人全基因组测序检测及分析

全基因组测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的片段文库、进行双末端边合成边测序相的策略实现高通量测序，在全基因组水平上发现与疾病关联的SNP、插入或者缺失、拷贝数变异及结构变异，具有重大的科研和产业价值。

• 与顶尖测序实验室
• 与全国首家基因数据云分析平台——GCBI支持测序数据分析
• 十年科研检测服务经验

针对人类的组织，血液或者细胞样本，选择Illumina Hiseq X10标准化的测序策略，在GCBI上进行SNP/InDel/SV/CNV所见即所得的注释及深度分析。

• 人组织，细胞，血液样本——基因组DNA——测序——高质量数据——测序数据传输存储至GCBI云——质控及解析——高级分析

• DNA样本要求

样本类型	应用类型	样本要求
Illumina Hiseq X 10
DNA	HiSeq X 全基因组测序	总量≥0.5 μg； OD260/280=1.8-2.0；浓度≥50 ng/μL。 DNA完整纯净，无降解，无细胞凋亡。

• 标准的检测流程周期为35个工作日，样本数量多于10个时，项目执行周期根据实际项目规模情况确定。
• 测序数据传输与储存至GCBI云端，标准的测序数据传输速度为320GB每个小时，测序数据硬盘快递规定采用顺丰快递，一般不超过2个工作日。
• GCBI在线实验室完成SNP/InDel/SV/CNV基本解析时间为（测序数据完全上传GCBI云端后）2.5h 。

• 最终完成的样本全基因组测序数据质量符合合同要求，包括测序深度，数据质量，以及GCBI在线实验室可实现的分析内容。

在线实验室可以实现的研究目标

在线测序数据分析流程

• Fastq数据——BWA MEM比对参考基因组——Elprep/Picard去冗余——SAMtool——.vcf(SNP/InDel/SV/CNV)——单样本与参考基因组比较，单样本与单样本比较，多样本组与多样本组比较——过滤筛选结果——高级注释

• 原始测序产量报告
• 平均测序深度报告
• 样本突变频率报告
• 样本中转化与颠换比例报告
• 样本突变频率报告
• 样本中高频基因突变时间报告

• 定位分类

基因组上的突变转录后，突变位点在转录本上的定位不同进行分类，筛选出对功能有影响的突变，尤其是导致基因失去部分功能，功能改变及功能丧失的位点。

• 错义突变

快速筛选突变错义突变（非同义突变），发生在编码序列（CDS区）上，导致编码氨基酸的密码子发生改变，密码子改变导致编码氨基酸改变。

• 疾病易感分析

单核苷酸多态性（SNP），在全基因组范围内发现特定与疾病的关联的基因、单个碱基突变。

• 突变对蛋白分析

预测非同义突变对蛋白的结构和功能产生的影响，评估突变引起的氨基酸改变对蛋白质的折叠，蛋白质的互作，蛋白质的构象稳定性，从而可能影响蛋白质的功能发生改变。

• 调控区域注释

研究突变对microRNA及转录因子调控的影响。

• 临床突变分析

根据突变是否有可能致病、药物相关等因素，进行分类，对致病的（pathogenic），可能致病的（likely pathogenic）或药物相关的（drug response）变异进行后续的研究。

• 癌症体细胞突变分析

根据癌症的原发部位、病理特征及病理亚型对SNP进行突变筛选，从而为检测，治疗，预防癌症提供可靠的参考信息

• 人群分析

可以确定新生突变，罕见突变，低频突变及高频突变在人群中的分布，尤其是可以利用200例样本数据构建的中国人群数据库进行分析。

• SNP评分

根据CDS区，错义突变，终止密码子，可变剪切位点，蛋白的功能等属性，将SNP的重要性划分为5个等级，快速确定候选目标进行深度研究。

在线实验室参考数据库

数据库

NCBI数据库中dbSNP子库

NCBI数据库中Gene子库

UCSC—Phastcons20way

Ensembl数据库中SIFT子库

Ensembl数据库中polyphen子库

miRBASE数据库

TargetScan数据库

DGV数据库

Ensembl数据库HapMap子库

1000 Genomes Project数据库

1000G（中国人群）数据库

GWAS数据库

OMIM数据库

COSMIC数据库

NCBI数据库中Clinvar子库

HGMD数据库

TRANSFAC数据库