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细胞凋亡是一种很重要的肿瘤细胞死亡方式，而细胞凋亡的检测有很多种方法，其中流式细胞术颇受欢迎，不仅是因为它高效客观、重复性好，最关键的是结果可靠。实际上，在跑完流式之后，经常能听到师姐说：要调节补偿！此时，对于刚进入实验室的小白可能会提出疑问：为什么流式结果需要要做补偿调节？该如何进行补偿调节呢？补偿调节对最终的结果有什么影响？ 今天我们通过一个实际例子来为大家详细解答～ 问题一：为什么要做补偿调节 流式细胞术是通过检测不同荧光染料发射光谱来判断细胞是否发生凋亡。 由于光的发射波长不是一个具体值而是一个范围，所以会存在发射光谱「重叠」的现象，此时单个通道内可能检测出多个荧光基团的荧光从而造成「假阳性」现象，因此必须通过补偿进行修正，以确保所检测的荧光来自单一的荧光染料。 举个例子：PE 和 FITC 这两个通道是检测细胞凋亡时经常使用的通道，我们就拿这个作为例子说明为什么需要调节补偿。 如下图所示，浅绿色和浅黄色部分分别代表 FITC 和 PE 发射波长范围，深绿色和深黄色为 FITC 和 PE 通道滤光片吸收的部分，其中浅黄色和浅绿色之间有一部分是重叠的，所以 FITC 染料发射出

近日，一条 #大一女生研发菌剂让被污染土壤增产 20% #的话题登上微博热搜。 图片来源：微博@头条新闻 增产 20% 是什么概念？1976年，袁隆平育成的三系杂交稻在全国大面积推广，为解决中国粮食问题作出了历史性贡献。而这种水稻就比常规稻平均增产 20%。 如果新闻属实，这位大一女生真可以说是难得一见的天才了。 不过俗话说的好，是骡子是马，咱还是得拉出来溜溜才知道，接下来，咱们就一起走近这位大一女生和她的惊人发现。 神奇菌剂究竟是何方神圣，竟能让被污染土壤增产 20% 根据微博视频中的介绍，这种神奇的菌剂叫做丛枝菌根真菌。大一学生秦同学在接受采访时谈到，她和团队的另外几名同学在老师的指导下研发了丛枝菌根真菌的菌剂，这种菌剂可以有效地减少化肥的使用，还可以帮助解决重金属污染土壤的残留，从而使得农作物可以达到国家的标准，并帮助被重金属污染的土壤增收 20%。 图片来源：微博截图 既能解决污染问题，还可以增产增收，丛枝菌根真菌究竟是何方神圣？在回答这个问题之前，咱们先捋捋菌根、丛枝菌根还有丛枝菌根真菌之间的关系。 菌根是由高等植物根系与菌根真菌形成的互惠共生体, 丛枝菌根 (arbusc

图片结果可以说是一篇 SCI 的灵魂，好看的图片会为文章增色不少，能够更好的展示研究结果，并起到愉悦编辑和审稿人身心的作用（并没有）。 其中，图片的配色这一问题往往被众多的科研人员所忽略，毕竟…我们是科研狗，而不是设计狗（汪！）。 彩色的世界 那么，各位先来跟笔者看一看下面两张图，是不是立刻就 get 到了配色的重要性！ 图 1 （图片来源：文献截图） （上图 PMID: 26064249；下图 PMID: 31534227）不过，大多数学者可能并没有时间去提高配色审美，毕竟这门学问又复杂、又难以短时间解决，于是好多文章图片索性黑白灰了事。虽然黑白灰配色优点显著——简洁整齐，高档大方，但通篇都是这三个颜色亦会让文章略显单调（图 2）。如若能稍微在图片中添加一些色彩，严肃的科研文就有了一丢丢活泼明快的感觉（图 3），不信各位小可爱们可以打开 Natu

