Single Cell ATAC-seq
ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing)是基于高通量测序的染色质开放性研究,染色质开放区域是染色质中呈松散状态、可发生DNA复制和基因转录的区域,ATAC-seq 使用改造 Tn5转座酶,捕获染色质开放区,将测序接头引入开放染色质的两端,用于表观遗传、基因调控研究。ATAC-seq 与其他染色质开放性检测技术相比,具有操作简单、省时省力、无需抗体富集、样本起始量低等显著优势。
分析内容 基于染色质开放区域和转录因子motif富集进行细胞的分群和鉴定;
分析转录起始位点和调控区域;
比较不同细胞的染色质开放程度差异。
参考文献:
[1] Buenrostro Jason D,Giresi Paul G,Zaba Lisa C et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position[J]. Nat.Methods, 2013, 10: 1213-8.