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【分享】引物延伸分析(primer extension analysis)

在研究启动子区时往往采用引物延伸分析(primer extension analysis,看了些相关资料,感觉收获不小,和大家分享一下。1、引物延伸分析(primer extension analysis)引物延伸分析用于定量mRNA的量,测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端, 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域,随后用RNA作为模板,用反转录酶延伸引物得到cDNA,用变 ...

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请问知道基因组DNA序列如何设计引物

这是在NCBI中查到的大豆贮藏蛋白基因Gy1的DNA序列,如果我想扩这个基因做表达用。如何扩,里面含有内含子,是不是把CDS连起来进行设计引物,后进行RT-PCR,还是直接扩增基因组DNA好。我是新手,请高手指教。LOCUS GMGY1 3527 bp DNA linear PLN 10-FEB-1999DEFINITION Soybean Gy1 gene for glycinin subunit G1.ACCESSION X15121VERSION X15121.1 GI: ...

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【公告】PCR技术讨论版 0应助贴--加分从优!

3月份0回帖:http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=2760421&sty=1&tpg=56&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=2764483&sty=1&tpg=56&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=2764651&sty=1&tpg=56&age=0http://www.dxy.cn/b ...

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【分享】分子生物学电子书

http://www.bioservice.com.cn/protocol_2.asp?info_cat_id=271DNA Repair Protocols SECOND EDITION • ABI实时定量PCR应用培训班讲义• 基 因 工 程 概 论• Adenoviruses: Basic Biology to Gene Therapy• Viral Vectors for Gene Therapy • RT-PCR Protocols RT-PCR • Transgenesis Techniques Principles and Pro ...

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[旧贴整理]PCR,RT-PCR相关问题整理

1.RT-PCR操作指南http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=130889&sty=3&keywords=PCR%2CRT-PCR2。RT-PCR标本制备http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1309149_0.html3。RT-PCR电子书http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=4137614&sty=3&k ...

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【分享】qRT-PCR实用指南(基因沉默编辑版)

实时定量PCR完全手册方法简介所谓的实时荧光定量 PCR 就是 通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量 PCR 反应中,引入了一种荧光化学物质,随着 PCR 反应的进行,PCR 反应产物不断累计,荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环,收集一个荧光强度信号,这样我们就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化,从而得到一条荧光扩增曲线。RT-qPCR是由三个步骤组成:1.反转录:依赖反 ...

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【分享】ABI荧光定量资料大全

今天查东西,偶然搜到有关ABI荧光定量技术资料,在ABI的代理欧比特网站上,比ABI工程师给的都多,共享出来,大家可以去下载,pdf文件。http://www.orbital.com.cn/jswz.asp?classid1=1定量PCR常见问题解答 相对定量实验入门指南 (AB产品) 绝对定量实验入门指南 (AB产品)基因鉴别试验入门指南 (AB产品) TaqMan Universal PCR Master Mix 使用说明书TaqMan PreAmp master m ...

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【活动】HRM实验“美图”有奖评选活动

“大家都来秀HRM精彩美图”罗氏Light-Cycler HRM实验结果投票—评选活动展示你喜欢的HRM精彩美图;分享你掌握HRM技术过程中的实验心得;和更多网友交流你和HRM技术的“甜蜜瞬间”!为了让更多的网友深入了解HRM这一qPCR高端技术以及分享其中的乐趣,罗氏联合丁香园特别组织本次活动。进入专区活动时间投票时间:4.6~5.31获奖名单公布时间:6.1~6.10奖品予获奖名单公布后一个月内发放;参与方式a、进入 ...

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PCR方法总汇(欢迎跟贴提供最新的方法)(转载)

Amplification of Genomic DNA by PCR (Robert H. Cruickshank)提供了标准而且详细的方法,包括了一些疑难问题的解答。・ Calculating Concentrations for PCR (Molecular Biology Techniques Manual)关于如何计算引物和核酸浓度的方法。・ PCR (Fermentas)提供了详细的方法介绍,包括混合液的制备、循环条件等等・ PCR (Bowtell Lab)提供了详细的方法介绍……・ ...

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引物设计全工略(菜鸟版)

丁香园有关引物设计的帖子数不胜数,然而对像我一样第一次设计引物的人来说可能太多了,多得我有点无从下手。我花了一些功夫总结了一下,希望能对初学者有点用。希望版主给我第一分(想得第一分都想疯了:))。1.引物设计有一些基本的原则如长度、GC含量、避免形成发夹结构等可参阅以下帖子:PCR经验总结全面介绍PCR技术,有部分引物设计原则引物设计总结引物设计一篇引物设计文章2.引物Tm、GC值的算法初学者易混,可看下面的帖子T ...