最近师妹开始做 WB 实验了，但是一天又一天重复做，却次次结果不理想。除了没有拿到组会可以汇报的条带外，师妹集齐了所有奇奇怪怪的条带：微笑带，皱眉带，拖尾带，甚至没有条带……师妹也因此对我发出了灵魂拷问：「为什么 WB 实验这么容易翻车？」虽然 WB 是一类基础实验，但是基础并不代表简单。翻车的主要原因在于 WB 的步骤实在繁琐：从配置蛋白胶开始，到蛋白电泳、蛋白转膜、抗体孵育，一整套流程下来花费 1～2 天的时间才能进行最后的显影。这些环节中但凡有一个出错，就会导致实验的失败。而当失败后，往往又因为步骤太多，不能明确到底是哪里出了问题。因此，如果能够正确判读实验结果，便能精准找到犯错原因，避开 WB 实验的坑了。今天我特意整理了我的 WB 经验，对不同实验结果进行了原因分析，希望可以帮助师妹和大家把「玄学」变为有迹可循的科学。WB 实验结果分析1、跑出来的条带奇形怪状，微笑带？皱眉带？拖尾…..出现这种情况，主要是仪器和样品的锅，在实验中要小心制胶、合理上样、正确使用电泳仪、正确转膜就能很好的避免。2、WB 结果中背景较高① 膜封闭时间不够，室温下通常摇床孵育膜 1h，出现这种情况可

以下文章由生物学霸整理自兰大新冠肺炎疫情全球预测系统，中国青年报等 这段时间，上海市疫情牵动着所有人的心。据数据显示，自 2022 年 3 月 1 日上海市报告新冠肺炎本土确诊病例和本土无症状感染者以来，截至 2022 年 4 月 10 日 24 时，上海市已累计报告确诊病例 7328 例，感染病例 （确诊病例与无症状感染者病例之和减去无症状转确诊病例）205197 例（本土，数据来源：国家卫健委）。 4 月 11 日，根据最新疫情数据，兰州大学《新冠肺炎疫情全球预测系统》网站发布了对 3·1 上海市突发新冠肺炎疫情的预测与分析。结果显示： 在 3 月 1 日- 4 月 10 日期间，上海疫情呈现上升趋势；自 4 月 10 号后，疫情将呈现下降趋势。 上海市本轮疫情预计将于 2022 年 5 月 3 日左右得到控制，预计累计感染约 301740 人（221000 - 381000，蓝色虚线）。 图1 上海市疫情预测结果 此外，上

偶氮胂钙测定是在血液血清生化检测中非常常见和基本的参数。这种分析方法被很多生化仪生产商所使用，它对试剂和生化仪都非常敏感。特别是质量控制（QC）偏离 , 校准曲线，高空白和患者平均值的变化是经常出现的问题。生化仪中水常用于试剂稀释，探针和比色皿的冲洗，以及各类反应中，所以会影响结果的准确性。由于钙是一种离子，从离子纯度角度考虑，检测用水常常被认定是第一个潜在的干扰源。1.钙泄漏对钙浓度的影响当临床生化仪使用去离子柱（所谓 ...

简介实体瘤以三维(3D)空间构象生长，导致氧和营养物质以及其他物理和化学应力的异质性暴露。为了模拟三维空间构象，在肿瘤研究中普遍使用三 维体外培养模型。肿瘤干细胞 (CSC) 是指肿瘤内具有自我更新能力的那一小部分细胞，常常在化疗治疗后驱动肿瘤恶变和复发。传统上，肿瘤干细胞会从癌细胞系和肿瘤活检组织中分离出来，并在三维肿瘤球状体悬浮培养物中生长。本实验方案描述了一种以 96 孔球形微孔板制备和培养肿瘤球状体的基本方法。这种基础培 ...

Kevin Su , Nick Asbrock , Vic Chu, Ph.D. , Stefanie Hoffmann, M.S. , Philip Hewitt, Ph.D类器官是一种复杂的自组织 3D 细胞培养模型，通常源自于干细胞。1类器官已报道可由多种组织产生，包括脑、2 肠、3 胃、4 结肠、5 肝脏、6 胰腺、6 肺、7 肾脏 8 和患者来源的肿瘤。9 上皮肠类器官，通常称为肠样或小肠，可维持胃肠系统的生理特征，并且已成为模拟肠道发育和疾病（包括结肠癌、乳糜泻、炎症性肠病和宿主微生物组相互作用）的一种有用细胞培养工具。 ...

