双平台全谱代谢组
1.双平台(气相色谱)技术简介 咨询请致电鹿明生物:17317724501
不同的质谱平台灵敏度及偏向性都不一样,而且不同平台之间具有互补性。LC-MS 平台对代谢物的覆盖最广、灵敏度更高,相比于 GC-MS,无需衍生处理。LC-MS 平台可以检测到的物质峰可以达到几千甚至上万,有定性信息的物质在 1000 个以上。GC-MS 可以作为 LC-MS 热稳定化合物的一种补充,一般 GC-MS 平台可以定性到的代谢物在 200 个以上。
2.双平台(气相色谱)技术流程 咨询请致电鹿明生物:17317724501
3.双平台(气相色谱)服务优势 咨询请致电鹿明生物:17317724501
4.双平台(气相色谱)应用方向 咨询请致电鹿明生物:17317724501
非靶向代谢组学又称全代谢组学对样本进行全面的、无侧重的检测,通过比较实验组和对照组样本,找出差异代谢产物,结合生物信息分析,找出富集差异通路,整合代谢网络。全代谢组旨在提供一个全面的研究视角来比较差异,通常用于标志物的筛选、分子机制研究及多组学整合分析。
5.GC-MS(气相色谱)技术特征 GC-MS技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
GC-MS是代谢组学研究的经典技术,具有技术成熟稳定、灵敏度高等特点,同时,由于具有相对完善的数据库,使得定性也更为准确可靠,缺点则主要表现在样品处理相对复杂,对于不易衍生化的物质定性和定量较困难。
6.LC-MS(气相色谱)技术特征 GC-MS技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
LC-MS 优势主要表现在样品制备和前处理简单、实验重复性好,灵敏度高,分离和分析范围广,缺点则主要表现在数据库完善程度不够,定性相对困难。
7.实验流程 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
8.分析内容 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
9.送样要求 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
10.仪器设备 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
11.数据分析 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
PCA(主成分)统计分析
主成分分析是代谢组数据常用的分析方法之一。通过主成分分析,可以了解不同代谢产物在区分不同样品中的权重,对于差异代谢产物的筛选特别是重要分子标志物的筛选具有极为重要的意义和价值。
PLS-DA(偏最小二乘法-判别分析法)统计分析
偏最小二乘法- 判别分析法(PLS-DA)是模式识别的重要方法。该方法能够从复杂的数据中最大限度地提取简化后的信息以供分析。
Cluster-heatmap聚类分析
聚类分析旨在利用数据分布的相似性进行分类,是模式识别的重要方法。该方法能够从复杂的数据中最大限度地提取简化后的信息以供分析。
代谢物功能分析
在差异代谢产物筛选的基础之上,分析代谢产物的生物学意义是代谢组学研究的最终目的。我们可以通过PCA、聚类等统计学分析结合Pathway回溯,代谢产物和蛋白/基因互作等生物信息学分析对代谢产物在生物体内的功能和作用有更深入的了解。
12.小鹿智囊 GC-MS+LC-MS双平台 技术咨询请致电鹿明生物:17317724501
1、代谢组研究相对于基因组和蛋白质组研究有什么不同之处?
主要特点包括三方面:一、基因和蛋白表达的有效的微小变化会在代谢物上得到放大,从而使检测更容易;二、代谢组学的技术不需建立全基因组测序及大量表达序列数据库;三、因为代谢产物在各个生物体系中都是类似的,所以代谢组学研究中采用的技术更通用。
2、代谢组的样品重复性有什么要求?
代谢组学基于多元统计分析方法进行的,在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品:最少6次,建议8次生物学重复;
模式动物及微生物样品:最少8次,建议10次生物学重复;
临床样品:30次生物学重复以上,如组织样品不好取样,可控制在20次重复以上。
3、靶向代谢检测平台的选择?
GC-MS和LC-MS两种平台各有优势,主要是由目标化合物的理化性质决定,GC-MS适合易挥发性、分子量不太大的化合物,而且,离子源为EI,碎片信息多,有成熟的图谱库,便于化合物检索,对于非挥发性成分则需要衍生化;而LC-MS离子源为APCI或者ESI源,适合做中等或强极性的化合物,分子量范围广,灵敏度高,前处理简单,但是LC-MS的价格要贵点,因此可以根据实际情况选择合适的检测平台。
4、代谢组数据库是商业库还是自己建的库类型?
GC-MS数据库:Nist、feihn;
LC-MS数据库:HMDB、Metlin、自建库(大连化物所-许国旺组)。
内容来源于鹿明生物