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microRNA(miRNA)属于small ncRNAs,是单链的短RNA,长度在22nt左右。microRNA是基因表达的主要调控分子,以序列互补的方式与特意靶mRNA结合,通过降解靶mRNA或抑制其蛋白翻译调控靶基因的表达。microRNA不但在基本的生物过程,如发育,应激反应,代谢和基因组完整性维持等方面有基本而且重要的调控作用。在疾病的发生发展全过程中也发挥着重要的调控作用。
一:实验流程
1. 样品RNA 抽提
a. 实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
b. 实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿Trizol使用量为1ml),裂解后抽提RNA。
2. RNA 质量检测
a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm 、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA 纯度及完整性。
c. 提供RNA QC报告。
注意:用于芯片检测的RNA 样品,必须是高质量的,完整的,没有RNase污染(降解的样品不能用于标记和芯片检测),没有基因组污染。
3. 制备荧光标记探针
采用miRCURY™ Array Power 标记试剂盒,用标记酶将Hy3™或Hy5™荧光基团标记miRNA,可以得到用于与芯片杂交的荧光探针。
4. 芯片杂交
在标准条件下使用PhalanxTM的热收缩杂交袋将标记好的探针和miRCURY™芯片杂交。
5. 图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B 芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
6. 提供实验报告
包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表
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文献和实验模色谱蛋白鉴别分析。这项分析方法包括了多层蛋白识别技术和多种亲和捕捉色谱法,如:同位素亲和标记和金属螯合物亲和标记等。 虽然蛋白质组的分析技术有了巨大发展,一种新的能全面进行蛋白质组研究的技术是相当有必要的。芯片技术恰能很好地满足进行蛋白质组全面研究的要求,它具有强大的监视细胞内基因表达,研究蛋白与大量潜在相关分子相互作用的功能。 从DNA芯片到蛋白芯片 蛋白芯片是指将大量蛋白质分子按预先设置的排列固定于一种载体表面行成微阵列,根据蛋白质分子
gzlaotouzi 我想知道,经过芯片或者其它手段确认了的,与某一类肿瘤或者某一特定疾病相关的所有差异表达有意义的microRNA群,我可以借助哪些手段得知? shilei5794749 http://www.mir2disease.org/ —— “search by disease name” 路得自己走 shilei5794749 wrote:
本人新手,刚接触到microRNA这一领域时,不知道如何下手。通过查阅相关文献,虽然对其有所了解,但也存在诸多困惑!且不说对各种miRNA的功能及作用机制知之甚少,单从最基本的miRNA的命名上看就很是费解,比如:hsa-miR-4720-3p 等应该如何理解呢?我想大多数刚接触到这方面的朋友们估计也跟我有一样的困惑吧?!通过收集各方面的资源,总算有了些收获,为以后在该领域的进一步研究打下了基础。在此分享给大家,希望对各位有所帮助!!! 一、miRNA的定义 miRNA
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