Min Lu , Kevin Su , Nick Asbrock , Vi Chu肺类器官是常用的三维(3D)细胞培养模型，用于研究人类肺部发育和呼吸道疾病，包括病毒感染(SARS-CoV、H1N1、MERS)、囊性纤维化、哮喘/COPD、空气污染暴露和吸烟的影响。与传统的永生化肺细胞系和原代细胞不同，肺类器官包含各种分化的细胞类型，具有复杂的组织结构，更接近于体内组织和功能。 此外，肺类器官可以从少量患者组织或多能干细胞中提取，以创建有助于个性化生物医学研究 ...

目前用的水凝胶效果不太尽如人意？不同组织的类器官培养到底有没有组织特异性水凝胶可以挑选？我有特殊实验需求，现在传统水凝胶不能满足我，有没有新型黑科技水凝胶？那就来看看下面这些实验方案吧。· 了解最常见的ECM基质胶· 适用于干细胞类器官研究的水凝胶· 无动物源干扰、批次一致性强、并且可以根据实验需求变化组分的仿生合成水凝胶· 从不同组织中提取的组织特异性水凝胶了解常见的ECM基质胶ECM Gel基质胶的成分？基底膜的主要成分是层 ...

气液界面培养（ALI）3D培养类器官实验方案- 皮肤类器官和肺类器官1. 生成3D 皮肤类器官作为人体表皮的体外模型皮肤是人体最大的器官，具有多种功能，包括保护、吸收物质和调节体温。皮肤具有复杂的分层结构，由三个主要层组成：1) 表皮紧密排列的细胞形成了防止物质入侵和水分流失的屏障，并包括一个称为角质层的外层，由重叠的、无活的角质细胞组成，可防止例如紫外线辐射和病原体的威胁；2）真皮，它支持着表皮，包含神经末梢、汗腺、皮脂腺、毛囊和血 ...

何为 3D 生物打印？3D 生物打印指通过设计类组织复杂程度的体模形基质，生成精确控制的 3D 细胞模型和组织结构。由于底物与成分高度可控，3D 生物打印有望满足许多药物研究未竞的关键需求，包括在化妆品检测、药物研究、再生医药和功能性器官置换等应用领域的需求。使用诱导性多能干细胞（iPS 细胞）或间充质干细胞等患者源性干细胞可以创造出个性化的疾病模型。根据具体应用，可通过一系列材料、方法和细胞创造理想的组织结构（图 1）。图1.组织与器官的3D ...

许多用户在做荧光定量 PCR 实验中，总会向我们来电咨询：荧光定量 PCR 需要跑到平台期才准确？我的扩增曲线没有平台期，是不是使用的试剂不好？是不是扩增失败了？也有些用户会通过增加 PCR 循环数来实现平台期，这种做法是否可取呢？下面我们将以一组对比实验为例来看看平台期到底是否会影响定量结果，又有哪些因素会影响到扩增曲线的平台期呢？来看一个典型的例子（图 1），这是一组 6 个梯度稀释的标准品，扩增曲线指数期之后是漫长的线性扩增期，直到循环结束也没有出现明显的平台期。这样的结果能否得到理想的标准曲线用于定量分析呢？图 1. 标准品扩增曲线 我们回顾一下定量 PCR 的数学原理：荧光定量 PCR 是在扩增曲线的指数期内划定阈值线，取阈值线与扩增曲线的交点所得到的 Ct 值（图 2）进行定量分析。这样做的原因也早已通过实验证明：以同一个样本进行 96 次相同的重复实验（图 3）可以看到 PCR 反应的终产物即平台期的荧光信号差异较大，重复性差，从而导致定量不准确，因此不适合用于定量分析。而指数期内荧光信号重复性好，所以用这个阶段的数据可以对靶标基因进行准确定量。另外，在指数期的开始，所有

