生物信息学技术

1986年Maki等从鸡的肉瘤病毒ASV17中分离了一个新的癌基因，叫做V-Jum编码296个氨基酸的多肽，表达产物为p65Kda，是一种融合蛋白。与小鼠的C-J um有79%的同源性，人类的c-jum和小鼠的c-jum 有90%的同源性。人类的c-jum 基因定位于14q21-31，成熟的mRNA长2.2Kb，编码含380个氨基酸的p55c-fos，分子量55Kda，也是一种核内磷蛋白。AP-1 ...

直接检测癌基因有两种方法：一种是从动物肿瘤中提取DNA转染正常细胞使其转化，已确立的小鼠NIH3T3纤维瘤细胞株也可作为受体细胞。另一种方法将这种提取的DNA注入裸鼠（无免疫能力的一种小鼠）可形成肿瘤。用以上的方法就可用来检测c-ras家族的onc。ras癌基因最初是在两种大鼠的反转录病毒Ha-Musr和Ki-Musy中发现的。在人和大鼠的基因组中相应的C-rasN-rasH-ras和K-ras虽 ...

线粒体是好氧动物和植物细胞质中的细胞器，是细胞中能量的来源，它们含有三磷酸循环的酶类，执行氧化磷酸化及脂肪酸的生物合成。通过电镜、放射自显影、浮力密度比较等方法对线粒体的DNA进行了系统的研究。 不同物种的真核生物线粒体基因组大小差异很大，但含量是恒定的，高等植物mtDNA链长250Kb~2000 Kb（80-800μm）。如玉米的mtDNA基因组有600 Kb（200μm）。真菌、昆虫直到哺乳动 ...

母体遗传是认识细胞器基本遗传的一个准则，另一些诊断实验应用于丝状真菌如脉胞菌和曲霉。从原则上说，这些测验能应用于和异核体有关的其它系统。 异核体是由假定的核外突变（生长慢的突变）和带有已知的核基因突变之间产生的。如果核突变的表型在与缓慢生长突变表型的联合中形成异核体而得到恢复。那么可以假设生长突变来自细胞器突变。这是由于在异核体中一般不会产生二倍体，因此表型的恢复不大可能是核基因显隐性关系或 ...

单一的进化树的数量会随着分类群数量的增长而呈指数增长，从而变为一个天文数字。由于计算能力的限制，现在一般只允许对很小一部分的可能的进化树进行搜索。具体的数目主要依赖于分类群的数量、优化标准、参数设定、数据结构、计算机硬件以及计算机软件。 有两种搜索方法保证可以找到最优化的进化树：穷举法和树枝 跳跃法（BB）。对于一个很大的数据集，这两种方法都很不实用。对分类群数量的限制主要取决于数据结构和计算机速 ...

生物计算机是以生物界处理问题的方式为模型的计算机。目前主要有：生物分子或超分子芯片、自动机模型、仿生算法、生物化学反应算法等几种类型。 计算机工业在近几十年内飞速发展，其速度令人瞠目。然而目前晶体管的密度已近当前所用技术的理论极限，晶体管计算机能否继续发展下去？所以，人们在不断寻找新的计算机结构。另一方面，人们在研究人工智能的同时，借鉴生物界的各种处理问题的方式，即所谓生物算法，提出了一些生物计算 ...

生物敏感膜又称分子识别元件，是生物传感器的关键元件，它直接决定传感器的功能与质量。依所选材料不同，可以有酶膜、全细胞膜、组织膜、细胞器膜、微生物膜、免疫功能膜和杂合膜等，各种膜的内容物见表。 表 生物传感器的分子识别元件分 子 识 别 元 件 生 物 活 性 材 料酶膜各种酶类 全细胞膜细菌、真菌、动植物细胞组织膜动植物组织切片 细胞器膜线粒体，叶绿体 微生物膜微生物免疫功能膜抗体、抗原、酶标抗原 ...

　　信息科学是信息时代的必然产物。信息科学是一门新兴的跨多学科的科学，它以信息为主要 研究对象。信息科学的研究内容包括：阐明信息的概念和本质(哲学信息论)；探讨信息的度 量和变换(基本信息论)；研究信息的提取方法(识别信息论)；澄清信息的传递规律(通信理 论)；探明信息的处理机制(智能理论)；探究信息的再生理论(决策理论)；阐明信息的调节 原则(控制理论)；完善信息的组织理论(系统理论)。　　扩展 ...

基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。目前GDB中有：人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimers PCR 标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogenetic markers、易碎位点fragi ...

Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同 ...

PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上 ...

SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括 ...

蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与 ...

PROSITE数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体 ...

蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。

京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工 ...

可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB(蛋白质)部分来源于SWISS-PROT蛋白质序列库，通过选取有可变剪接注释的序列，搜索相关可变剪接的序列，经过序列比对、筛选和分类构建而成。ASDB(核酸)部分来自Genbank中提及和注释的可变剪接的完整基因构成。数据库提供了方便的搜索服务。

相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、关键词、实验技术或引用文献来查询DIP数据库。

转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个TRRD的条目里包含特定基因各种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。TRRD包括五个相关的数据表：TRRDGENES(包含所有TRRD库基因的基本信息和调控单元信息)；TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息)；TRRDFACTORS(包括TRR ...

TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。此外，还有几个与TRANSFAC密切相关的扩展库：PATHODB库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；S/MART DB收集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信 ...