SNP/Microsatellite

假设样本数为35： 1、采用测序方案：测序一类的公司都可以，生工，英骏，奥科等等，你提供PCR产物，他们进行测序。 2、采用TAQMAN或MGB探针方案：基康，复旦悦达，联合基因等，强烈建议不要采用这种方案，特贵。 3、采用微测序方案：翼和生物。就是应用LDR连接酶的反应，发射荧光的进行检测的。 效果和价钱比较： 测序要你自己做PCR，但测序的好坏要看你PCR产物的质量和测序公司的能力，价格大概 ...

CELL杂志04年11月份的一篇paper介绍了单个SNP的功能学研究的方法。 点击下面链接下载 A Single Nucleotide Polymorphism in the MDM2 Promoter Attenuates the p53 Tumor Suppressor Pathway and Accelerates Tumor Formation in Humans ...

0 128);"丁香园网友atcg 0 128);"提到：1 、把蛋白序列对应的核酸序列找到。2 、根据核酸序列做BLAST （对dbSNP数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html）。3 、结果中，可以得到你的序列上所以已知的SNP。 0 128);"丁香园网友 0 128);"freedegree 0 128);"提到：以编码5 ...

以检索NAT2的不同SNP的基因序列为例： 1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息，方法如下： （1）进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，然后，Search下拉菜单中选“ SNP”，搜索for “NAT2” （2）搜索了一下，人类的NAT2SNP数据库记录有279条，如我贴图所示，每一条你都可以 ...

1，如果是检测基因的所有以知的SNP，那么你首先要去了解并查询到这些SNP位点吧，SNP位点可以通过查询dbSNP数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）和TSC（The SNP Consortium）数据库（http://snp.cshl.org/），可以获知基因及上下游邻近序列的SNP位点。 2，至于挑选的原则，可以介绍一下Hap Map的正规化标准： SNP ...

关于snp位点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式： 一、突变信息之间加上位置信息： 主要有三种方式：比如说突变信息之间加上cDNA的位置，如C188T；突变信息之间加上DNA的位置，如A2546G；突变氨基酸信息之间加上氨基酸位置，如Glu145Lys. 二、按发现顺序或频率顺序拟定的惯用名称 也有几种形式，如CYP2Dundefined10CYP2Cundefined3等 ...

基因芯片技术作为一种新兴的生物技术，近年来得到迅速发展，其应用具有巨大的潜力。单核苷酸多态性（SNP）作为新的遗传标记对基因定位及相关疾病研究的意义亦非常重大。本文主要介绍了DNA 芯片技术的原理和分类、单核苷酸多态性检测方法及DNA 芯片技术在单核苷酸多态性检测方面的应用。 生物芯片技术是90 年代初发展起来的，集分子生物学、微电子技术、高分子化学合成技术和计算机科学等于一身的一门新型技术。目 ...

SNP产生功能的机制目前罕有这方面的综述，但是做SNP的功能性研究的文献和方法层出不穷，NAT GENITIC 上几乎每期都有相关方法学的报道。但是对于具体产生机制我提一下本人的看法，希望大家补充。 1.对大多数SNP而言，都由于位于一些非编码区域而不产生明显的功能性影响，此时做SNP功能意义不大。 2.启动子SNP研究是做的人最多的，相关实验技术都比较成熟，其产生功能的机制主要是影响TF与启动子 ...

来自上海某研究所的易博士的研究课题是寻找导致某种疾病的相关基因，最近他获得了这一疾病的微卫星家族标记图谱，但是这种串联重复的微卫星位点并不能完全满足他的分析要求，因此他决定转向作单核苷酸多态性SNPs（single nucleotide polymorphism，发音为“snips”）基因分型。 确实，如果你的研究课题也是寻找易感基因，那么SNPs是一种比较而言可行而且高效 ...

