蛋白质质谱鉴定MALDI-TOF/TOF

基于质谱的蛋白质鉴定，第6节：MALDI-TOF-MS蛋白和肽样品的制备

MALDI-TOF-MS最初用于等分试样（1μL或更少）样品的质谱鉴定，用于检查肽的纯度或PMF。大批量的样品测定，往往使用Edman降解法测序或ESI-MS，如四极（Q）-TOF-MS 质谱。做出以上选择的原因，主要是因为MALDI技术进行分析，上样量不能超过0.5μL。这种样品制备方法极大地限制了MALDI技术检测的整体灵敏度，并且还限制了可以分析的肽浓度，因为肽和基质共结晶过程的质量对于检测的灵敏度和准确性都非常重要。MALDI技术通常将等体积的样品和MALDI基质溶液混合，将肽混合

完整蛋白质从 SDS-PAGE 胶中的电洗脱及其 MALDI-TOF MS 分析

1. 前言 基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS) 已经被广泛应用于生 物科学中。结合十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE ) 和酶解消化，它提供了一种通过肽质量指纹谱（PMF ) 的快速、灵敏和准确鉴定蛋白质的方法通常 PMF 给出 10%~40% 的序列覆盖率。这样的覆盖率对于蛋白质鉴定来说已经足够，但它可能还不足以用来区分高度相似的蛋白质异构体。蛋白质异构体/同工酶广泛存在，它们通过 mRNA 的可变剪切或多基因家族生成。虽然它们在细胞中催化

肽质量指纹图谱—MALDI-TOF 法鉴定蛋白质

凝胶的染色（见第 16 章和第 17 章），因此适合于通过 MS 进行蛋白质鉴定。然而，整个蛋白质的 MS 不等于蛋白质的直接鉴定。要达到灵敏度高、准确度好并能访问大部分数据（ 覆盖序列），蛋白质必须由内切蛋白酶（endoprotease) 消化产生多种蛋白质的特定片段。如果内切蛋白酶有足够的特异性、数据库中有蛋白质的信息，则通过对实验样品肽质量（由内切蛋白酶消化产生、通过 MALDI-TOF 质谱检测）与数据库中所有蛋白质硅片消化的肽质量的推断比较，就能对候选蛋白质进行鉴定。 植物蛋白质组学使用