生物信息学技术

酶切图谱（Macrorestriction Map）：描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。这里简单介绍一下用DanMan软件怎样做限制性酸切图。这是以前上生物信息学（选修课来着）这门课程时学到的。我并不需要用到这些，所以对于这个没有深入研究。这里只是简单介绍一下做酶母菌质粒的酶切图。有不对的请指出。画酶切图基本的思路就是，找到全长的序列（最好是GenBank格式），然后借助软件画图。就 ...

序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。Fasta格式开始于一个标识符：""，然后是一行描述，下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。如：gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope proteinELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRTQ ...

CLUSTAL-X是一个图形化的多序列比对工具，利用这个工具可以对数据进行比对，除掉结构相同的或者只有个别碱基序列不同的序列，最后对保留的结果得到最后对保留的结果得到“.phy”格式文件。PHYLIP软件是一个免费的集成的进化分析工具，有华盛顿大学遗传学系Joseph felsenstein 编写，1980年首次释放，目前已经升级到3.6.7版本。PHYLIP包含了35个程序，这些程序基本上囊括了 ...

大家好：我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN（LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列（To ...

２０世纪后期，生物科学技术迅猛发展，无论从数量上还是从质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的急剧膨胀迫使人们寻求一种强有力的工具去组织这些数据，以利于储存、加工和进一步利用。而海量的生物学数据中必然蕴含着重要的生物学规律，这些规律将是解释生命之谜的关键，人们同样需要一种强有力的工具来协助人脑完成对这些数据的分析工作。另一方面，以数据分析、处理为本质的计算机科学技术和网络技术迅猛发展？并 ...

生物学与信息科学是当今世界上发展最迅速、影响最大的两门科学。而这两门科学的交叉融合形成了广义的生物信息学，正以崭新的理念吸引着科学家的注意。生物信息学(Bioinformatics)是生命科学领域中的新兴学科，面对人类基因组计划所产生的庞大的分子生物学信息，生物信息学的重要性将越来越突出，它无疑将会为生命科学的研究带来革命性的变革。 生命现象是在信息控制下不同层次上的物质、能量与信息的交换与传递 ...

后基因组研究如基因组序列或功能分析以及基因交互识别等如果没有大量数据处理技术是无法进展的. 因此 一个名为信息生物学(Bioinformatics) 藉由联合高性能计算机和高效数据处理运算法则的新研究领域出现了. 首先它被用于计算人类基因组计划得出的遗传碱基序列 从而得出蛋白质功能. 虽然已发现了大多数基因的碱基序列和氨基酸序列一级结构 仅少量蛋白质的功能是已知的. 因此 信息生物学通过使用 ...

基因组包含了构成和维持一个生活有机体所必备的基本信息，由细胞内进行的多种分子生物学反应将这些信息转化为真正的生命现象。基因组的一部分编码蛋白质和RNA，其它部分调控这些大分子的表达。表达的蛋白质及RNA折叠成高度专一的三维结构，在体内的特定位置上实现其功能。这些过程的大量细节都是在分子生物学研究的实验室里揭示出来的，所形成的大量数据，存储于数据库中。生物信息学试图从这些数据中提取新的生物学信息和知 ...

数据检索 — 文本搜索 Entrez — 对GenBank EMBL DDBJ PIR-International PRF Swiss-Prot and PDB数据库中的核酸和蛋白，包括了来自〉70000个物种的序列序列数据提供整合的访问，同时提供对3D蛋白结构，基因组图谱信息和PubMed MEDLINE的访问。Entrez包含了对每个数据库记录的预先计算好的相似搜索，产生一个相关序列，结构， ...

美国基因研究专家埃里克·兰德今年在波士顿举行的“生物信息世界”会议上指出：“现代信息技术正在促使生命科学揭开新的一页。计算机科学家与生命科学家合作至关重要，基因学的发展不仅依赖于生物信息技术的进步，也离不开信息技术。”兰德目前担任美国麻省理工学院伍德海德研究中心负责人，他认为在过去的20至30年中，生物学已从一种以实验室为基础的科学转向以信息为基础的科学。他相信，基因科学的成功将“大大依靠信息科学 ...

http://www.ncrna.org/http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/http://noncode.bioinfo.org.cn/index.htmhttp://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/ (责任编辑：大汉昆仑王) ...

Andreas D.BaxevanisGenome Technology BranchNational Human Genome Research InstitudeNational Institutes of HealthBethesda.Maryland在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中，人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比对。由于这些比对通常都希望能够推测新蛋白的功能，不管它们是双 ...

系统发育分析Mark A. Hershkovitz and Detlef D.LeipeNational Center for Biotechnology InformationNational Library of MedicineNational Institutes of HealthBethesdaMaryland系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过 ...

3 序列比对和数据库搜索 比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、位点和profile， ...

神经内分泌学是一门由神经科学和内分泌学形成的交叉学科，目的在研究中枢神经系统-垂体-外周内分泌系统的调节及其反馈机制，以了解和阐明中枢与外周神经体液稳态及其失常与疾病的关系(图9-1)。外周内分泌腺主要包括性腺、肾上腺和甲状腺。中枢神经-垂体、卵巢和外周内分泌对女性个体的发育、生长、成熟、生殖、衰老等生理过程进行极为复杂而精密的调控。 ...

神经组织（nerve tissue）构成神经系统。神经系统分中枢神经系统（脑与脊髓）和周围神经系统（神经和神经节）两大部分，两者是相互联系的整体。神经组织是由神经细胞（nerve cell）和神经胶质细胞（neuroglial cell）组成的，它们都是有突起的细胞。神经细胞是神经系统的结构和功能单位，亦称神经元。神经元数量庞大，整个神经系统约有1011个，它们具有接受刺激、传导冲动和整合信息的能 ...

内分泌系统（endocrine system）是机体的重要调节系统，它与神经系统相辅相成，共同调节机体的生长发育和各种代谢，维持内环境的稳定，并影响行为和控制生殖等。内分泌系统由内分泌腺和分布于其它器官的内分泌细胞组成。内分泌细胞的分泌物称激素（hormone）。大多数内分泌细胞分泌的激素通过血液循环作用于远处的特定细胞，少部分内分泌细胞的分泌物可直接作用于邻近的细胞，称此为旁分泌（paracri ...

今天看论文发现一极品参考文献，特来询问大家是否见过其他奇葩。 最后一篇私人交流也可以。。。以后写论文参考格式就导师的名字+private communication就可以了。。。 欢乐的ebay 这…… private communication 其实并不少见。你在文章里用了一个结果，但这个结果的原创者并不是你，是另一个人和你聊天时说的。而这个真正的原 ...

一切都源于一枚务实的90后工科小虾米所提的问题： 本科生如何高效率学习国外大牛编的教材呢（例如生化的Gene VII物化的Atkins）？ 1. 要求凭借此书快速构建起这门课的知识网络，不为应试，冗长的名词和图表（将来随手能查到）只做了解，以能掌握学科的核心概念、思路和方法，启发自己为最终目的。 2. 就物理化学生物来说，窃以为国外教材普遍优于国内教材。 3. &n ...

s书签也称SQ样品书签，是对样品存放进行更有效的管理的工具，可对不同冰箱、液氮罐等容器位置进行更有效的整合，建立更人性化的样品库。用户一个总库里边分子库的时候，可建立s书签，指定库名称，把不同库的冰箱挂到对应的s书签上。一个库样品分别在不同的冰箱里，可以将不同冰箱里的对应位置创建s书签，把他们挂到同一个库s书签上，访问超方便。s书签的位置，结构可任意移动，拖动，信息结构更合理、查找样品更便利。s ...