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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 库存:
50
- 英文名:
Potato Mop-top Virus RT-PCR Kit
- 保质期:
一年
- 供应商:
上海泽叶生物科技有限公司
- 保存条件:
-20℃保存
- 规格:
50次
试剂盒组成:
| 组分 | 规格 |
| 荧光PCR反应液(ESKZ-qPCR MIX) | 672μL |
| DNA抽提液(DNA Extraction ) | 2mL |
| 酶混合物(DNA Polymerase MIX) | 48μL |
| 阴性对照(NTC) | 50μL |
| 阳性对照(ESKZ -PTC) | 50μL |
储存条件:-18℃以下,有效期6个月。
使用方法:
一、样品采集:
1、食品样品:样品的采集与预培养按照样品的采集与预培养按照《食品卫生微生物学检验马铃薯帚顶病毒检验(GB/T 4789.40-2008)要求进行。
2、血液样品:用无菌注射器抽取受检者静脉血2mL,注入无菌EDTA2Na(或柠檬酸钠)抗凝管,立即混匀。
3、粪便样品:取粪便置于灭菌的收集管中送检。
4、病灶部位样品:取发病部位新鲜渗出物、粘液脓血送检。
注:上述样品建议经过增菌后,收集培养物用于检测。
- DNA提取:
可采用PCR试剂盒配备的DNA抽提液,按以下说明进行DNA核酸的粗提。也可采购上海泽叶生物科技有限公司生产的DNA提取试剂盒(过柱法-荧光配套)或其他合适的商业化产品,并按照相应试剂盒说明进行操作。
1、液体培养物:取液体培养物100μL加到1.5mL无菌离心管中,8000rpm离心3min,尽量吸弃上清,加入50μL DNA抽提液充分混匀,100℃恒温10min,13000rpm离心3min,取上清5μL进行PCR反应。
2、固体培养物:挑取单克隆菌落与50μL DNA抽提液充分混匀,100℃恒温10min,13000rpm离心3min,取上清5μL进行PCR反应。
3、粪便样品:挑取米粒大小粪便于灭菌离心管中,加入0.5mL生理盐水,振荡混匀,13000rpm离心3分钟,弃上清,沉淀中加入50μL DNA抽提液充分混匀,100℃恒温10min,13000rpm离心3min取上清5μL进行PCR反应。
4、其他液体标本:取标本2-3mL,13000rpm离心3min,弃上清,沉淀中加入50μL DNA抽提液充分混匀,100℃恒温10min,13000rpm离心3min取上清5μL进行PCR反应。
注:阳性对照和阴性对照为已经抽提好的核酸(无需提取),直接取5μL加入到反应体系中即可。由于阳性对照浓度较高,建议最后在样品制备区域加入阳性对照。 - 三、检测步骤:
1.试剂的准备
从试剂盒中取出荧光PCR反应液(ESKZ -qPCR MIX)、酶混合物(DNA Polymerase MIX),室温融化并振荡混匀后,10000rpm离心10s。
设所需要的PCR反应管管数为N(N=样本数+1管阴性对照+1管阳性对照),每个测试反应体系配制如下表:
| 试剂 | 每个反应加入的量 | N个反应加入的量 |
| 荧光PCR反应液 | 14 μL | N×14μL |
| 酶混合物 | 1 μL | N×1 μL |
| 总量 | 15 μL | N×15μL |
计算好各试剂的使用量,加入一适当体积洁净离心管中,充分混匀,10000rpm离心10s,向设定的N个PCR反应管中分别加入15μL,向每管中加入处理后样品或阴性对照(NTC)和阳性对照(ESKZ -PTC)5μL,10000rpm瞬时离心10秒。
2.qPCR反应条件
将各反应管放入定量PCR仪器的反应槽内。
推荐循环条件:
| 1循环 | 50℃ for 2 min | |
| 预变性 | 1循环 | 95℃ for 10min |
| PCR扩增 | 40循环 | 95℃ for 15s 60℃ for 60s |
在60℃延伸时收集荧光信号。报告基团:设置为FAM
四、结果分析:
1.结果分析条件设定
直接读取检测结果。基线和阈值设定原则根据仪器噪声情况进行调整,以阈值线刚好超过正常阴性样品扩增曲线的最高点为准。
2.试验成立判定
1)阴性对照(NTC):不应产生任何的扩增曲线。
2)阳性对照(ESKZ -PTC):均产生扩增曲线,且Ct值≤35。
