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- 2025年07月15日
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上海玉博生物科技有限公司
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文献和实验water：无Rnase的水。方法是：将DEPC按0.01%（V/V）加在dH2O中500 ml（50 ul），在37 ℃过夜，并高压灭菌即得（150 ℃ 3小时） 5. 一次性塑料手套 6. 注意：DEPC有致癌之嫌 7. 抽提出的细胞总RNA干燥后加水50 ul，取10 ul加无Rnase水990 ul，稀释100倍成1 ml。于0.5 cm厚的石英比色杯中，以无Rnase水为对照，在721型紫外分光光度计下检测，结果应为：A260/280 ratio 8. 分离组织10 mg
H13N ) 溶于 2 ml DMSO ( 二甲基亚砜），用 10 mmol/L EDTA 定容到 200 ml，0.1% Triton X-100，100 mmol/L Na3PO4，pH 7.0 ( 6 ) 植物组织 DNA 提取试剂盒（Qiagen，#69104 ) ( 7 ) Taq DNA 聚合酶（如 GE Healthcare UK Ltd，27-0799-06) 和 10x 反应缓冲液 ( 8 ) dNTP 储存液（2 mmol/L) ( 9 ) 引物（10 μ
ATAC-seq利用转座酶研究染色质可接近性数据分析工具全面介绍
序列在数据分析时应该被去除，可使用 cutadapt,AdapterRemoval v2,Skewer 和 trimmomatic 等软件。 1.2 比对 对于短序列比对，BWA-MEM 和 Bowtie2 速度快，内存消耗少。作者建议比对效率在 80% 以上可进行下一步分析。对于哺乳动物，若进行开放染色质区域检测比对 reads 应在 50M 以上，若进行 TF 印迹分析比对 reads 应在 200M 以上。比对后，可用 Picard 和 SAMtools 软件对比对结果进行统计，随后应去除
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