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【心得】我三年来关于AFLP的科研体会,服务大家(原创)

各位战友,如果你是奋战在AFLP的战场上,我想说的是无论何时你一定得战胜平时科研中得难以名状得痛苦,甚至是老师和同学不以理解得寂寞。AFLP的确是种技术难度很高得分子标记,从酶切到银染,步步艰辛。往往分子标记大家都觉得以PCR为基础,不至于太难,其实做出来AFLP,尤其是做出好的结果真不是件容易的事儿。我曾经在研究生第一年没有任何结果,建立方法和平台都不知道从哪里下手,身边没有一个可以帮助我的人。我是强烈的推荐 ...

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RT-PCR经验浅谈二

很抱歉,这阵子忙了好久,没有时间来写后续的部分。因为第一次写的时候承诺过继续写下去的 http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=323830&sty=3 希望没有让等待的战友太失望。言归正传:这一次谈一下逆转录酶和逆转录反应的问题,在一般的逆转录反应中,较常用的是MMLV(鼠源的)和AMV(禽源的)两种,现在更有各家公司推出的耐热的(50-60度)、超长片段的逆转录酶,这方面具有专长的数gib ...

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实时荧光PCR检测技术

实时荧光PCR检测技术众所周知,PCR(聚合酶链反应)技术自从1985年问世以来,经过十几年的发展,已成为实验室的常规技术。它是现代分子生物学研究中不可缺少的手段,是一种极为敏感的放大系统。相比于传统的临床诊断方法,核酸诊断是分子水平上的诊断技术,可以弥补传统临床诊断方法的某些缺陷,比如,核酸诊断能直接揭示病原体的存在,能客观反映病原体在人体内感染及活动情况,可以作为临床治疗中的一个有效监控手段,另外采用核酸诊 ...

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PCR反应体系与反应条件(转帖)

标准的PCR反应体系:       10×扩增缓冲液   10ul       4种dNTP混合物   各200umol/L       引物        各10~100pmol        模板DNA      0.1~2ug        Taq DNA聚合酶   2.5u        Mg2+       1.5mmol/L       加双或三蒸水至  100ul  PCR反应五要素: 参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+  引物: 引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用 ...

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【分享】Taq DNA聚合酶、Pfu DNA聚合酶等酶的特点及应用

合理选择耐热DNA聚合酶是PCR成败与否的一个关键因素。选择最合适的耐热聚合酶,是进行PCR实验首先要考虑的问题。许多耐热DNA聚合酶的主要区别在于特异性、保真性、耐热性、扩增速率、扩增片段长度等几个指标。下面是六种不同耐热聚合酶的比较:Taq:扩增效率最高的耐热DNA聚合酶,能很好的扩增6kb以下的DNA 片段。扩增碱基出错率为10-5左右。Pfu:目前保真度最高的耐热DNA聚合酶,碱基出错率为10-6,但扩增效率低 ...

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【转帖】看了一些PCR的资料,不知道这些有人用得上不

PCR技术概论聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一Dundefined*段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断;可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。过去几天几星期才能做到的事情,用PCR几小时便 ...

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PCR相关软件下载

1. primer Premier 5.0 Demo2.8M。序列分析与引物设计,非常棒的一个软件。http://www.mirror.ac.cn/biosoft/down/PP500Installer.exe2. Oligo 6.65 Demo2.7M,引物分析著名软件,主要应用于核酸序列引物分析设计软件,同时计算核酸序列的杂交温度(Tm)和理论预测序列二级结构。http://www.mirror.ac.cn/biosoft/down/oli6instal ...

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【分享】实验室最危险的17种物质(转)

大家都是搞pcr的,觉得这个帖子不错所以就转载了!实验室最危险的17种物质。。。慢性毒性,最易忽视~各位兄弟姐妹们务必小心1.DMSO:DMSO是二甲基亚砜, 用途广泛。用作乙炔、芳烃、二氧化硫及其他气体的溶剂以及腈纶纤维纺丝溶剂。是一种即溶于水又溶于有机溶剂的极为重要的非质子极性溶剂。对皮肤有极强的渗透性,有助于药物向人体渗透。也可作为农药的添加剂。也是一种十分重要的化学试剂。DMSO也是一种渗透性保护剂,能够降低细胞 ...

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【分享】PCR常见问题总汇

PCR常见问题总汇PCR产物的电泳检测时间  一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。假阴性,不出现扩增条带  PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。  模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模 板核酸变性不彻底 ...

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【旧贴整理】简并引物设计

1.设计软件http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/4634753_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/847175_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/857674_0.html(在线设计工具)2.简并引物设计中N是不是可以用(G/T)代替http://www.dxy.cn/ ...

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