ChIP DNA Clean & Concentrator™

Combined 3C-ChIP-Cloning (6C) Assay: A Tool to Unravel Protein-Mediated Genome Architecture

7 mL of 1.15X ligation buffer. 19. Add 400 µL of 20% Triton X-100 (to a final concentration of 1%). Incubate with occasional gentle shaking for 1 h at 37°C. 20. Add 50 µL of T4 DNA ligase. Incubate for 4 h at 16°C

Silica Clean-up of DNA

for downstream digests oheat 5 minutes at 60 degrees ospin 2 min @ full speed in microcentrifuge oremove DNA-containing supernatant to clean tube Notes & Misc: •Conveinient PCR clean up before digestion: 100μl PCR reaction cleaned up with 50μl silica

交联染色质免疫共沉淀（X-ChIP）实验设计

ChIP是一种强大的确定蛋白或者组蛋白修饰在基因组上定位的实验方法。染色质被分离出来后采用抗体与抗原的结合来判定目的蛋白是否结合在特定的DNA序列上或者判定目的蛋白结合位点在全基因组范围的分布（微阵列或DNA序列）。这种方法具有空间性与时效性。该实验设计为如何在细胞中进行ChIP实验提供了详细的步骤。1. 交联和细胞收获甲醛可以将蛋白质交联到DNA上。交联结果的好坏决定于交联时间的把握。我们建议样品交联的时间一般为2-30分钟。过度的交联会减少抗原的结合性和超声断裂的效率。抗原决定簇也会被掩盖