CUT&RUN(cleavage under targets and release using nuclease)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,因此,该方法适用于表观遗传学、肿瘤、干细胞等研究领域。
CUT&RUN技术的实验流程简单,主要包括:
1.收集细胞并将细胞与连有伴刀豆蛋白A的磁珠进行结合;
2. 孵育一抗;
3. 孵育Protein A/G MNase;
4. 激活Protein A/G MNase进行片段化;
5.DNA提取;
6.文库构建。
活性检测
如图所示,针对300 ng质粒DNA,加入不同质量的pA-MNase于37℃进行酶切反应10 min。只需要0.5 ng pA-MNase即可实现300 ng质粒DNA片段化,说明该融合酶活性很高。
Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN是将Protein A与经过工程学改造的超高活性MNase进行融合,形成同时具备MNase外切酶活性与Protein A活性的新型融合酶,专门适用于蛋白质-基因组互作研究的CUT&RUN技术。与传统的蛋白质-基因组互作研究方法ChIP-Seq相比,CUT&RUN具有显著优势,该技术实验周期短,信噪比高,可重复性好,且细胞投入量低,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。