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TRAP

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供应商信息

广州伯信生物科技有限公司
商家诚信度:
成立时间:2011
入驻丁香通年限:7年
商家等级:金牌客户
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简介: 研究RNA与蛋白的互作;研究RNA与RNA、miRNA的互作
提供商: 广州伯信生物科技有限公司
服务名称: TRAP
地区: 全国
       TRAP(tagged RNA affinity purification)是一种检测与RNA结合的蛋白质(RBPs)的检测方法。
       
TRAP方法首先通过设计GST-MS2融合表达载体和ncRNA-MS2茎环结构串联重复载体,共转细胞获得GST-MS2融合蛋白和ncRNA-MS2融合RNA,在胞内形成GST-MS2~ncRNA-MS2与蛋白或RNA的复合体,最后裂解细胞,利用谷胱甘肽亲和琼脂糖珠子进行拉取,获得目的蛋白-RNA复合物,进一步分离纯化获得目的蛋白或目的RNA进行下一步检测分析。
技术应用及特点
  • 研究RNA与蛋白、RNA或miRNA的互作;
  • 使用伯信生物升级版环状RNA(circRNA)过表达载体,过表达效率高达1000倍以上!环化效率高达95%!
  • 可以用于低丰度ncRNA分子功能研究,获得更多互作分子;
  • 细胞内表达ncRNA分子结构及互作分子接近内源表达分子状态;

客户提供
① 新鲜组织:大于0.5g;
② 活细胞:大于107
③ RNA信息、物种信息及ID;

伯信提供
① 实验报告(实验仪器、试剂、方法、结果、结论);
② MS搜库结果或western blot显影结果;
③  
qPCR结果或测序结果。

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       TRAP(tagged RNA affinity purification)是一种检测与RNA结合的蛋白质(RBPs)的检测方法。       TRAP方法首先通过设计GST-MS2融合表达载体和ncRNA-MS2茎环结构串联重复载体,共转细胞获得GST-MS2融合蛋白和ncRNA-MS2融合RNA,在胞内形成GST-MS2~ncRNA-MS2与蛋白或RNA的复合体,最后裂解细胞,利用谷胱甘肽亲和琼脂糖珠子进行拉取,获得目的蛋白-RNA复合物,进一步分离纯化获得目的蛋白或目的RNA进行下一步检测分析。技术应用及特点 研究RNA与蛋白、RNA或miRNA的互作; 使用伯信生物升级版环状RNA(circRNA)过表达载体,过表达效率高达1000倍以上!环化效率高达95%! 可以用于低丰度ncRNA分子功能研究,获得更多互作分子; 细胞内表达ncRNA分子结构及互作分子接近内源表达分子状态;客户提供① 新鲜组织:大于0.5g;② 活细胞:大于107;③ RNA信息、物种信息及ID;伯信提供① 实验报告(实验仪器、试剂、方法、结果、结论);② MS搜库结果或western blot显影结果;③   qPCR结果或测序结果。
Exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质、脂质和各类核酸分子,尤其是miRNA和lncRNA。Exosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。        吉赛生物提供外泌体提取试剂盒,能够快速分离提取exosome RNA进行建库测序,满足外泌体mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA的不同研究需求。 技术路线  样本要求• 样品类型:血清、血浆、尿液、唾液或细胞上清液• 样品量:细胞上清液:大于15mL;血清、血浆:大于4mL。• 样品保存:细胞上清液:用无血清培养基培养细胞至80%密度后收集至RNase Free EP管;血清血浆:新鲜血液分离血清/血浆后,转移至-80冰箱。• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。• 备注:如客户已分离出外泌体,可保存-80℃,干冰运输。 测序方案分析对象:miRNA测序模式 SE50测序数据量 10Mb clean reads分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA测序模式 PE150测序数据量 10Gb clean data 生物信息分析内容circRNA分析内容  1 原始数据质控检查   2 比对结果质控检查3 基于基因表达的样品主成分分析4 差异基因表达及相关通路富集分析5 circRNA预测及鉴定6 circRNA差异分析7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析9 长链非编码RNA差异分析10 基于基因表达的通路活性分析11 转录调控活性分析及通路互作分析12 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析13 circRNA及靶向miRNA网络调控制图 miRNA分析内容  1 miRNA测序分析2 原始数据质控检查3 比对结果质控检查4 新miRNA预测5 ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piR
  酵母四杂交系统的原理是在酵母双杂交系统的基础上改进的,用来验证RNA与RNA互作分析;从本质上来说,在质粒构建过程中就是比酵母双杂交系统多了一个基因表达框。  从原理和技术路线上是将两个已知的RNA结合蛋白分别与转录因子的DNA结合domain(如LexA)和激活结构域(activation domain)分别构建融合蛋白。此外构建两个杂合RNA,各自含有二个不同的结合位点,其中一个结合位点是与已知的RNA结合蛋白结合的颈环序列。当RNA与RNA相互作用时可激活报道基因的转录和表达。① RNA结合蛋白选用噬菌体MS2被壳蛋白(MS2 coat protein),MS2 coat protein可识别RNA中的21nt的茎环序列,并与之有较高的亲和力。② 实验中需要用2个质粒表达杂合RNA,一个含有MS2 coat protein结合位点、另一个含有RNA类型的转录激活标签m26。客户提供① 互作RNA物种、名称、序列、基因ID;② 突变位点序列信息。 伯信提供① 检测报告(实验仪器、试剂、方法、结果、结论);② 载体构建过程图,测序结果;③ 互作分析结果。
ChIRP 概述    ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上,最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。   长非编码RNA(lncRNA)是长达两百个核苷酸以上的转录本,绝大多数位于细胞核内。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质,但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性,这说明lncRNA具有重要的生物学意义。在测序技术的帮助下,人们已经发现了数千种lncRNA,但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。众所周知,要了解一个分子的功能,应该去寻找它的搭档。2011年,斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术(chromatin isolation by RNA purification),该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作,被不同领域的研究者们广泛采用。   最近,Chang和同事对ChIRP进行了改造,发布了称为dChIRP(domain-specifi ChIRP)的新技术。据介绍,该技术可以在天然环境下剖析IncRNA不同结构域的功能。相关论文发表在Nature Biotechnology杂志上。非编码RNA(ncRNA)往往与蛋白质协作,生成复杂的结构,并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体(RNP)的组成和动态,Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术(RNA-directed proteomics),能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。  ChIRP( comprehensive identification of RNA-binding proteins) ——流程图  ①探针设计:设计反义寡核苷酸探针,20nt 左右;②细胞培养:ChiRP实验需要的细胞数,即2×107;采用的是标准培养基;③细胞交联及收集细胞质粒;④交联后DNA的超声破碎;⑤生物素标记的DNA探

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