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- 2025年07月12日
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Affymetrix HTA 2.0芯片检测
研究表明，数万个人类基因组中包含了几十万个外显子，它们产生了几十万不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或者去除时，这些转录本异构体就产生了。HTA 2.0（Human Transcriptome Array 2.0）是目前分辨率最高的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万个探针，完整全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的剪切位点连接处和非编码转录本，可同时用于基因表达、可变剪接检测；另外，该芯片还收录了大量非编码RNA片段，可用于非编码RNA转录的检测。该芯片通过高效扩增方法，可以从低至50ng的总RNA起始进行高通量、低成本检测，非常适合临床样本转录组水平全面基因组研究。
探针设计
HTA2.0是目前分辨率最高的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万的探针，全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的连接处和非编码转录本。另外，为确保转录组的均一覆盖，HTA2.0对每个外显子设计约10条探针，每个外显子-外显子之间的连接处有4条探针，可保证每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。
其探针设计方式如下图所示：
技术优势
全面的转录本信息:>730万的高密度探针全面覆盖编码和非编码转录本信息。整合了多个公共数据库，包括RefSeq, UCSC, Vega, GENCODES,MGC, lincRNAs TUCPs, lincRNAdb, UCSC lincRNA, noncode.org 等，保证了HTA2.0 涵盖的探针信息更完整。
分辨率高：是目前分辨率最高的基因表达分析芯片，包含超过七百多万不同探针，每个外显子设计约10 条探针，每个外显子junction区域有4条探针，完整覆盖了编码和非编码转录本。可以检测已知的转录本及可变剪接。
全新数据分析软件（TAC）：该软件可进行基因差异表达分析和可变剪接分析；较好的图形化展示结果，可展示不同 transcript isoforms；对于关注的转录本可直接链接到公共数据库。
测序结果比较
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HTA2.0 |
RNA Seqence |
| 数据库来源 |
兼顾多个数据库，全面检测转录本 |
参考的数据库较少，会遗漏可变剪接的发生 |
| 检测准确度 |
对于低丰度基因也可准确检测 |
10-20M数据量很难检测到低丰度基因 |
| 数据分析 |
快速、全面 |
需要专业生物信息学人员 |
| 实验周期 |
较短 |
较长，花费数月时间 |
结果展示
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文献和实验alterations in cancer genomes using Affymetrix GeneChip� , high-density oligonucleotide microarrays originally developed for large-scale single nucleotide polymorphism (SNP) typing. Combined with the large numbers of SNP-specific probes, the robust algorithms
Genotyping using Affymetrix arrays
signal intensity values using GCOS 2.0 software (Affymetrix). The DM genotype calling algorithm is implemented in GenoTyping Tools (GTT) (Affymetrix) and GDAS 3.0 (Affymetrix) analysis software.(from Hajime Matsuzaki, Shoulian Dong, Halina Loi, Xiaojun Di
One》 Concordance among digital gene expression, microarrays, and qPCR when measuring differential expression of microRNAs 《Biotechniques》 补充2份文献，对多个miRNA高量平台进行了比较，如Agilent、Affymetrix、Illumina、Exiqon、NGS、Q-PCR等。研究表明，Agilent miRNA芯片是最好的miRNA芯片
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