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RT-PCR: The Basics

RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) is the most sensitive technique for mRNA detection and quantitation currently available. Compared to the two other commonly used techniques for quantifying mRNA levels, Northern blot analysis and RNase protection as ...

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PCR--引物设计原则

PCR引物设计原则 PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长 ...

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M-MLV第一链cDNA合成试剂盒-技术手册

M-MLV第一链cDNA合成试剂盒-技术手册一、 试剂盒组成ComponentsSK2027SK20285×M-MLV Reaction Buffer100µl250µldNTP Mix,10mmol/L25µl55µlOligo-p(dT)18 Primer, 0.5µg/µl25µl55µlRandom Primer p(dN)9, 0.2µg/µl25µl55µlRNase Inhibitor (a), 40U/µl20µl50µlM-MLV Reverse Tran ...

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β-actin 的引物序列

常用的β-actin 引物序列human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc product size:268 rabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag product size:295 mouse actin r cgt tga cat ccg taa aga cc mouse actin f aac agt ccg cct aga agc ac product size:281 rat actin f TCAGGTCATCACTATC ...

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PCR-引物设计原则

PCR-引物设计原则1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3. ...

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Primer4.10中文使用说明

Primer4.10中文使用说明Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。这里我们主要介绍其引 ...

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PCR-引物设计及软件使用技巧

PCR-引物设计及软件使用技巧本文旨在介绍使用软件设计PCR引物的技巧。在PCR引物设计原则的基础上,详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法,并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“PremierPrimer5”软件,而引物的评价分析则可采用“Oligo6”软件。自从1985年KarnyMullis发明了聚合酶链式反应以来,PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之一,而引物 ...

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引物设计软件-Primer Premier 4.10

引物设计软件-Primer Premier 4.10Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)。这里我们主 ...

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引物合成介绍-1

引物合成介绍(1) 1.引物是如何合成的? 目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。申能博彩公司采用的合成仪主要机型为ABI3900高通量合成仪,合成长链主要采用Beckman 1000M和PE8909 DNA合成仪,引物修饰和高OD数合成采用ABI394等。亚磷酰胺三酯法 ...

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引物合成介绍-3

11.引物(含修饰)的分子量是如何确定的?答:非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5,引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA * WA) + (NC * WC) + (NG * WG) + (NT * WT) +(Nmod * Wmod) +(Nx * Wx)+( Nundefined Wi) +1undefined Ns� 62. NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量,WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G ...

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引物合成介绍-2

引物合成介绍5.需要什么级别的引物? 答:引物常用的纯化方式C18脱盐,OPC纯化,PAGE纯化,HPLC纯化。根据实验需要,确定订购引物的纯度级别。应用 引物长度要求 纯度级别要求一般PCR扩增 45 base PAGE诊断PCR扩增

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Two-Step RT-PCR protocol

Two-Step RT-PCR protocol We will provide both one-step and two-step protocols for RT-PCR. We recommend the two-step protocol for this class.In the one-step protocol, the components of RT and PCR are mixed in a single tube at the same time. The one-step protocol generally works well for amplifying targ ...

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PCR-SSCP技术-哈尔滨医科大学

PCR-SSCP技术-哈尔滨医科大学实验原理 聚合酶链式反应-单链构象多态(Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism,PCR-SSCP)技术是在PCR技术基础上发展起来的,它是一种简单、快速、经济的用来显示在PCR反应产物中单碱基突变(点突变)的手段。该方法已被用做癌基因和抑癌基因突变的筛查检测,遗传病的致病基因分析和基因诊断,基因制图等领域。 在SS ...

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随机引物PCR

随机引物PCR一.实验原理 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction)简称PCR,它是一种DNA体外扩增技术。1985年美国的Mullis等人发明了PCR技术,在体外利用模板DNA 、特定的寡聚核苷酸引物和DNA聚合酶,通过DNA变性、复性和延伸过程合成一条互补的DNA链。反复重复这一过程,模板DNA就可得到大量扩增。在PCR过程中,DNA的延伸起初是用大肠杆菌的DNA聚合酶I(Klenow片段)来完 ...

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荧光实时定量PCR技术初探

荧光实时定量PCR技术初探摘要:少量的DNA 序列的准确定量曾经是一件很难很累的事情,不过real timePCR 的出现把它变为和普通PCR 差不多一样容易。原理是利用能特异标记PCR产物的荧光物质,显示PCR 产物的动态累积,得到S 型的扩增曲线;假设该曲线的前期PCR 符合指数性扩增,于是在单纯指数方程的基础上,通过比较产物积累的速度(时间)来间接比较(进而确定)初始模板的分子数。我们试验了标准曲线的制作,以及对免疫相关的目的基因I ...

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Differential Display Technique and Its Application-差异显示技术(DD-PCR)及其应用

Differential Display Technique and Its Application-差异显示技术(DD-PCR)及其应用 高等植物在其生命活动过程中,由于基因的选择性表达,决定了高等植物生命活动的多样性和连续性。在植物的生长、发育、衰老和死亡过程中,都有不同的基因起作用。因此,研究基因的选择性表达,掌握其对植物生命活动的调控,克隆"克隆新基因,是分子生物学的重要课题。  1992年,Liang和Pardee[1]首次提出差异显示 ...

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定量PCR Taqman探针设计要点

定量PCR Taqman探针设计要点自90年代Taqman探针诞生以来,虽然荧光探针(引物)不断有新的技术出现,但是作为一种经典的定量PCR技术,Taqman探针技术仍然是许多实验研究人员进行定量检测的首选,这主要是因为相对于SYBR荧光染料,Taqman探针具有序列特异性,只结合到互补区,而且荧光信号与扩增的拷贝数具有一一对应的关系,因此特异性强灵敏度高,而且条件优化容易;而相对于杂交探针,Taqman探针只要 ...

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实时定量PCR方法对水中细菌RNA进行精确定量

实时定量PCR方法对水中细菌RNA进行精确定量AppliedandEnvironmentalMicrobiology,June2004,p.3618�3623 AxelFey,1StefanEichler,1Se´bastienFlavier,2RichardChristen,2ManfredG. 摘要 定量PCR(Q-PCR)是一种对目的基因定量的快速高效的方法。在真核细胞里,定量-反转录-PCR(Q-RT-PCR)也在采用稳 ...

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基因拼接--SOE法和SDL法

基因拼接--SOE法和SDL法PCR技术(多聚酶链式反应)是现代分子生物学的一个巨大突破,它能在体外迅速、大量、灵敏地扩增基因片段。可是,经PCR技术扩增的大量相关基因片段如何能有效拼接,却是一个很值行探讨的问题。传统的方法是引入限制性内切酶位点,这不但操作繁杂,而有时为了构建限性位点还会影响解读三联密码的正确性。本介绍两种基因 拼接的新方法,即SOE和SDL法,就能巧妙地解决这个问题。 SOE法  1989年,Horton等人 ...

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实时荧光定量PCR体系的设计与优化

实时荧光定量PCR体系的设计与优化时荧光定量PCR以其精确、快速、方便,越来越多的应用在科研、临床及检验检疫的各个领域。但是定量PCR是对精确性要求很高的实验,不仅要求在实验前有比较完整的实验设计方案,而且实验的条件对实验结果的影响也非常大。这些都是很多老师与学生非常关心的问题,下面分别从这两个方面来对定量PCR实验做一些阐述。 定量PCR实验步骤(以mRNA为例): 1.设计实验方案:例如对样品、实验组和对照组的一个实 ...

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