RNA电泳液，10×

产品及特点：
RNA电泳液，10×本产品是预配的 10 X RNA 专用电泳液（即 10 X MOPS 电泳液），专门用于
RNA 电泳分析。
1. 即开即用，用户不需要自己进行 RNase 灭活、高压灭菌、pH 调节等操作。
2. 与 Northern 杂交等后续反应兼容。
规格及成分 成 份 编 号 100 mL 包装 250 mL 包装
RNARUN 3150 100 mL 250mL
使用手册 3150sc 1 份 1 份
运输及保存 常温运输及保存，有效期一年。
自备试剂 琼脂糖、37%甲醛、EB (10 mg/mL)、去离子甲酰胺。
使用方法 一、用本产品配制琼脂糖甲醛变性胶（1.2%, 100 mL）
1. 在三角瓶中加入下列成份:
 琼脂糖 1.2 g
 DEPC 水 87 mL
2. 将琼脂糖加热融化后，加入 10 mL 本产品。
3. 待胶冷却至 60C 左右，再加下列成份:
 37%甲醛 3.0 mL
 EB (10 mg/mL) 2-4 L
 4. 混匀后倒胶, 凝固半小时后即可以使用琼脂糖甲醛变性胶(需要量
RNA 变性上样液和 RNA 电泳液)。
二、用本产品配制 RNA 变性上样液（以一个 RNA 样品为例）
 本产品 2.0 L
 37%甲醛 3.5 L
 去离子甲酰胺10.0 L
 RNA 样品 4.5 l
于 85变性 10 min，冰浴冷却 5 分钟后加 RNA 变性上样液后直接
上样。
三、用本产品配制 RNA 电泳液
将本产品用无RNase的水稀释十倍后即可直接用于RNA的琼脂糖甲醛
变性胶使用。
四、电泳条件
电泳时，将凝胶预电泳 5 min（电压为 5 V/cm）。随后加样品和分子
量对照(如果有的话)，以 3－4 V/cm 的电压电泳，直至溴酚蓝迁移至
胶下游的 3/4 处。电泳结束后，在紫外灯下拍照。
【RNA电泳液，10×注意事项】
每一泳道至多可分析 30 g RNA，通常用 10-20 g 总 RNA 进行
Northern杂交，可以检测高丰度 mRNA（占mRNA总量的 0.1%以上）；
如待测 RNA 含量极微，每个泳道需加 0.5-3.0 g poly(A)+ RNA。
溴酚蓝泳动速度相当于 300bp DNA，二甲苯青 FF 泳动速度相当于 4
Kp DNA。
疑难解答
Q：RNA 电泳为何最好使用 RNARUN，不要使用 DNA 电泳液 TAE 或 TBE？
A：一是因为 RNARUN 经过去 RNase 处理，而一般实验室使用的 TAE 或 TBE都没有经过去 RNase 处理，故极有可能含 RNase，使样品 RNA 降解。即使
要灭活 TAE 或 TBE 中的 RNase 也十分麻烦，因为 DEPC 不能处理含 Tirs的缓冲液；二是 TEB 含有硼酸，硼酸是研究多羟基醇和糖的经典试剂，它能与 RNA 中含多羟基的核糖反应生成糖硼酸络合物，故电泳时 RNA 带型十分弥散。在一定浓度范围内，RNA 分子间还能通过硼酸形成分子间复合物，出现电泳时各种 RNA 以一条带的形式出现的现象。所以 RNA 电泳时要避免使用含硼酸的缓冲液。使用 TAE 效果虽然比 TBE 稍好，但文献报道（BioTechniques2000, 28:414-415），它不能分离某些大小不同的 RNA 分子。
Q：上样孔里的红色荧光物一定是污染的基因组 DNA 吗？
A：不是。用 TAE 或 TBE 电泳液和非变性胶电泳 RNA 时容易产生此现象，雅吉生物基因初步研究发现大部分红色荧光物是变性不充分的单链 RNA 通过碱基互补或通过硼酸络合（如果使用 TBE 作电泳液的话）形成的复合物，加 RNase处理后，这些红色荧光物一般会消失。为避免此现象，建议最好使用甲醛变性胶电泳。如果需要使用非变性胶，也必须在上样前使 RNA 变性。使用基因优化的上样/变性/染色三用溶液 RNAON 可以使 RNA 在非变性胶上电泳时
也有较好分辨率。使用非变性胶时，可以使用 TAE 或超快电泳液SuperBuffer-2,最好不要使用 TBE 缓冲液，因为 TBE 中的硼酸能与 RNA 的多羟基形成复合物，RNA 很难形成锐利的条带。
Q：如何确认和去处除污染的基因组 DNA？
A：如果怀疑有 DNA 污染，可以用 RNase 处理 RNA 样品，然后再电泳。如
果上样孔里的红色荧光物不消失，则表示是基因组 DNA 污染。进一步确认可以使用 PCR 扩增法。去除污染的 DNA 可以使用非酶的 DNA 去除剂 DNA
Erasol 或 RNase-free DNase，由于 RNase-free DNase 一般都有残留的
RNase 污染，所以必须严格按照厂家提供的使用手册进行操作。
相关资料
RNA 完整性的电泳检测
如果需要做 RNA电泳液，10×Northern 杂交，强烈建议用户使用甲醛变性胶进行 RNA 电泳，因为非变性胶不能分离所有的 RNA 分子（BioTechniques，28：414，2000）。如果是简单检测，可以使用 TAE 泽基因的 SuperBuffer-2 DNA/RNA两用快速电泳液，但文献报道必须使用变性上样液（BioTechniques，9：558，1990）。普通 DNA 上样液不含变性剂，也没经过去 RNase 处理，所以最好
不要使用。
尤其需要注意的是不要使用 TBE 进行 RNA 电泳，因为 TBE 所含硼酸是研究多糖的经典方法----硼酸络合法中的关键成分，硼酸通过与 RNA 核糖中的羟基发生络合反应，形成 RNA 分子内或 RNA 分子间的络合复合物，使同样长度的 RNA 具有不同的泳动速度，电泳条带弥散，同时有大的 RNA 络合复合物迟留在加样孔中（一般会误以为是基因组 DNA 污染）。RNA 分子内或 RNA分子间的络合物的形成的多少和比例又与硼酸与 RNA 的数量比例有关，而RNA 样品中污染的其他多糖（如植物中提取的 RNA）也会参与此反应，使硼酸对 RNA 电泳的影响更复杂，所以 TBE 对 RNA 电泳的影响没有规律性和重复性。有的样品可以使用有的又不行，最好是避免使用。
由于动物细胞中 70-80%的 RNA 为 rRNA，后者又由 28S (约 4800 nt)，18S(约 1900 nt)和 5.8S (约 120 nt)三种组成，所以变性胶电泳后应该在 UV 下看见三条清晰的 rRNA 带。由于核酸长度与结合 EB 的数量成正比（当然还与RNA 的二级结构有关，双链部分结合能力比单链部分强），所以 28S rRNA 条带的荧光强度一般比 18S rRNA 条带的荧光强度强 1.5-2.3 倍。如果这两条
rRNA 带不清晰或比例小于此范围则表示 RNA 有降解（因为大的 RNA 被酶降解的可能更大）。跟动物一样，植物果实和种子的 RNA 一般有三条电泳带，但植物叶片的 RNA 有四条或更多 rRNA 带，多余的 RNA 来源于叶片中大量存在的叶绿体。
RNA电泳液，10×关联产品 RNAon、液相 RNase 清除剂、固相 RNase 清除剂、SuperBuffer-2