Ratio Master 荧光比率显微测量系统

三种基因表达数据的获得方法

expression ， SAGE )、 RT-PCR 等。目前，高通量检测基因组 mRNA 丰度的方法主要是 cDNA 微阵列、寡核苷酸芯片，它们的原理是相同的，即利用 4 种核苷酸之间两两配对互补的特性，使两条在序列上互补的单核苷酸链形成双链，这个过程被称为杂交。基本技术路线是：制备芯片，在一个约 1cm 2 大小的玻璃片上，将称为探针的 cDNA 或寡核苷酸片段固定在上面;从细胞或组织中提取 mRNA ，通过 RT-PCR 合成荧光标记的 cDNA ，与芯片杂交;用激光显微镜或荧光显微镜检测杂交后的芯片

基因表达数据的预处理策略

的表达水平没有改变，在时间点 2 ，上调 2 倍，而时间点 3 ，下调 2 倍，原始的比率值分别为 1.0 、 2.0 、 0.5 。在大多数应用中，需要把上调 2 倍和下调 2 倍看作是变化的相同幅度，只是方向不同。在 Ratio 空间中，时间点 1 和 2 之间的差异是 +1.0 ，而时间点 1 和 3 之间是 -0.5 ，从数学角度看，上调 2 倍的数值是下调 2 倍的 2 倍。而在 log 空间中，(为了简化，用 2 为底)，这三个数据点分别为 0 、 1.0 、 -1.0 ，上调 2 倍

基因表达数据的获取

显示红色或绿色。因此， cDNA 微阵列的实验数据反映了两个样本中基因的相对表达水平。由于 Cy3 和 Cy5 的标记效率不相等，以及存在系统噪声等原因，通常需要对 cDNA 微阵列实验中获取的原始图像数据进行归一化。例如，用 Cy3 、 Cy5 两种荧光素分别标记的一些基因的表达水平相等，那么这些点的实验结果 Cy5/Cy3 荧光强度比率值（以下称 Ratio 值）的期望值为 1 ，但由于得到的 Ratio 值往往不等于 1 ，这些实验偏差可以通过归一化来得到纠正。对微阵列进行归一化的指导