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文献和实验相关专题 当我们得到一段蛋白质序列时,通常要做的第一步就是对其进行结构分析。现在,不少数据库和网站都会提供各种蛋白分析的工具和网站,不过,用起来怎样就必须靠运气了,下面介绍3种蛋白质结构分析的工具。 1、跨膜区预测 各个物种 的膜蛋白的比例差别不大,约四分之一的人类已知蛋白为膜蛋白。由于膜蛋白不溶于水,分离纯化困难,不容易生长晶体,很难确定其结构。因此,对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。 推荐使用
6.8的磷酸缓冲液、150 μL β-葡萄糖醛酸甙酶(3 000 U),于80℃恒温水浴中培养3 h,取出后冷却至室温。再加入3.5 mL乙醚,混旋,离心,取出有机相并于60℃水浴中挥干,残渣中加入100 μL 流动相溶解,供LC-MS/MS分析。 3.色谱及质谱条件 液相色谱:采用Cosmosil C18色谱柱(150 mm×2 mm,5μm )和Phenom enex C18预保护柱。流动相为甲醇-0.1%甲酸缓冲液(含0.02 mol/L乙酸铵) (体积比为68∶32) , 流速
程度),可以根据样品的稳定性选择相应的缓冲液,非常适合对 pH 变化、金属离子或辅助因子浓度以及大环境情况敏感的生物分子 对装柱效果要求较高,一般推荐使用预装柱 上样体积一般为特定比例的柱体积,上样体积相对受限 基本步骤 凝胶过滤层析为非吸附性层析,实验步骤主要包括平衡、上样、洗脱三步(图8)。 1.平衡:使用相应的缓冲液冲洗层析柱,使层析柱平衡至所需的实验条件中。 2.上样:将合适体积的样品通过样品环等容器加入层析柱中。 3.洗脱:使用平衡缓冲液冲洗层析柱,使加入层析柱的样品逐渐被分开
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