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PCR芯片片
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SABio
抗细菌反应PCR芯片可用于研究参与真菌先天免疫反应的84个关键基因的表达。三个不同家族的模式识别受体（TLRs，NLRS，RIG-I样受体）启动先天免疫，从而识别常见病原体如真菌等。在真菌感染的初始阶段，TLR、NLR和其他PRRs可以识别真菌病原体的特征分子，如ß-（1,3）-葡聚糖、甘露聚糖、几丁质。PAMP受体结合并激活先天免疫反应，启动下游信号，并诱导炎性细胞因子的表达。对真菌相关的PRRs下游信号通路的了解还不全面，但最近的芯片研究发现了许多真菌感染初始阶段的基因。这一芯片包含了参与真菌病原体识别的PRRS，代表其下游的信号转导通路的基因，以及对白色念珠菌、曲霉菌或隐球菌感染反应有关的基因。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测抗真菌反应相关基因的表达，研究对真菌病原体的先天免疫的机制。
Fungal Pattern Recognition Receptors (PRRs): Beta-Glycan Responsive: CD36, CD5, CLEC7A (Dectin-1), ITGAM, ITGB2, SCARF1, TLR2. Mannose/Chitin Responsive: CD207, CD209, CHIA, CLEC6A (Dectin-2), MRC1, TLR2, TLR4. Other: COLEC12, NLRP3, NPTX1, PTX3, TLR9. Signal Transduction: Dectin-1 Signaling Pathway: BCL10, CARD9, CLEC7A (Dectin-1), MALT1, PLCG2, RAF1, SYK. NF?B Signaling Pathway: BCL10, CARD9, CASP1 (ICE), CASP8 (FLICE), CD40 (TNFRSF5), IKBKB, IL10, IL1B, IRAK1, IRAK4, MALT1, MAP3K7 (TAK1), NFKB1, NFKBIA (IkBa/MAD3), STAT1, TNF. Toll-like receptor (TLR) Signaling Pathway: CASP8 (FLICE), CD14, FOS, IRAK1, IRAK4, ITGB2, JUN, MAP2K4 (JNKK1), MAP3K7 (TAK1), MAPK14 (p38 MAPK), MAPK8 (JNK1), MYD88, NFKB1, TIRAP, TLR2, TLR4, TLR9, TRAF6. Complement Signaling Pathway: C3, C5AR1 (GPR77), ITGAM, ITGB2, LYN, MBL2, SYK. Nod-like Receptor (NLR) Signaling Pathway: CARD9, CASP1 (ICE), NLRP3, PYCARD (TMS1/ASC). Inflammation: C3, CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD40 (TNFRSF5), CLEC7A (Dectin-1), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), F3, FOS, IL10, IL1A, IL1B, IL2, IL23A, IL6, IL8, ITGB2, LYN, MBL2, MYD88, NFKB1, PTGS2 (COX-2), TIRAP, TLR2, TLR4, TLR9, TNF.
Phagocytosis: C3, CD14, CD36, CLEC7A (Dectin-1), COLEC12, FCGR1A, FCN1, MBL2, SFTPD. Genes Responsive to Specific Pathogenic Fungi: Candida albicans: CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD209, CD83, CLEC6A (Dectin-2), CLEC7A (Dectin-1), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), FCGR1A, FCGR3A, IFNG, IL12B, IL18, IL1A, IL1B, IL1R1, IL23A, IL6, IL8, MYD88, NFKB1, PTGS2 (COX-2), SOCS3, TLR2, TNF. Aspergillus fumigatus: C3, CASP1 (ICE), CASP8 (FLICE), CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD40 (TNFRSF5), CD83, CLEC6A (Dectin-2), CLEC7A (Dectin-1), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), F2RL1, F3, FCGR1A, FCGR2A, FCN1, IFNG, IL10, IL12A, IL12B, IL18, IL1A, IL1B, IL1R1, IL6, IL8, JUN, MALT1, MAPK14 (p38 MAPK), MBL2, MYD88, NFKBIA (IkBa/MAD3), PTGS2 (COX-2), PTPN6, PTX3, SFTPD, SOCS3, ST3GAL5, STAT1, SYK, TLR2, TLR4, TLR9, TNF. Cryptococcus neoformans: C3, CD5, CCL2 (MCP-1), CD40 (TNFRSF5), SOCS3.
