多部位胃癌及匹配的癌旁组织组合芯片

GUT：国家癌症中心崔巍联合多组学技术团队发表血清代谢组肠癌早筛新机制

：四个研究队列（发现队列、建模队列、验证队列、血清和粪便匹配队列），每个队列中均有不同数量的正常人群（蓝色）、腺瘤（红色）和 CRC 患者（绿色）样本。 2、非靶代谢组分析：血清和粪便样本中提取的代谢物，进行 LC-MS 非靶代谢分析 3、靶向代谢物分析:血清中游离胆汁酸和脱氧胆汁酸 4、宏基因组测序和分类：提取粪便样本 DNA，使用鸟枪法进行宏基因组测序，并进行肠道微生物组的分类和功能分析。 5、空间代谢组分析：9 对人类结直肠组织样本（包括晚期腺瘤或 CRC 以及癌旁组织）进行 AFADESI

杂交测序(sequencing by hybridization，SBH)

上特定位点的碱基特征。所以在实际操作中，杂交必须保证能够区分完全匹配和不完全匹配的探针。如果芯片 上包含72个碱基长度的寡核苷酸探针的所有可能组合和未知的检测DNA序列杂交，理论上，检测核酸任意，1个连续碱基区段都能找到互补的固定探针并与之杂交，称之为完全匹配杂交。其杂交信号比含错配DNA的杂交信号强，根据完全匹配杂交探针的重叠序列排列，重组探针，再现检测核酸的序列，这种方法就是杂交测序。 SBH所选择探针的碱基个数受杂交技术的发展限制，也和所检测的核酸复杂度有关。选择的长度至少必须有一定

消化病学领域内基因芯片技术的应用（一）

8和钙黏蛋白在原发癌灶中的表达受到抑制。基质金属蛋白酶家族中只有MMP7在原发胃癌癌灶中有差异的表达。 （三）其他疾病的研究 上海市消化病研究所采用包含8 464项人体细胞基因的cDNA基因表达谱芯片对107例非萎缩性胃炎、117例萎缩性胃炎和12例分化型胃癌的癌灶组织、癌旁组织以及远离癌灶组织的胃霸膜基因表达谱进行分析。系片杂交资料用C1uster/Tree View进行聚类分析。结果所有分析的样本的基因表达类型被归属3类，即相对正常胃黏膜类(非萎缩性胃炎和远离癌灶黏膜)、癌前状态类(萎缩性胃炎和癌