1. 用低频率切割的不同限制性内切酶分别完全消化DNA。
2. 用32P末端标记消化产物，5’末端可先用小牛肠碱性磷酸酶处理。
3. 用T4多核苷酸激酶进行标记。
4. 3’末端可先用大肠扞菌DNA聚合酶ⅠKlenow片段或T4 DNA聚合酶来标记。
5. 用第二种内切酶消化DNA片段，通过凝胶电泳分离产物，纯化那些仅单末端带放射性标记的DNA片段。
6. 用系列稀释酶法以相对高频度切割的限制酶部分消化分离的DNA片段，电泳分离片段并进行自显影曝光。
7. 用放射性标记的DNA分子量标准，估算出片段的长度。