怎么整板都没有扩增曲线，是哪一步实验出问题了吗？这个病原体这段时间怎么经常检出？不会是有污染了吧？在您看到荧光定量 PCR 结果的时候是否也有过这样的疑问？隐隐约约感觉实验某个步骤出现问题，却又不知该从何下手。别担心，有「对照精灵」们来助您一臂之力。荧光定量 PCR 实验，从样本采集到结果分析包含多个实验步骤，针对不同的步骤，可以选择不同的对照对流程进行监控（图 1）。图 1. 实验流程和常见阴阳性对照种类。 阴性对照荧光定量 PCR 的灵敏度可以达到 1 拷贝/孔，如此高灵敏度的检测手段对实验过程中的污染也非常敏感，我们也无法从单一孔中的扩增曲线来判断是否来源于污染还是来源于真实样本的扩增。这时，就需要阴性对照来监控和发现污染的发生。常用的阴性对照包括以下几种： 无模板对照 No Template Control, NTC使用水代替定量 PCR 反应中的核酸，其它试剂照常加入，用于监控扩增反应体系中的污染。正常情况下，NTC 孔不会有扩增；当 NTC 出现扩增，则预示体系中有污染。在 SYBR Green 实验中，NTC 出现扩增也可能是来源于引物二聚体的形成，此时则需要通过优化引物

各位老师在做荧光定量 PCR 实验的时候，是否遇到过非标准「S」型曲线的问题呢？俗话说的好，完美的 PCR 扩增曲线「千篇一律」，而有问题的 PCR 扩增曲线则是「千姿百态」。今天给大家分享一个案例：客户反映做绝对定量过程中，扩增曲线在线性增长期出现荧光信号突然下降的情况，在多组分图（Multicomponent Plot）中查看原始信号采集情况时，这种现象更加明显。图 1. 实验数据多组分图（MulticomponentPlot）好好的扩增曲线怎么就突然「不走寻常路」了，到底是「谁」动了我的扩增曲线呢？其实，这种现象并不是偶发的，有很多原因可能导致，并且有个专属名称「Hook Effect」，翻译过来叫「鱼钩效应」。「鱼钩效应」指在荧光定量 PCR 过程中，DNA 扩增到指数增长期后出现的一种荧光信号不能保持稳定（或者上升）而出现下降的现象 [1]。 导致扩增曲线出现这一现象的因素比较复杂，这里我们分别从嵌入性染料法与探针法两种定量方式的角度为大家解释： 嵌入性染料法：嵌入性染料法（例如 SYBR Green I）产生「鱼钩效应」主要是由于模板序列混杂，在 PCR 过程中易形成异源

做过 qPCR 实验的小伙伴都知道，稳定和精确的 qPCR 实验常和 PCR 的扩增效率有关。实验中，为了确保 qPCR 实验结果的准确，建议在实验前通过标准曲线的实验评估 PCR 的扩增效率。做标准曲线实验的时候，建议将标准品进行至少 5 个数量级的梯度稀释，每个梯度稀释液进行 3 次重复，然后将稀释的标准品进行 qPCR 实验，最后根据各样品的浓度（或未知浓度样品的稀释倍数）及相应的 Ct 值绘制标准曲线（图 1）。图 1. 扩增曲线和标准曲线其中，slope 是标准曲线的斜率，Eff% 是扩增效率，Eff%= 10(-1/slope)-1，一般建议扩增效率在 90%-110% 之间。R2 是用来衡量拟合曲线和单个数据点之间相关性的参数，一般建议在 0.99 以上。然而，看似简单的实验，做起来却会遇到各种各样的情况，经常有客户咨询标准曲线实验相关的问题。今天，小编就通过几个案例来给大家介绍一下标准曲线结果异常的几个常见原因，内容涉及实验操作和软件设置，希望能对大家的实验有所帮助。 案例 1：标准曲线的趋势不对在这个案例中，低浓度的标准品稀释液对应的 Ct 值比较小，而高浓度的标准品

在上一篇文章《没有 CT 值，我的 QPCR 实验失败了吗？（上）》中，小编给大家讲述了 CT 值是什么，它是如何产生的，并分析了一些没有扩增曲线导致无法计算 CT 值的案例。但除此之外，有的时候也会出现有扩增曲线，但没有 CT 值的情况。我们今天的这篇文章就继续分析有扩增曲线，但没有 CT 值的一些案例。 情况三：有扩增曲线有扩增曲线的情况也可以分为两类：有正常的扩增曲线和异常的扩增曲线。案例 5：有时候我们会发现明明扩增曲线是正常的，但却没有 CT 值。比如在图 7A 这个案例中，我们在多组分图里能看到部分孔是有正常扩增的，但是 CT 值一栏却都显示 Undetermined。当我们在扩增曲线图下方的 Options 中勾选上「Show: √Threshold」的时候，会发现自动阈值线设得特别低，跟扩增曲线没有交点（图 7B）。回顾我们前面说过的，CT 值是根据扩增曲线与阈值线的交点来计算的，那么当阈值线与扩增曲线没有交点的时候，没有 CT 值也就毫不意外了。图 7 阈值线设置太低导致没有 CT 值再说回这个案例，为什么自动阈值线会画得那么低呢？其实是因为很多没有加试剂和模板的孔（