Fungal Pattern Recognition Receptors (PRRs): Beta-Glycan Responsive: CD36, CD5, CLEC7A (Dectin-1), ITGAM, ITGB2, SCARF1, TLR2. Mannose/Chitin Responsive: CD207, CD209, CHIA, CLEC6A (Dectin-2), MRC1, TLR2, TLR4. Other: COLEC12, NLRP3, NPTX1, PTX3, TLR9. Signal Transduction: Dectin-1 Signaling Pathway: BCL10, CARD9, CLEC7A (Dectin-1), MALT1, PLCG2, RAF1, SYK. NF?B Signaling Pathway: BCL10, CARD9, CASP1 (ICE), CASP8 (FLICE), CD40 (TNFRSF5), IKBKB, IL10, IL1B, IRAK1, IRAK4, MALT1, MAP3K7 (TAK1), NFKB1, NFKBIA (IkBa/MAD3), STAT1, TNF. Toll-like receptor (TLR) Signaling Pathway: CASP8 (FLICE), CD14, FOS, IRAK1, IRAK4, ITGB2, JUN, MAP2K4 (JNKK1), MAP3K7 (TAK1), MAPK14 (p38 MAPK), MAPK8 (JNK1), MYD88, NFKB1, TIRAP, TLR2, TLR4, TLR9, TRAF6. Complement Signaling Pathway: C3, C5AR1 (GPR77), ITGAM, ITGB2, LYN, MBL2, SYK. Nod-like Receptor (NLR) Signaling Pathway: CARD9, CASP1 (ICE), NLRP3, PYCARD (TMS1/ASC). Inflammation: C3, CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD40 (TNFRSF5), CLEC7A (Dectin-1), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), F3, FOS, IL10, IL1A, IL1B, IL2, IL23A, IL6, IL8, ITGB2, LYN, MBL2, MYD88, NFKB1, PTGS2 (COX-2), TIRAP, TLR2, TLR4, TLR9, TNF.
Phagocytosis: C3, CD14, CD36, CLEC7A (Dectin-1), COLEC12, FCGR1A, FCN1, MBL2, SFTPD. Genes Responsive to Specific Pathogenic Fungi: Candida albicans: CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD209, CD83, CLEC6A (Dectin-2), CLEC7A (Dectin-1), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), FCGR1A, FCGR3A, IFNG, IL12B, IL18, IL1A, IL1B, IL1R1, IL23A, IL6, IL8, MYD88, NFKB1, PTGS2 (COX-2), SOCS3, TLR2, TNF. Aspergillus fumigatus: C3, CASP1 (ICE), CASP8 (FLICE), CCL2 (MCP-1), CCL20 (MIP-3A), CCL5 (RANTES), CCR1, CD14, CD40 (TNFRSF5), CD83, CLEC6A (Dectin-2), CLEC7A (Dectin-1), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CXCL1, CXCL10 (INP10), CXCL11 (I-TAC/IP-9), CXCL2, CXCL9 (MIG), F2RL1, F3, FCGR1A, FCGR2A, FCN1, IFNG, IL10, IL12A, IL12B, IL18, IL1A, IL1B, IL1R1, IL6, IL8, JUN, MALT1, MAPK14 (p38 MAPK), MBL2, MYD88, NFKBIA (IkBa/MAD3), PTGS2 (COX-2), PTPN6, PTX3, SFTPD, SOCS3, ST3GAL5, STAT1, SYK, TLR2, TLR4, TLR9, TNF. Cryptococcus neoformans: C3, CD5, CCL2 (MCP-1), CD40 (TNFRSF5), SOCS3.
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文献和实验相关实验
基因芯片技术具有快速多样、微型化和自动化等特点在生物医学领域广泛的应用。但由于其基本原理是基于核酸杂交技术，有着内在的缺陷，实验的敏感性和重复性都存在一定问题。核酸杂交较适合于检测基因的表达，不易检测基因组DNA的基因的重排，突变和缺失。而大多数肿瘤性疾病和一些遗传变异和表型的改变与后者有关。为了解决上述问题，我们将芯片技术与荧光PCR技术相结合，设立设计一种含有大量微反应池的PCR基因芯片，以期能快速、准确的对基因的重排，突变和缺失等基因变异进行检测。常规PCR反应产物的检测是电泳后观察获得
PCR芯片，研究者可以同时研究大量基因，既可以进行某些特别感兴趣的信号通路的研究，也可以作为验证芯片结果的方法。 为了获得理想的实验结果，PCR芯片面临以下挑战：高特异性，高灵敏度和可重复性。高灵敏度或低检出限，在样品的总RNA量少，基因表达量低的情况下，也能检测出目的基因。高特异性，扩增产物严格保证基因特异性，避免非特异性产物，如引物二聚体的产生。可重复性，通过标准化的反应体系和实验方法，使得多人多次重复实验均能获得可靠的基因定量结果。 PCR芯片实验操作步骤 采用PCR芯片进行实验只需
视频要点如下： 1. 荧光定量的基础介绍 2.什么是PCR array 3.PCR array 数据解读
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抗真菌反应PCR芯片Antifungal Response PCR Array
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