服务升级「全基因组甲基化测序WGBS」

全基因组甲基化测序通常有WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing）和EM-seq（Enzymatic Methyl-seq），分别通过重亚硫酸盐和酶处理结合高通量NGS测序，对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的检测方案，广泛用于人、动植物、鱼类及其他低等物种的全基因甲基化研究。艾斯基因建立双转化平台和双质控体系，提供全类型样本甲基化解决方案：包括细胞、全血、新鲜冷冻组织、病理切片FFPE、血浆cfDNA及其它复杂及微量临床样本等。

技术特点

• 单碱基分辨率，金标准方案；

• 全基因组范围检测；

• 无偏向检测、创新性研究；

• 超低样本起始量，低至500ng建库；

• 适合所有临床样本，全部有参物种，全部样本类型；

 

数据质控

• 重亚硫酸盐转换率＞99%（双质控）；

• pUC19过转化率＜5%（双质控）；

• 更高的比对率：平衡BS文库测序，Q30>80%，比对率 >70% (人和模式动物)。

 

应用领域

01 甲基化谱研究（临床样本）

（艾斯合作文章）

文章标题：人类疱疹病毒和感染后前体病变胃组织的基因组结构

发表期刊：Genome Medicine (IF=12.3)

技术平台：WGBS、RRBS、WES

样本类型：25例EBV阳性胃癌患者（EBVaGCs）的唾液、胃粘膜、癌前病变和肿瘤组织

研究结果：通过全基因组甲基化测序，发现正常胃黏膜组织和轻度不典型增生（LD）的甲基化谱较为相似，但两者与EBVaGCs有显著差异。相对于正常组织/LD，EBVaGCs中存在6316个差异甲基化区域（DMRs)，其中99.8%处于高甲基化状态。在所有高甲基化区域里，66.44%与启动子区域重叠。EBVaGCs中Ras GTPase激活蛋白（RasGAP）家族的RASA3、RASA4、RASAL3基因启动子区域均为高甲基化状态，提示这些基因表达沉默可能会促进Ras的激活从而激活下游PI3K-Akt通路，以进一步驱动肿瘤的发展。

 

图1研究流程设计

02 疾病机制研究（小鼠样本）

（艾斯合作文章）

文章标题：TET2通过尿素循环抑制mTORC1信号传导并具有治疗潜力 发表期刊：Cell Discovery（IF = 13.0) 技术平台：WGBS、RNA-seq 样本类型：野生型与TET2缺失型小鼠肝细胞 研究结果：WGBS分析显示TET2敲除细胞中许多基因的甲基化水平在多个生物途径中异常调控，体外实验及mRNA结合位点的映射进一步验证了TET2通过mRNA氧化影响尿素循环酶表达的机制。这些发现为理解TET2在细胞代谢调控中的作用提供了新的见解。

图2 DNA去甲基化酶TET2通过mRNA氧化抑制尿素循环

03 植物机制研究（植物样本）

（艾斯合作文章）

文章标题：DNA甲基化在核桃与核桃楸亚基因组表达优势中的作用 发表期刊：Plant Physiology (IF=8.6) 技术平台：WGBS、RNA-seq 样本类型：核桃和核桃楸的叶片和青果皮 研究结果：将两个物种的基因组划分为显性亚基因组（DS）和随从亚基因组（SS）。将同源基因表达水平、DNA甲基化修饰水平、基因附近四大类型转座子密度、基因所对应前体mRNA发生的可变剪接事件进行联合分析，发现DNA甲基化修饰可能通过修饰LTR/TIR/non-TIR这三种类型的转座子、提高对应前体mRNA的可变剪接效率，从而导致同源基因对的偏向表达。该研究结果有助于了解多年生木本植物亚基因组表达优势的表观遗传学基础及环境适应性的分子基础。

图3 核桃和核桃楸的亚基因组信息

04 非常规物种机制研究（蟑螂）

（艾斯合作文章）

文章标题：5mC修饰通过防止延长ftz-f1表达来协调绒毛膜的发生和受精 发表期刊：Nature communications (IF=16.6) 技术平台：WGBS、RNA-seq、NGS-BSP等 样本类型：德国小蠊雌性成虫的六个组织部位（头、腿、中肠、卵巢、胸腔和被膜）、第一生殖期(8天)的卵巢、dsCK和dsDnmt1处理后的卵巢组织 研究结果：Dnmt1的敲除降低了卵巢中5mC的水平，上调了绒毛膜发生过程中的许多基因，尤其是转录因子ftz-f1。在卵巢卵泡细胞中，ftz-f1启动子区域的低甲基化增加并延长了ftz-f1的表达，从而导致20-羟基蜕皮激素(20E)水平异常升高和基质金属蛋白酶(Mmp1) 基因的表达显著上调，引起卵泡细胞的异常、绒毛膜蛋白的缺乏和海绵体的畸形而进一步损害绒毛膜的形成和破坏受精。这项研究极大地促进了对DNA 5mC修饰如何调节昆虫雌性生殖的理解。 图4 Dnmt1介导的5mC维持是绒毛膜形成和受精不可缺少

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专业优势

艾斯基因已经成功完成对临床样本，大小鼠，猪，大豆，食蟹猴，牛，拟南芥，水稻，桃，白菜等近百个物种进行全基因组甲基化测序分析，是国内最大的表观组学甲基化服务商。

项目经验丰富

每年服务100+海外和国内企业及200+高校和医院等客户，拥有50000+例甲基化服务项目，拥有30天极速交付高效周期。

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专注表观组学15年，助力客户在Nature Communications、Genome Biology、Cell Research等国际期刊上累计发表50余篇论文。

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艾斯基因有专业的技术与生信分析团队，项目配备一对一专项解答，确保项目圆满结题。

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