DNA测序

极小巧的序列编辑器我自己设计的只有2K的小巧DNA序列编辑器，为网页文件，无需安装，只要有IE即可运行，辅助进行分子生物学序列编辑、引物设计，可生成互补、反向互补、大写、小写序列、编辑空格等。下载地址：ftp://www.souwo.net/DNA_editor.rar后期原作者将提供自己编写的《引物设计教程》下载或者将下列代码复制并存入文本文件并将扩展名改为htm(网页文件）即可。如果调试有效,请多回贴支持进一步的工具发 ...

gi|456502|dbj|D17800.1|POYFIMA7 Porphyromonas gingivalis (strain ATCC 49417) fimA gene for fimbrilin,complete cdsLength = 1299Score = 355 bits (179), Expect = 2e-95Identities = 182/183 (99%)Strand = Plus / PlusQuery: 3 taaccataagttcgacatcaacctgacgatcaccggtcctggta ...

凝胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，最初用于研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用，可用于定性和定量分析。这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。加分原则：1. 你可以在此跟帖提问。如果你的问题有一定深度，引发战友们积极讨论和思考。加1-2分。2. 回答问题或介绍经验。可加1-2分。 ...

20个测序常见的问题1．为什么需要新鲜的菌液？首先，新鲜的菌液易于培养，可以获得更多的DNA，同时最大限度地保证菌种的纯度。2．如何提供菌液？如果您提供新鲜菌液，用封口膜封口以免泄漏；也可以将培养好的4～5ml菌液沉淀下来，倒去上清以方便邮寄。同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。3．如何制作穿刺菌？用灭菌过1.5ml或2ml离心管加入LB琼脂(7g/L)斜面凝固，用接种针挑取分散良好的单菌落穿过琼脂直达管底，不完全 ...

第三代测序技术简介 转自sciencenet 作者 廖新化如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会认为他异想天开，没有一点生物的sense。我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。我有幸在 ...

什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）*性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing) ...

1. 什么是Reads?高通量测序平台产生的序列就称为reads。2. 什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。3. 什么是Scaffold？基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列， ...

忙了半天，整理完了，整理的不大好，多见谅1。基因测序的发展历史http://www.newlife.org.cn/xueshu/yantaohui/39-di3daijiyincexujishu.htm2。基因测序的几种技术非同位素银染测序系统操作技术（内容详细）http://www.biox.cn/content/labtec/20040824465.htmT7 DNA聚合酶测序技术（内容详细）http://www.biox.cn/ ...

请注意发贴规则导言MICROARRAY，是固定在固体基片上的大量DAN序列的微阵列，是许多复杂核酸样本中特定DNA序列定性和定量研究的有效工具。日益引起人们兴趣的MICROARRAY，已经用于基因作图、变异分析和基因表达的检测，并且，有希望成为科学研究和临床应用的标准工具。从原理上和实践上，基因芯片都是已用于核酸定性、定量研究数十年的杂交方法（Southern blot、Northern blot、克隆杂交和点杂交）的 ...

在网上看到的，和大家分享一下。如果有错误，希望大家能指正～Vector：Primer(F)；Primer(R)pACT T7 T3pACT2 GAL4 AD pACT2-RpAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.RpB42AD pB42ADF pB42ADRpBACPAK8 BAC1 BAC2pBK-CMV T7 T3PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13RpBV220 PBV220F PBV220RpCAMBIA 1301(1300) P1 P2pCAMBIA 2300 M13R(-4 ...

在pubmed上找c-myc的序列，结果出来下面的结果，好像不是我要的，怎么回事？NM_078467 LinksHomo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1) (CDKN1A), transcript variant 2, mRNAgi|17978494|ref|NM_078467.1|2: NM_010128 LinksMus musculus epithelial membrane protein 1 (Emp1), mRNA ...

第三张“基因变异图谱”与第二代基因组测序技术——评“千人基因组计划”首期研究成果的医学意义世界上任意两个人的基因99%都是相同的，而恰是那1%不同，负责着个体间的表型差异。《自然》杂志近期披露，当人体内携带有250到300基因变异位点的时候，相关基因就就会“沉默”。甚至，一个人只携带了 50到100基因变异位点，就可能患上某种疾病。10年前，“人类基因组计划”这一耗资30亿美元、历时10余年的伟大科学工程完成之际，人们以为得到 ...

