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DNA甲基化研究方法的回顾与评价

摘要: DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入,各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。这些方法概括起来可分为三类:基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找。本篇将主要介绍目前存在的大部分DNA甲基化研 ...

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sanger和他的DNA测序方法

桑格是英国生物化学家,1918年8月13日生于英格兰格洛斯特夏郡,在剑桥大学圣· 约翰学院获哲学博士学位,毕业后到著名的剑桥医学研究会分子生物学实验室工作。桑格的工作主要研究蛋白质的结构,特别是研究测定胰鸟素分子的结构,成功地测定了胰鸟素的精细结构,因而获得了1958年的诺贝尔化学奖。60年代后他致力于核糖核酸(RNA)和(脱氧核糖核酸)DNA的结构研究,利用酶解图谱法确定了RNA中 ...

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DNA测序原理和方法

DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法 。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、 3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。 【原理】& ...

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为什么SNP 需要在F2代找

SNP是可遗传的,做F2代主要是验证Hardy-Weinberg遗传平衡定律。 群体遗传平衡定律,即哈迪一魏伯格定律,是群体遗传学一个最基本最重要的定律,这是由英国数学家哈迪(Hardy)和德国医生魏伯格(Weinberg1在1908年先后独立地证明过的: 在一个随机交配的大群体.如果没有其他因素(如突变、选择、迁移、漂变)的干扰,总是处于一种平衡状态,即从上一代到下一代基L大J型频率不改变,也意 ...

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重组PCR

重组PCR是利用PCR法在DNA片断上进行定点突变,用PCR介导产生核苷酸的突变包括碱基替代、缺失或插入。 引物设计 通常引物中至少有15个碱基与靶序列相互补,而靶序列的3'-末端可以与任何添 加序列发生错配,单个碱基错配除引物3'-末端处3-4个碱基外,其他地方都可引入。 在PCR产物之间提供重叠的添加序列至少要有15个碱基,当然越和越好,这样它将使 重叠的杂合分子稳定。 原初PCR(Prima ...

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新型光机结合的二维共焦生物芯片扫描仪设计

引言生物芯片是指在硅片、玻璃、凝胶或尼龙膜上,通过机器人自动打印或光引导化学合成技术,制作的生物分子微阵列探针,然后与标记的样品分子进行杂交,通过检测杂交信号的强度及分布对靶分子的序列和数量进行分析的一项技术,目前广泛应用于生物医学和生命科学研究中,而生物芯片扫描仪是生物芯片能否得到广泛应用的关键仪器。生物芯片的荧光信号检测方法,根据检测中采用的光电探测器的类型,可分为光电倍增管(PMT)型和CC ...

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PCR各处应用模式

一、兼并引物(Degenerate Primer)PCR 密码子具有兼并性,如表22-4,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对兼并引物,扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用兼并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同。兼并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽量选择兼并性小的氨基酸,并避免引物3’末端兼并,针对兼并的混合引物已成功地用于未知靶DNA ...

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Southern Analysis

Southern Analysis Procedure (for analysis of genomic DNA or ordering of clones): 1) Prepare genomic DNA (ref.p.9.22 Maniatis) from cultured cells using one T75 flask (wash two times with PBS and the ...

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测序常见问题分析

1.如何测定引物的OD值? 用紫外分光光度计在260nm波长测定溶液的吸光度来定量,请注意紫外分光光度计的使用,测定时溶液的吸光度最好稀释到0.2-0.8之间(吸光度太高或太低会有较大的误差)。DNA 干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后,取部分溶液稀释到1ml并在1ml标准比色皿中测定其吸光度,即为所测体积的OD值,进而可以计算出母液的OD值。 举例:您拿到一管干粉的DNA ,用1ml水溶解成 ...

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PROTOCOL TO EXTRACT DNA FROM PA

PROTOCOL TO EXTRACT DNA FROM PARAFFIN BLOCKS 1.Cut 10-20X 10μm sections of formalin fixed paraffin samples into eppendorf tubes. 2.Add 1 ml xylene mix incubate at 55℃ for 15mins. Release pressure s ...

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In vitro mutagenesis using Altered Sites

Ⅰ.Isolation of Single Stranded DNA 1.Transform plasmid to be mutagenised into JM109. JM109 is endA1 recA1 gyrA96 thi hsdR17(rk- mk+) relA1 supE44 l- d(lac-proAB) traD36 proA+B+ lacIqdM15. JM109 must ...

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RADIOLABELING OF PROBES FOR ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFT ASSAYS

RADIOLABELING OF PROBES FOR ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFT ASSAYS Materials: g-32 P ATP (New England Nμclear/Perkin Elmer CAT# NEG-035C) “Μpper strand” oligonμcleotide (at 0 ...

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DNA extraction from Mutation Detecti

DNA extraction from Mutation Detection Enhancement (MDE) Gel Stained with Silver Nitrate Source: Contributed by Mohammad Reza Abbaszadegan et al. Abstract: Single strand conformational polymorphism ( ...

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琼脂糖回收DNA

Recovering DNA from agarose gels Paul N. Hengen Ph.D. (July 14 1999) Introduction ========Methods and reagents is a unique monthly column that highlights current discussions in the newsgroup bionet.mo ...

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DnaseI Footprinting

Sugden labMcArdle Laboratory for Cancer Research University of Wisconsin-Madison Medical School DnaseI Footprinting (Based upon the protocol from the Promega Core Footprinting Kit) 5x Binding Buffer ...

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分子标记常见问题及其对策

1.显性标记与选择效率 一部分分子标记系统如RAPD、AFLP具有显性或部分显性的特点,无法区分基因是纯合还是杂合,不能提供完整的遗传信息。Haley等(1994)提出相斥相(Repulsion-phase)的RAPD标记无论对显性还是隐性均可极大地提高选择效率,他们找到了和菜豆普通花叶病毒抗性基因bc-3连锁相引标记-1,相斥标记bc-2,用标记-1选择纯合抗病株、杂合体、纯合感病株分别占26. ...

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TMCF Protocols: Southern Blotting

BUFFERS: 1 ...

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NH4Ac and EtOH precipitation

NH4Ac and EtOH precipitation of DNA Add NH4Ac (10M stock or solid) to the sample for a final concentration of 2.5M mix (spin at 4℃ transfer the supernatant to a new tube; optional spin for extra puri ...

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DNA isolation extraction

CTAB TECHNIQUE / Method / Schedule / Protocol FOR DNA ISOLATION / DNA EXTRACTION FROM PLANT LEAF / LEAVES SAMPLES (see also DNA RNA double isolation procedure if both DNA and RNA are needed) Reagents ...

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