pKD3大肠敲除质粒

基本信息

原核抗性:	氨苄青霉素Amp
筛选标记:	氯霉素Chl
克隆菌株:	大肠杆菌DH5αλpir
培养条件:	37℃
表达宿主:	大肠杆菌

质粒简介

          pKD3是一个大肠杆菌Red系统基因敲除质粒。

质粒图谱

质粒序列

LOCUS       Exported                2806 bp ds-DNA     circular SYN 27-JAN-2018
DEFINITION  synthetic circular DNA
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..2806
                     /organism="synthetic DNA construct"
                     /mol_type="other DNA"
     protein_bind    complement(51..98)
                     /label=FRT
                     /bound_moiety="FLP recombinase from the Saccharomyces 
                     cerevisiae 2u plasmid"
                     /note="FLP-mediated recombination occurs in the 8-bp core 
                     sequence TCTAGAAA (Turan and Bode, 2011)."
     CDS             complement(115..774)
                     /codon_start=1
                     /gene="cat"
                     /product="chloramphenicol acetyltransferase"
                     /label=Chl
                     /note="confers resistance to chloramphenicol"
                     /translation="MEKKITGYTTVDISQWHRKEHFEAFQSVAQCTYNQTVQLDITAFL
                     KTVKKNKHKFYPAFIHILARLMNAHPELRMAMKDGELVIWDSVHPCYTVFHEQTETFSS
                     LWSEYHDDFRQFLHIYSQDVACYGENLAYFPKGFIENMFFVSANPWVSFTSFDLNVANM
                     DNFFAPVFTMGKYYTQGDKVLMPLAIQVHHAVCDGFHVGRMLNELQQYCDEWQGGA"
     promoter        complement(775..877)
                     /label=cat promoter
                     /note="promoter of the E. coli cat gene encoding 
                     chloramphenicol acetyltransferase"
     protein_bind    complement(983..1016)
                     /label=FRT (minimal)
                     /bound_moiety="FLP recombinase from the Saccharomyces 
                     cerevisiae 2u plasmid"
                     /note="supports FLP-mediated excision but not integration 
                     (Turan and Bode, 2011)"
     rep_origin      1065..1421
                     /label=R6K gamma ori
                     /note="gamma replication origin from E. coli plasmid R6K; 
                     requires the R6K initiator protein pi for replication"
     CDS             complement(1518..2378)
                     /codon_start=1
                     /gene="bla"
                     /product="beta-lactamase"
                     /label=Amp
                     /note="confers resistance to ampicillin, carbenicillin, and
                     related antibiotics"
                     /translation="MSIQHFRVALIPFFAAFCLPVFAHPETLVKVKDAEDQLGARVGYI
                     ELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYS
                     PVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRW
                     EPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSA
                     LPAGWFIADKSGAGERGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGAS
                     LIKHW"
     promoter        complement(2379..2483)
                     /gene="bla"
                     /label=AmpR promoter
     terminator      2574..2660
                     /gene="Escherichia coli rrnB"
                     /label=rrnB T1 terminator
                     /note="transcription terminator T1 from the E. coli rrnB 
                     gene"
     terminator      2752..2779
                     /label=rrnB T2 terminator
                     /note="transcription terminator T2 from the E. coli rrnB 
                     gene"
ORIGIN
        1 agattgcagc attacacgtc ttgagcgatt gtgtaggctg gagctgcttc gaagttccta
