iTRAQ定量蛋白质组学的优缺点

iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）是基于质谱的同位素标记定量蛋白质组学技术，广泛应用于多样本、复杂生物体系中的蛋白定量研究。iTRAQ技术通过对肽段进行同位素标记，使不同样本来源的肽段在MS1级别表现为相同的质量（同位素等质量标签），在MS/MS碎裂后释放出不同质量的报告离子，从而实现多通道的相对定量。

iTRAQ定量蛋白质组学标准流程包括：

1、蛋白提取与酶解（通常为胰蛋白酶）；

2、不同样本用不同iTRAQ试剂标签；

3、混合样本进行分离、富集和LC-MS/MS分析；

4、基于MS/MS报告离子强度进行定量。

 

 

一、iTRAQ定量蛋白质组学的主要优势

1、多通道并行定量（高通量）

iTRAQ最显著的优势在于一次实验可同时定量多达8个（甚至10个）样本，极大提升了实验效率，降低了批次间变异。适用于对比多个生物条件或时间点的动态蛋白变化。在疾病模型中，研究不同处理组的蛋白表达变化，iTRAQ能显著减少样本间处理差异，提高比较的可靠性。

 

2、高灵敏度与覆盖结合高分辨率质谱平台（如Orbitrap或QTOF），iTRAQ能够检测并定量上千个蛋白，包括低丰度蛋白和膜蛋白，适用于组织、体液等复杂样本。

 

 

3、数据整合性强

由于样本在标记后混合处理，实验流程高度一致，有助于减少实验误差，便于跨样本比较与数据归一化分析，适合构建差异蛋白表达谱和生物标志物筛选。

 

二、iTRAQ定量蛋白质组学的主要局限性

1、存在报告离子干扰（Ratio Compression）

iTRAQ的定量依赖于MS/MS阶段释放的报告离子，但由于共碎裂现象（co-isolation/co-fragmentation），非目标肽段的共存会导致信号混淆，造成比值压缩（Ratio Compression），从而低估真实表达差异。对策：使用窄窗口多级质谱（如MS3）或更高选择性的质谱平台（如Orbitrap Fusion Lumos）以降低干扰。

 

2、标记成本较高

相比Label-free或TMT等方法，iTRAQ试剂价格昂贵，且对质谱平台要求较高，因此整体成本较高，不适合预算有限或样本量极大的研究项目。

 

3、定量准确性受限于质谱条件

iTRAQ定量的准确性高度依赖于质谱的分辨率与动态范围，尤其在复杂样品中，信噪比低或肽段重叠会影响结果的重现性。此外，样品前处理过程中肽段的损失、标签效率差异也可能引入偏差，需优化酶解、标记与清洗步骤。

 

4、无法追踪标记前蛋白信息

iTRAQ是在肽段层面进行标记，蛋白酶解后信息丢失，因此不适合用于追踪蛋白翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化）的位置变异，需结合其他PTM富集策略。

 

三、iTRAQ定量蛋白质组学适用场景总结

 

 

百泰派克生物科技的iTRAQ服务优势

百泰派克生物科技构建了全流程质控+高分辨率平台支持的iTRAQ定量蛋白组学服务体系，核心优势包括：

 

• 专业样本预处理流程，保障蛋白提取效率与完整性；
• 基于Orbitrap质谱系统，提供高精度、低偏差的定量结果；
• 生物信息分析团队支持，从原始数据到生物学解读一站式交付；
• 提供多种定量策略组合，支持iTRAQ+PTM富集、iTRAQ+代谢组学联合分析等多维解决方案。

 

iTRAQ定量蛋白质组学凭借其高通量、高灵敏度的特点，在生命科学研究中扮演着重要角色。然而，它的使用也需结合实验目的、预算和数据精度要求进行权衡。通过与专业服务平台合作，如百泰派克生物科技，科研人员可以最大限度地发挥iTRAQ技术的优势，为疾病机制研究、药物靶点发现和生物标志物筛选等方向提供坚实的数据支持。

 

 

 

百泰派克生物科技特色项目

 

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

 

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

 

 

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

 

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

 

 

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

 

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

 

 

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

 

 

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

 

 

百泰派克生物科技七大检测平台

 

 

 

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!