图 2:定向去除 P. gingivalis 的 rRNA。靶向 rRNA 的物种特异性探针可以将 rRNA 序列的数量从 90% 减到 10%,使信息丰富的序列占比显著增加。
通用原核生物 RNA-Seq 文库制备试剂盒已经被全球的科研人员成功用于制备高质量的全转录组文库,并在同行评审的期刊上发表了多篇文章:
1. 使用通用原核生物 RNA-Seq 制备测序文库以最大化信息丰富的序列,用于识别受植物免疫激活影响的细菌转录组特征。
Nobori, T et al. Transcriptome landscape of a bacterial pathogen under plant immunity. PNAS, 2018, 115(13), E3055-E3064. doi: 10.1073/pnas.1800529115
2. 使用从通用原核生物 RNA-Seq 文库制备试剂盒获得的高质量测序数据开发了一种新的 RNA-Seq 数据标准化方法。
Berghoff, BA et al. RNA-sequence data normalization through in silico prediction of reference genes: the bacterial response to DNA damage as case study. BioData Mining, 2017, 10, 30. doi:10.1186/s13040-017-0150-8
3. Tecan 的通用原核生物 RNA-Seq 和 Ovation 超低量 DNA-Seq 文库制备试剂盒成功地帮助了对未开发的多种生态系统中的微生物种群进行全面分析。
Fortunato, C et al. Spatially distinct, temporally stable microbial populations mediate biogeochemical cycling at and below the seafloor in hydrothermal vent fluids. Environmental Microbiology, 2017, 20(2), 769-784. doi: 10.1111/1462-2920.14011
4. 定制的 AnyDeplete 探针在白蚁 —— 细菌肠道共生 研究中有效去除了 rRNA。
Peterson, BF & Scharf, ME. Metatranscriptome analysis reveals bacterial symbiont contributions to lower termite physiology and potential immune functions. BMC Genomics, 2016, 17(1), 772. doi:10.1186/s12864-016-3126-z