       61 tactttctag agaataggaa cttcggaata ggaacttcat ttaaatggcg cgccttacgc
      121 cccgccctgc cactcatcgc agtactgttg taattcatta agcattctgc cgacatggaa
      181 gccatcacaa acggcatgat gaacctgaat cgccagcggc atcagcacct tgtcgccttg
      241 cgtataatat ttgcccatgg tgaaaacggg ggcgaagaag ttgtccatat tggccacgtt
      301 taaatcaaaa ctggtgaaac tcacccaggg attggctgag acgaaaaaca tattctcaat
      361 aaacccttta gggaaatagg ccaggttttc accgtaacac gccacatctt gcgaatatat
      421 gtgtagaaac tgccggaaat cgtcgtggta ttcactccag agcgatgaaa acgtttcagt
      481 ttgctcatgg aaaacggtgt aacaagggtg aacactatcc catatcacca gctcaccgtc
      541 tttcattgcc atacgtaatt ccggatgagc attcatcagg cgggcaagaa tgtgaataaa
      601 ggccggataa aacttgtgct tatttttctt tacggtcttt aaaaaggccg taatatccag
      661 ctgaacggtc tggttatagg tacattgagc aactgactga aatgcctcaa aatgttcttt
      721 acgatgccat tgggatatat caacggtggt atatccagtg atttttttct ccattttagc
      781 ttccttagct cctgaaaatc tcgacaactc aaaaaatacg cccggtagtg atcttatttc
      841 attatggtga aagttggaac ctcttacgtg ccgatcaacg tctcattttc gccaaaagtt
      901 ggcccagggc ttcccggtat caacagggac accaggattt atttattctg cgaagtgatc
      961 ttccgtcaca ggtaggcgcg ccgaagttcc tatactttct agagaatagg aacttcggaa
     1021 taggaactaa ggaggatatt catatggacc atggctaatt cccatgtcag ccgttaagtg
     1081 ttcctgtgtc actgaaaatt gctttgagag gctctaaggg cttctcagtg cgttacatcc
     1141 ctggcttgtt gtccacaacc gttaaacctt aaaagcttta aaagccttat atattctttt
     1201 ttttcttata aaacttaaaa ccttagaggc tatttaagtt gctgatttat attaatttta
     1261 ttgttcaaac atgagagctt agtacgtgaa acatgagagc ttagtacgtt agccatgaga
     1321 gcttagtacg ttagccatga gggtttagtt cgttaaacat gagagcttag tacgttaaac
     1381 atgagagctt agtacgtgaa acatgagagc ttagtacgta ctatcaacag gttgaactgc
     1441 ggatcttgcg gccgcaaaaa ttaaaaatga agttttaaat caatctaaag tatatatgag
     1501 taaacttggt ctgacagtta ccaatgctta atcagtgagg cacctatctc agcgatctgt
     1561 ctatttcgtt catccatagt tgcctgactc cccgtcgtgt agataactac gatacgggag
     1621 ggcttaccat ctggccccag tgctgcaatg ataccgcgag acccacgctc accggctcca
     1681 gatttatcag caataaacca gccagccgga agggccgagc gcagaagtgg tcctgcaact
     1741 ttatccgcct ccatccagtc tattaattgt tgccgggaag ctagagtaag tagttcgcca
     1801 gttaatagtt tgcgcaacgt tgttgccatt gctacaggca tcgtggtgtc acgctcgtcg
     1861 tttggtatgg cttcattcag ctccggttcc caacgatcaa ggcgagttac atgatccccc
     1921 atgttgtgca aaaaagcggt tagctccttc ggtcctccga tcgttgtcag aagtaagttg
     1981 gccgcagtgt tatcactcat ggttatggca gcactgcata attctcttac tgtcatgcca
     2041 tccgtaagat gcttttctgt gactggtgag tactcaacca agtcattctg agaatagtgt
     2101 atgcggcgac cgagttgctc ttgcccggcg tcaatacggg ataataccgc gccacatagc
     2161 agaactttaa aagtgctcat cattggaaaa cgttcttcgg ggcgaaaact ctcaaggatc
     2221 ttaccgctgt tgagatccag ttcgatgtaa cccactcgtg cacccaactg atcttcagca
     2281 tcttttactt tcaccagcgt ttctgggtga gcaaaaacag gaaggcaaaa tgccgcaaaa
     2341 aagggaataa gggcgacacg gaaatgttga atactcatac tcttcctttt tcaatattat
     2401 tgaagcattt atcagggtta ttgtctcatg agcggataca tatttgaatg tatttagaaa
     2461 aataaacaaa taggggttcc gcgcacattt ccccgaaaag tgccacctgc atcgatggcc
     2521 ccccgatggt agtgtggggt ctccccatgc gagagtaggg aactgccagg catcaaataa
     2581 aacgaaaggc tcagtcgaaa gactgggcct ttcgttttat ctgttgtttg tcggtgaacg
     2641 ctctcctgag taggacaaat ccgccgggag cggatttgaa cgttgcgaag caacggcccg
     2701 gagggtggcg ggcaggacgc ccgccataaa ctgccaggca tcaaattaag cagaaggcca
     2761 tcctgacgga tggccttttt gcgtggccag tgccaagctt gcatgc