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文献和实验（Reference set）来计算实验组（Experimental set）中每个位置上每个氨基酸发生的几率（p 值）。因此，参考组的选择非常重要，应该反映预期的技术和生物背景。创建的参考集有三种：第一，静态参考集（static reference set）使用从 UniProt 或 Swiss-Prot 数据库中提取我们所关心物种的特异性序列来计算每个氨基酸的频率。但是，这种一般的蛋白质组参考集可能不会反映预期的生物或技术背景。第二，我们自己定义的肽序列也可作为参考组。例如，在分析来自磷酸化蛋白
实验时间 | 精确探索功能蛋白质氨基酸序列，这个小软件不可少
（Reference set）来计算实验组（Experimental set）中每个位置上每个氨基酸发生的几率（p 值）。因此，参考组的选择非常重要，应该反映预期的技术和生物背景。创建的参考集有三种：第一，静态参考集（static reference set）使用从 UniProt 或 Swiss-Prot 数据库中提取我们所关心物种的特异性序列来计算每个氨基酸的频率。但是，这种一般的蛋白质组参考集可能不会反映预期的生物或技术背景。第二，我们自己定义的肽序列也可作为参考组。例如，在分析来自磷酸化蛋白
可能与其他物种发生交叉反应， 除非特异性的经过交叉反应物种的吸附处理。在抗体描述中，经过其他物种的吸附处理的抗体标有“ (min X …Sr Prot) ”字样 。 Anti-IgG (H+L) 这类抗体和 IgG 分子的重链和轻链都可以反应，比如，和 IgG 分子的 Fc ， F(ab ’)2/Fab 部分。 Anti-IgG (H+L) 抗体也可以和其他的免疫球蛋白家族（ IgM ， IgA ，IgD,IgE ）和亚家族反应，因为所有的免疫球蛋白都有相同的轻链（或者 κ 链
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