SNP位点信息已知的情况下， 选择SNP的GENOTYPING的方法，主要根据你的经费情况设计，我分别给你分析一下现状： A一般实验室： 经费一般， 仪器不具备时， 最多用的是以下两种方法： 1、 基于PCR的方法，也叫AS-PCR， (ALLELE-SPECIFIC PCR)的办法，园子里这方面的东西不少，特别是在遗传发育版面应该很多。 主要原理是利用引物在扩增时3'端相对高的BASE要求，进行 ...

1、多态性是一个群体概念，多态性指这个差异占群体的1%以上。否则就叫突变（小于1%）。 2、SNP是多态性中的一种，只是进一步限定了差异只是单碱基。 3、SNP一般来说，是全部体细胞一样的基因型（除开嵌合体）。 4、突变一般不是一个个体全部细胞的变化。 5、如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传，但是只要这个突变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系。达到了1%就是多态性了。 ...

目前已有多种方法可用于SNP检测，如根据DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交、寡聚核苷酸特异的连接、DNA芯片以及TaqMan系统等。但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。 传统的SNP检测方法是采用一些已有的成熟技术，如DNA测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)、单链构象多态性(SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)等。这些技术虽在某种程度上 ...

丁香园网友yxbo21021提出： SNP的研究在当前仍然可以用入火如荼形容，一方面是各大数据库可以方便检索到几乎任何一个基因的SNP分布及其频率，另一方面SNP的功能研究有非常大的研究空间和前景，这应归于许多SNP的流行病关联研究重复性差，因此只有在功能上对其阐述才能解决根本问题。 当前SNP功能研究主要有以下几方面： 1、报告基因转染技术：这一技术主要用于研究启动子SNP对于mRNA转录效率， ...

SNP是单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism ）。一般来说它是双等位基因的，就是说一个位点，人群中大部分人是A碱基，那么还有一部分人是T碱基，一般不会是C或者G了，这是一般的规律，没有什么好解释的。举个例子，一个人是正常人他的某一条染色体一段序列是：AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，反向肯定是一串t了，是吧？另一条染色体也是这个样子的 ...

是一篇蛋白质组学学期报告——Single Nucleotide Polymorphism内容，原文为繁体。 点击下载 ...

snp现有检测技术有主要的3大类别 1、测序 主要发现新的snp位点和比较集中的snp位点，如hla区域，但成本较高，工作量大，不适合大样本做疾病关联分析。 2、taqman探针 结果比较可靠，国外文章也大量应用，不过对于国内成本偏高，同类还有snpshot技术，abi和贝克曼都相应试剂盒。成本和成功率都比taqman要低。 3、snp芯片 国外大规模筛查疾病关联分析常用，illumina和af ...

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。 SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（ ...

对于SNP 研究，我个人的感觉是：曾经非常的“热”过，而现在，似乎有些降温。 这种降温在国内的研究领域内主要表现为：SNP研究做得非常多，甚至有些滥了，就象前面有的战友说的，随便做点PCR就可以在国内的杂志发文章了，文章太多太滥，没有多大的价值。 对于国外SNP研究领域，我认为现在也进入了理性思考期。SNP的文章还有很多，但是研究的思路和风格已经和以往不同了。记得2002- ...

用以检测T2DM的众多候选基因突变所需要的技术，既要求能够自动化、高通量进行，也要求除PCR之外，勿需进行PCR引物修饰、购买特殊试剂、检测标记信号或作其它的样品处理；而目前已有的许多DNA突变分析技术诸如单链构象多态性 (single-strand conformation polymorphism，SSCP) 、变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electro ...

其实是一种段片段焦磷酸测序技术，在测序引物的引导下，完成段片段（含snp）的测序，从而实现基因分型。缺点：不能检测长片段，对于重复序列没有办法。 原理简介 1.测序引物与单链，PCR扩增的DNA模板相结合。然后将其与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶，以及底物APS和荧光素一起孵育。 2.四种dNTP之一被加入反应体系，如与模扳配对，此dNTP与引物的末端形成共价键，dNT ...