「为什么我的实验没有 CT 值？」「是我的实验/试剂/引物/仪器/操作有问题吗？」「我的实验必须要重做吗？」作为技术支持的小编，经常碰到客户问类似的问题。小编也理解，对于做荧光定量实验的老师们而言，CT 值是一个非常重要的数据，有时候大家忙活半天就是为了得到一个 CT 值。而实验做完却没有 CT 值，的确是很让人郁闷的情况。但是导致没有 CT 值的原因不仅仅是实验失败，今天，小编就给大家总结一些常见的导致荧光定量结果没有 CT 值的原因，希望能对大家有所帮助。在解释为什么会没有 CT 值之前，让我们先看一看 CT 值是什么，它又是怎么产生的。■ CT 值的全称是 threshold cycle，指的是扩增曲线的荧光值达到阈值线时的循环数，它能反映起始模板的浓度，所以是荧光定量实验的重要数据。那么 CT 值是怎么产生的呢？荧光定量软件会对扩增反应的荧光曲线进行分析，画出基线（baseline）和阈值线（threshold）。基线通常是从循环最初信号稳定以后画到扩增曲线起峰前，代表了反应孔的背景荧光信号，图 1 中 A 图就标出了扩增曲线的基线位置。画基线的目的是为了扣除基线，如果把扩增

近几年，从科学研究到临床检测，从「非洲猪瘟」检测到「新冠病毒」检测，荧光定量 PCR 仪器已成为分子生物学研究的常规设备。检测方法的迅速发展，检测任务的紧急也对检测人员提出了更高的要求，需要他们具备熟练判断数据结果的能力。对于荧光定量 PCR 的结果的判断，最直观的判断就是看扩增曲线是否正常。很多老师在平时实验中会遇到异常扩增曲线的困扰，比如打折的扩增曲线、复孔间重复性不好、阴性样本扩增曲线抬升等。面对异常的扩增曲线，大家也不用担心，接下来我们会结合几个实例，带着大家一起来看一下比较常见的异常扩增曲线的分析攻略。 1、确认软件设置是否正确对照试剂盒说明书，检查时间、温度、循环数、荧光采集等是否设置正确。有一个比较容易忽略的设置问题是，需要看下所选用的试剂中是否含有 ROX 来作为参比荧光染料。Applied Biosystems™ 系列荧光定量 PCR 仪器可以用 ROX 来作为参比荧光染料，用以校正仪器系统以外的物理误差，比如均一化校正由于移液误差或者蒸发导致的批内体积误差等。目前市面上有的的荧光定量 PCR 预混液是不含有 ROX 的，当用此类试剂的时候，应该将 ROX 参比功能关

实时荧光定量 PCR 技术（Quantitative Real-time PCR，简称 qPCR）是在 PCR 扩增过程中，通过实时监测荧光信号的变化，达到对待检测样本中初始模板定量分析的方法。当前 qPCR 技术被广泛应用于临床疾病诊断，动物疾病监测，食品安全分析等领域。随着 2020 年新冠疫情在全球的蔓延，qPCR 技术更是因其检测通量高，速度快，操作简便等优势成为新冠病毒核酸检测的有效方法被众人所熟知。那么为了得到可靠、准确的检测结果，我们需要注意哪些方面呢？其实决定一次实验成功的因素有很多，从样本的质量，引物探针的设计，再到 PCR 反应体系中各组分的比例优化等。当我们准备好了这些，在上机检测时又要根据实验目的正确完成程序设置，才能最终得到良好的实验结果。那么今天我们就从荧光定量 PCR 软件程序设置入手来介绍一下这其中需要注意的一些方面。 Part 1：规范正确的新建实验方式当我们准备好样品开始进行上机测试时，第一步就是新建实验。此时我们可以通过点击 Advanced Setup（图 1A，图中红框）或 Create New Experiment（图 1B，图中红框）的方式