DDA

蛋白互作研究方法数据采集的未来发展趋势

随着不同的基于质谱分析方法的发展，可以研究的蛋白互作网络的范围也在逐渐增加。更重要的是，用于肽和蛋白质定量的新兴方法产生的数据是完整且无偏差的，是研究完整网络或蛋白互作的基本要求。 基于数据依赖性采集（Data-dependent acquisition, DDA）易于执行，并能快速评估样本中的物质的数量。除了简单之外，还需要对蛋白质进行鉴定和翻译后修饰。任何蛋白质的生物学特性在动态系统中的已知程度都是极微小的，不断增加的拼接变异体，SNP等很可能意味着在可预见的未来，使用数据依赖性采集

高清晰数据直接分析：应用四极杆离子淌度飞行时间质谱进行非靶向蛋白质组学分析

序列标注以及更准确的鉴定结果。 随着硬件性能的改善，我们开发出一系列新型LC/MS采集方案和碎裂机制，包括母离子发现(PID)方法、非信息依赖型采集(DIA)、离子淌度(IM)辅助方法以及电子转移解离(ETD)。目前，IM主要应用于多种类型分析物的截面分析和结构 分析1 ，可增强DIA采集的特异性，例如HDMSE 。 本研究中展示了一种新型的高清晰数据采集 (HD-DDA)模式在蛋白质 和肽鉴定中的应用优势，该模式将离子淌度法结合到四极杆飞行时间质谱仪中。HD-DDA采用一种高

代谢物质谱鉴定金标准

高分辨质谱使用较为常见的母离子选择的规则为 DDA 采集模式，即数据依赖性采集模式，采集规则通常为按照采集到的一级质谱（母离子）的信号强度排列，将 Top N 的一级质谱选择设置进行打碎，再采集其对应的二级质谱碎片，目前二级质谱是高分辨液相色谱质谱进行代谢物鉴定最常用的维度之一，下面给大家展示，标准品的二级质谱图以及样本中代谢物的二级质谱图与数据库匹配的情况： 图 6 | α-亚麻酸的标准品二级质谱图与公共数据库匹配情况 图 7 | 细胞样本中柠檬酸二级质谱图与公共数据库匹配情况