
BIOREFER SAP4B-细菌序列自动化注释平台
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- 2025年07月14日
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BIOREFER SAP4B-细菌序列自动化注释平台
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SAP4P(Sequence annotation pipeline for bacterium)是一款用于细菌DNA序列自动化注释的软件,可完成对细菌基因组序列、框架图序列和片段序列进行批量的基因预测、功能注释、COG分类、Gene Ontology分析、KEGG Pathway分析和图形化显示等一系列的分析,提供Reads和Contig统计分析、Contig基于参考序列排列和图形化显示。
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文献和实验组学分析,平均每个样本10.5M双端reads(PE250)。利用VirMAP共确定16个样本总序列数的4.1%为病毒序列(6,993,448条reads),鉴定获得806种病毒分类注释结果。16个样本中平均单样本鉴定166类病毒(范围从78到480)。鉴定到的总病毒序列中约有99.9%注释为细菌噬菌体,剩余的极少数注释为真核病毒。需要指出的是鉴定的病毒序列大概90%仅仅注释到Virus级别(taxId=10239)。图1:纽约市污水处理系统及样本点。为比较样本及位点之间病毒物种组成多样性的差异,计算了每个
,SequBuster 常用于贮存人胚胎干细胞小 RNA 的数据集预分析 预分析模块上,原始数据被识别和注释,注释是经由网络服务器生成,也可用自定义的数据库经由独立运行的平台上生成。经处理和注释的数据就会被贮存在 MySQL 数据库中,这种网络界面可允许用数种 R 语言包分析数据。输出的数据可以在 HTML 上看到并保存在服务器、下载到本地硬盘。 3. Phamerator(用于比较噬菌体基因组)通过成对比较将编码蛋白的基因分配到相关序列的「Phamily 基因家族」中,以生成具有共同基因关系的数据
:1)酶切扩增多态性序列(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence,CAP)将RFLP探针的两端测序 ,合成22-mer引物进行PCR扩增,扩增产物往往无多态性,需用内切酶酶解产物,产生多态性。 2)序列特异性扩增区(Sequence-characterized Amplified Region,SCAR)和位点特异相关引物(Allele-Specific Associated Primers,ASAP),对RAPD、AFLP片段两端测序 ,根据DNA 序列,合成
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