对于一些生物测序公司（ 如Invitrogen等），我们的菌液或质粒经过PCR和酶切鉴定都没问题，但几天后的测序结果却无法另人满意。为什么呢？PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们所用的T载体克隆PCR产物就是应用该原理，通常PCR产物结束的位点，PCR产物测序一般末端的一个碱基为A（绿峰），也就是双脱氧核甘酸 ...

在核酸分子杂交、DNA序列测定和通过PCR放大DNA片段等实验中,都需要使用寡核苷酸作为探针或引物,而对这些反应的质量起最重要影响作用的,就是这些寡核苷酸探针或引物。用优化的寡核苷酸进行实验能够很快得到好的结果,而用不够合适的寡核苷酸时,常常得出似是而非的结果,不仅大大增加了后续实验的工作量,还可能一无所获。怎样优化设计寡核苷酸呢?至少有下列几个方面的问题需要考虑。1. 估测可能形成的DNA或RNA双链的稳定性 寡核 ...

利用DHPLC 基因扫描技术进行深入彻底的突变与SNP 筛查Stan L Lilleberg变性高效液相色谱（DHPLC）是一种新型遗传变异筛查技术，可用于单碱基替换（或单核苷酸多态性），小片段缺失或插入等多种基因突变的检测。DHPLC 基因扫描技术可在生殖细胞系和体细胞系中筛查遗传变异。而像特定位点DNA甲基化状态的改变等遗传现象也可用在DHPLC基础上建立的方法来检测。遗传变异的生物学效应是由突变基因的位置和特点决定的，而 ...

在核酸的研究中我们总会遇到这个问题：将一段RNA序列中的U改写成T。将一段5’-3’的序列反过来书写成3’-5’。以及求一个片段的互补序列。这些事情是很简单的，但是十分消耗精力，U变T可以用Word轻松实现，反写序列据说用Excel可以实现，互补序列用各种引物设计软件。或者引物设计软件可以解决以上所有问题，但是操作还是不够简便，需要反复粘贴。这令需要设计大量引物的我深感不悦，以至于操起高中的VB课本自己编写了一个软件 ...

我刚从生工测序回来，样品基因片段是用PCR扩增出来，约2.1Kb。扩增片段两端的酶切位点为Nhe1和Xho1，扩增这个片段的引物是这样：Ck-fullNX-F: 5' GTG CTA GCC ATG AAC AAT CCA TGG TC 3'Ck-fullNX-R: 5' GCG CCT CGA GCT ACA GAG ACT TAA AG 3'接在pcDNA3.1(+)的 Nhe1和Xho1之间。连接克隆后经酶切和PCR验证都完全正确。利用pcDNA3.1(+)的T7 promoter primer 和BGH引物从两端测序 ...

打开峰图文件，依据图形初步判定测序质量，SAP酶纯化后的头峰杂度比较大，至少前50bp序列一般不可信，后续峰形如果还不错，主峰高、噪峰低、未见干扰峰，测序结果应该可信。一个正常的成功反应，能保证测序峰形清晰的长度为500 Bases (实际600 —800 Bases)。在进行DNA测序时，紧接引物的10 — 30 Bases有时不一定能完全读清楚。 由于DNA结构上的原因，有时会出现反应中途无法进行之情况。如：G/C rich; G/C Cluster；Po ...

来源：生物通第二代测序技术, 又称新一代测序技术, 是相应于以Sanger 测序法为代表的第一代测序技术而得名。第二代测序中3种主流测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006 年)和 ABI/SOLiD 连接酶测序(2007 年)技术。与 Sanger测序相比, 3种新一代测序技术共有的突出特征是, 单次运行(run)产出序列数据量大, 故而又被通称为高通量测序技术。　　深圳华大基因研究院是国内 ...

最近想从cDNA文库中钓一个基因出来，但是在PUBMED上搜索，出现很多的序列。以前我也遇见过这样的情况，但是没怎么注意，只是找到自己想要得，但是今天一个同学和我说，他找的序列结果发现没注意仔细鉴别，可能是别的基因。那么就是说，用PUBMED搜索的结果里有的不是这个基因了。不知道应该怎么确定哪个基因序列是你要的??(?)另外，打开一个序列，里面除了序列以外有很多别的东西，有的能明白，有的不知道是什么，比如：（1）STS 95 ...