3)以上条件应同时满足,否则,此次试验视为无效。
3.结果判定
1)在试验成立的条件下,Ct值≤35的样本为阳性,表明马铃薯帚顶病毒核酸阳性。
2)Ct值显示为无的样本为阴性样本,表明马铃薯帚顶病毒核酸阴性。
3)如果35<Ct值≤40,判为可疑样品。对于可疑样品,先看扩增曲线。如果扩增曲线为对数扩增曲线,则为可疑阳性,否则判为阴性。
4)对于可疑阳性样品,重新抽提核酸,再次进行马铃薯帚顶病毒real time PCR检测。如果重复扩增曲线为对数扩增曲线,判为样本阳性,表明马铃薯帚顶病毒核酸阳性;否则判为样本阴性。
五、注意事项:
1)初次使用前请仔细阅读说明书。并严格按照说明书步骤操作。
2)所有使用的离心管应高压灭菌,而且必须不含DNA酶。
3)PCR操作应严格按照要求分区(试剂配制区、标本处理区、PCR扩增区等),防止实验室污染。
4)样本提取、试剂配置、加样需在不同区的超净工作台进行,以免污染。
5)试剂盒里所有物品应视为污染物对待,按照卫生部《微生物生物医学实验室生物安全通则》进行处理。
样本采集:
目前大多为呼吸道标本,包括上呼吸道样本(鼻拭子、咽拭子、鼻咽冲洗液)和下呼吸道样本(深咳痰液、呼吸道抽取物、支气管灌洗液、肺泡灌洗液等)。
上呼吸道样本优点是取材容易,尤其是咽拭子在大规模采样的时候容易操作,但是如果咽拭子的样本采集所得的细胞数目过少,可能导致病毒核酸量不够,检测结果出现偏差。
下呼吸道样本一般病毒的拷贝数较高,但临床上一般使用支气管纤维镜进行取材,采集方法比较复杂,对操作者和设备要求高。所以目前样本采集还是以咽拭子为主。
样本保存:
样本采集之后尽快置于2-8℃保存,在72小时内进行检测,如不能及时检测,则需置于-70℃保存。
咽拭子建议直接放在病毒保存液中保存,检测结果显示湿拭子的提取检测效率比干拭子高。
提取的核酸应在-70℃或以下保存,检测之前不要冻融核酸标本超过1次。
生物安全注意事项:
在应对病毒疫情的过程中,作为病毒检测确认的关键技术,核酸检测在其中发挥了极其重要的作用。
PCR病毒的检测包括 “样本采集” “直接或灭活后提取核酸” “扩增检测核酸” 三部分,以上为泽叶生物特别给与的注意事项。
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文献和实验An Accelerated Soil Bait Assay for the Detection of Potato Mop Top Virus in Agricultural Soil
An accelerated soil bait test can be used to determine whether a field harbours virus-carrying Spongospora subterranea . S. subterranea is the causal agent of powdery scab and also the only vector of potato mop top virus (PMTV). Real-time RT-PCR
等。侯义龙.果树主要病毒RT-PCR检测体系的建立、优化及病毒特异DNA片段克隆测序研究.[博士学位论文].沈阳:沈阳农业大学,2000.6核酸分子杂交技术 具有一定同源性的2条核酸单链在一定的条件下(适宜的温度及离子强度等)可按碱基互补原则退火形成双链。此杂交过程是高度特异性的。杂交的双方是使用的探针和要检测—的核酸。待测核酸可以是克隆的基因片段,也可以是未克隆化的基因组DNA和细胞总RNA。根据使用的方法,被检测核酸可以是提纯的(膜上印迹杂交或液相杂交),也可以在细胞内杂交(细胞原位杂交) (卢圣栋
-3)能在有性生殖的子房中特异表达,表明无融合生殖子房可能缺少某些基因,而表现无融合生殖。Brigham等[4]研究碗豆根尖和界面细胞的mRNA和蛋白质的差异表达后指出,两种细胞的mRNA差异与蛋白质差异具有高度的相似性,界面细胞的分化与蛋白表达的变化有关。利用差异显示技术可以揭示植物根的形态建成。Bachem等[5]利用差异显示技术,揭示了马铃薯块茎在不同发育阶段的基因表达情况,并同时比较了马铃薯块茎不同发育时期的mRNA表达情况,认为在块茎形成过程中有2个lox基因,不同时期产生的mRNA数量不同
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