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乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene, BRCA)是重要的抑癌基因与肿瘤易感基因,包括BRCA1及BRCA2。BRCA在DNA修复的同源性重组(homologous recombination)机制中扮演重要角色,BRCA基因突变会导致基因组不稳定性显著增加。胚系BRCA1/2突变(gBRCAm)将显著提高女性乳腺癌、卵巢癌以及其他癌症的发病风险。近年来的研究发现,在一小部分无胚系BRCA基因突变患者的乳腺癌或卵巢癌肿瘤组织中也可以检测到BRCA基因体细胞突变(sBRCAm)。BRCA基因也是与精准治疗密切相关的生物标志物,具有BRCA1/2突变的卵巢癌患者对铂类化疗非常敏感,预后良好,并可获益于聚二磷酸腺苷核糖聚合酶(poly ADP-ribose polymerase,PARP)抑制剂的治疗[1]。随着精准医学和靶向治疗的进展,对相关肿瘤患者血液和/或肿瘤组织进行BRCA突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病风险进行评估,帮助医师根据患者的基因状态来选取更精准的治疗方案。
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BRCA1/2基因序列较长,变异形式多样,变异位点分散遍布于2个基因的全长[2],并且不是所有的BRCA变异都会损伤蛋白质功能,因而,变异的解读是BRCA检测中一个关键的环节。BRCA基因变异解读需要依据各类信息(包括来自群体数据库、疾病数据库、文献和患者病史的信息)进行综合评判。近年来国外多个权威机构先后发布了BRCA基因变异数据解读的标准或指南。目前,我国在BRCA基因变异数据解读领域尚缺乏规范性指导。因此,中华医学会病理学分会特组织分子病理学领域的相关专家进行了充分讨论,并形成共识发布,以指导与规范我国BRCA基因检测数据的解读,推动BRCA检测在我国的临床应用。
BRCA变异类型主要包括点突变、小片段插入/缺失和大片段重排(large rearrangement)等。除BRCA基因编码区的变异外,内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰RNA剪切等方式影响蛋白质功能,因此BRCA检测必须同时覆盖编码区和相邻边界区(以±20 bp为佳)。
Sanger测序是检测BRCA基因点突变和小片段插入缺失的传统技术,也可以作为其他检测方法的补充或结果验证手段。
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文献和实验三句话读懂一篇 CNS:线粒体突变降低癌症死亡风险 57% 以上;解密大猩猩捶胸口之谜...
症类型的 ITH 的起源、驱动因素和程度知之甚少。 2021 年 4 月 7 日,英国弗朗西斯克里克研究所 Peter Van Loo 教授团队在 Cell 杂志发表研究论文 Characterizing genetic intra-tumor heterogeneity across 2,658 human cancer genomes。该研究对 38 个癌症类型的 2658 个癌症样品的全基因组进行测序,其中 95.1% 的信息量样本包含了明显的亚克隆扩展证据,同时亚克隆之间出现频繁分支
蛋白质的氨基酸序列。而不在蛋白质编码区的 SNP 仍可能影响基因剪接、转录子结合、信使 RNA 降解或非编码区的 RNA 序列。受到这种单核苷酸多态性(SNP)影响的基因表达被称为单核苷酸多态性表达(ESNP),可能发生在此基因的上游或下游。直接测序法目前很多朋友在研究 SNP 位点的时候,仍然在选用直接测序法,Sanger 测序原理为双脱氧终止法,会忠实的延伸出模板链上的碱基序列,在毛细管电泳中会依次收集各个碱基的荧光信号,SNP 则会在测序结果中出现如下套峰的情况,示例如下:图片来源:Google
酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。什么是基因组重测序(Genome Re-sequencing)全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低,人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序,实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点,以及结构变异
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