分子对接、动力学模拟技术服务

靶向 GP2 蛋白的埃博拉病毒抑制剂虚拟筛选策略

埃博拉病毒（EBOV）复制周期中的关键步骤会涉及到病毒糖蛋白 2（GP2）的构象改变，从而促进宿主 - 病毒膜融合，释放病毒基因组的过程。这个蛋白的作用和 HIV 的 GP41 的作用机制类似。这篇文章针对 EBOV 的 GP2 蛋白为靶点进行虚拟筛选，所选用的分子库包含大约 170 万个分子，使用传统的 DOCK 软件进行对接，从排名前列的化合物中，选出 165 种购买并进行生物活性检测，发现了 4 个良好的候选化合物，其 IC50 在 3 - 26uM 之间。在随后的分子动力学模拟中，发现

分子对接从入门到进阶：“这5张图你必须看懂”！

分子对接（Molecular Docking）是药物设计、蛋白质工程、生命科学领域最常用的计算技术之一。但你真的看懂对接结果图了吗？有些做完对接为什么还要跑分子动力学（MD）？本文将基于典型科研案例，逐图拆解分子对接的“看图要点”与“技术边界”，帮助你从入门到进阶。 一、什么是分子对接？—— 电脑模拟的“锁与钥匙” 分子对接是一种基于计算机模拟的理论方法，旨在预测两个或多个分子（如小分子配体与蛋白质受体）之间的结合模式和亲和力。 用一个经典的比喻来理解： ●生物大分

TFPI的蛋白质工程

亚结构域(即LDLRA3～LDLRA7)为配体结合所必需。减弱TFPI与LRP分子间作用力，可以减少TFPI在肝脏的代谢。     从美国国家生物技术信息中心的蛋白质结构数据库获取TFPI的K3结构域和LRP的C3亚结构域的空间结构解析数据，以此为基础，在SGI  02计算机工作站上，应用InsightⅡ软件包进行K3+C末端的同源模建，并将其与LRP的C3亚结构域进行分子对接，搜索K3+C末端分子中距离分子间相互作用面最近的极性氨基酸残基。结果发现TFPI的K241、K254、K260和K261