀珍 钟礼瀑 （江西省肿瘤医院 肿瘤研究所， 江西 南昌 330029） 荧光定量PCR技术具有简便、灵敏、准确等优点，目前已经在乙肝和性病的诊断和治疗中得到了广泛的应用，但在肿瘤方面的应用还处在研究和开发阶段。本文综述近年国内外相关荧光定量PCR技术在肿瘤研究中的应用。 FQ-PCR；肿瘤；人乳头瘤病毒；EB病毒 肿瘤是危害人类健康的一种疾病，它的恶性程度与预后判断 ...

PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致 ...

减少引物二聚体的方法1. 从引物自身着手，重新设计引物，这是最根本解决这一问题的办法；2. 可能模板有问题；3. 模板浓度过小，适当加大模板量；4. Taq酶，引物，Mg2+浓度可能过高，可降低它们的浓度；5. 取你所要加的上下游引物混合后，在100摄氏度下的沸水中煮5分钟，然后迅速拿出至于冰块之上瞬时冷却，这时再加入反应体系当中，引物二聚体就会消失的；6. 所配MIX中加5%的甘油或者5%的DM ...

Primer Premier 4.10Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗 ...

Primer Premier 4.10Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗 ...

1.PCR反应的最适条件4．1 TaqDNA聚合酶在早期进行的PCR反应中，使用的是大肠杆菌DNA聚合酶1的大片段，，即Klenow片段。也曾有人用噬菌体T4 DNA聚合酶。这两种酶的共同弱点是对热不稳定性，DNA合成反应只能在370C进行。PCR时每一循环的解链温度都在90C以上进行，故在每两个循环之间要加入新的DNA聚合酶，使得整过程整个实验过程很繁琐和昂贵。同时在370C，引物与DNA模板之 ...

PCR产物的电泳检测时间　　一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。 假阴性，不出现扩增条带　　PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。　　模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消 化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失 ...

做RNA病毒基因的RT-PCR成败的关键首先在于RNA模板的制备。本人三年前做过一个正链RNA病毒全基因组分段扩增，设计方案是将全基因组分成7个片段，0.6kb-3.3kb不等，分别进行RT-PCR扩增，刚开始的三个月，我们课题组三个人辛辛苦苦，什么招都想过了，结果连一个片段都没有拿到。后来有一个周末，我一个人安安静静做了一天，PCR跑胶的结果足以让我兴奋一个月：一下子隐隐约约出了3个片段！！！紧 ...

1.PCR产物的电泳检测时间　　一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。 2.假阴性，不出现扩增条带　　PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。　　模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消 化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模 ...

PCR实用技巧增加PCR的特异性： 1. primers design 这是最重要的一步。理想的，只同目的序列两侧的单一序列而非其它序列退火的primer要符合下面的 一些条件 a. 足够长18-24bp以保证特异性.当然不是说越长越好太长的primer同样会降低特异性并且降低产量 b. GC% 40%~60% c. 5'端和中间序列要多GC以增加稳定性 d. 避免3'端GC rich 最后3个B ...

Primer Premier 4.10Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗 ...