RNAi

在发育或分化的不同阶段以及疾病模型中，利用miRNA特异的芯片能绘制出细胞和组织的miRNA表达谱，这能够揭示出参与了这些进程的特定miRNA。miRNA的过表达和沉默，则是一种有力的方法来研究miRNA的功能。这些研究应当在细胞内或体内进行，并与表型和基因表达分析相结合

随着研究的深入，已知miRNA的数量与日俱增，目前Sanger miRBase数据库中收录的人miRNA已达721条。在基因功能研究中，最有效的方法是阻止特定基因的功能，然后了解其后果。miRNA同样如此。

本文总结概括了siRNA设计的方法。

Western Blot 印迹法是把通过电泳分离的蛋白质组分从凝胶转移至一种固相支持物，通过抗体与附着于固相支持物的靶蛋白的抗原表位发生特异性反应进行检测。Western Blot 既可以定性，又可以半定量，是初步鉴定靶蛋白表达的最方便也是最通用的方法。

实时荧光定量PCR（Real Time PCR，qRT-PCR）避免了传统PCR 以终产物检测定量产生的偏差，提高实验的重复性。与常规PCR 相比，实时荧光定量PCR 具有特异性更强、有效解决PCR 污染问题、自动化程度高等特点，已成为国际公认的核酸分子定量的标准方法。该技术已被广泛用于检测细胞mRNA 表达量的变化；比较不同组织的mRNA 表达差异；验证基因芯片，siRNA 干扰的实验结果。它涉及到DNA或RNA 样品制备，反转录及PCR 反应等一系列重要的分子生物学过程。

将制备好的siRNA、siRNA 表达载体或表达框架转导至真核细胞中的方法主要有以下几种：磷酸钙共沉淀；电穿孔法；DEAE-葡聚糖和polybrene；机械法；阳离子脂质体试剂。目前用的最多的是阳离子脂质体法。

本文介绍腺病毒、慢病毒载体、逆转录病毒、腺相关病毒4种病毒包装siRNA的优缺点、原理和包装实验流程。

化学合成的siRNA 与生物合成siRNA 相比，有以下优点：操作简便，研究人员得到合成好的siRNA 后，进行简单的稀释处理即可实验：转染效率高，相对于分子量较大的DNA 质粒，其转染效率高；对细胞的或者组织的毒副作用小……

RNA 干扰(RNAinterference，RNAi)是由双链RNA (double-strandedRNA，dsRNA) 引发的转录后基因静默机制。其原理是：RNaseIII 核酶家族的Dicer，与双链RNA 结合，将其剪切成21 - 25nt 及3'端突出的小干扰RNA (small interfering RNA，siRNA)，随后siRNA 与RNA诱导沉默复合物 (RNA - induced silencing complex，RISC) 结合，解旋成单链，活化的RISC受已成单链的siRNA 引导，序列特异性地结合在靶mRNA 上并将其切断，引发靶mRNA 的特异性分解，从而阻断相应基因表达的转录后基因沉默机制。

基因敲除和转基因动物是功能缺失表型研究的主要方法。然而，获得这些动物是一个漫长而且费用昂贵的过程，同时很多基因的缺失会导致胚胎致死表型，使得基因敲除变得不再可能。 灭活蛋白功能的方法包括结构域阴性突变构建和分析，和使用抗体和aptamers。但是，这可能需要花费一些时间确定什么构型和结构有功能，而且它们似乎只对某些靶标有作用。 有两种方法被用来调节mRNA的更新，反义mRNA和核酶（ribozym ...

为了分析特异siRNA 序列在基因活性上的效应，必须知道导入siRNA 的序列。这将要求设计合成寡核苷酸或者载体上的短的发夹RNA （siRNA ）序列，转染后检测基因的阻断。而dicer酶切的siRNA （d-siRNA ）导入细胞后，由于d-siRNA 库中通常都有好几种有效的siRNA 序列，它们在起始RNA i反应尤其有效。 然而目前还没有方法确定在这个库中起作用的特异的序列。 ...

Rnai 最近由于RNA 干扰（RNA interference，RNA i）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在RNA i领域取得的进步，已经有许多这方面的综述发表（2-4）。RNA 干扰是由长的双链RNA 分子发动的，该分子可以被Dicer enzyme加工成长度为21-23个核苷酸的RNA （ ...

The protocols listed here are for Drosophila cells in 6 well plates and our pre-aliquoted 384 well plates. RNAi experiments may be done in other size plates just scale up or down. Adopted from Clemens ...

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Overview We design shRNA molecules with an algorithm. Our algorithm uses several criteria to rank potential 21mer targets within each human and mouse Refseq transcript. The algorithm applies a set of ...

RNA干扰是最近发现的一种功能工具。当RNA导入一个细胞时，最终会引起细胞内互补mRNA的降解，从而导致基因功能活性的阻断。 PTGS转录后基因沉默（posttranscriptionalgenesilencing）；一种首先在植物中确定，然后发现在动物中也存在的现象。尽管PTGS最初被描述作一种病毒防御和转位子沉默的内源方法，现在它已经成为一种新的令人激动的研究工具��RNAi干扰。 协同抑制（ ...

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RNA interference (RNAi ) by double stranded RNA (dsRNAs) molecules of approximately 20-25 nucleotides termed short interfering (siRNAs) is a powerful method for preventing the expression of a particul ...

Chemicals needed: Glucose L-(+)-Arabinose Sigma Cat # A3256 L-Rhamnose Sigma cat # R3875 Cb (carbenicillin) Sigma cat # 1389 DL-p-Chlorophenylalanine Sigma ...