CO-IP后做质谱实验分组的设计

免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）是利用固定在磁珠或琼脂糖树脂等基质上的特异性抗体对抗原进行小型亲和纯化的一种方法。免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一种常用的鉴定蛋白-蛋白相互作用的方法，通过使用诱饵蛋白（IP中的抗原，bait protein）特异性抗体间接捕获与其结合的靶蛋白（prey protein）。

 

在免疫沉淀串联质谱（IP-MS）实验过程中，质谱检测环节对于实验组和对照组是一致的，其差异主要体现在IP实验环节，在进行Co-IP后做质谱实验分组的设计时，重点需要明确IP环节中的实验阳性对照和阴性对照。

 

对照组的设置是最关键的环节之一，控制变量是对照组设置的重要原则，在IP-MS实验设计中亦是如此。阳性对照的目的是证实细胞裂解物中确实存在靶蛋白（IP）或者互作蛋白对（Co-IP，比如诱饵蛋白X和靶蛋白Y），即为常说的input。可直接取抽好的蛋白溶液进行Western。

 

IP/Co-IP 后靶蛋白或者互作蛋白对都检测到了，为了排除假阳性的结果，还得做个阴性对照。需要考虑到整个实验体系会出现beads、抗X抗体、诱饵蛋白X、靶蛋白Y（Co-IP）。同时，为了避免单次实验的偶然误差，尽可能增加重复实验次数，这对于筛选出高可信度的相互作用蛋白尤为重要，并且会大大降低后期蛋白相互作用验证的工作量。所以整体来看，增加了结果可靠性。

 

此外，内源性Co-IP实验分析如果最终结果为阳性，则可以证明两个蛋白之间存在相互作用；但是结果为阴性，是否两个蛋白就一定不发生相互作用了呢？也不一定。有可能是两个蛋白是弱相互作用力，这时候可能需要交联剂协助，锁定强化弱互作蛋白；也有可能是内源蛋白表达量低，可先做过表达Co-IP作为对照。

 

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其他服务项目

 

优质检测平台

（1）基于生物化学、分子生物学、色谱的检测分析平台

该平台配备了Agilent 2100 生物分析仪、ProteinSimple凝胶成像系统、高效液相色谱系统，为蛋白质组学、代谢组学分析保驾护航，包括样品制备、分离纯化分子量测量、杂质表征表达研究等:

（2）基于质谱技术的蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白测序平台

该平台配备了超高效液相色谱质谱联用，Orbitrap Fusion Lumos Tribri,Thermo Scientific Exploris以及氢气交换质谱仪配合机械臂为蛋白贡组学、代谢组学和蛋白测序提供了全面的分析手段，包括蛋白质和代谢物的分离、质谱分析、结构分析以及动态信息研究;

（3）生物药物表征平台

该平台配备了DSC-FTRR差示扫描量热仪与傅立叶变换拉曼光谱仪，氢气交换质谱仪配备机械臂，为生物药物表征提供了全面的分析手段，包括生物药物的分离、纯化、结构分析和动态信息研究:

（4）基于10x Genomics的单细胞分析平台

该平台能够完成基于10x Genomics单细胞分析平台的检测流程包括单细胞分选、cDNA合成、文库制备、文库质量检测、PCR扩增以及高通量测序;

（5）基于Fluidigm的单细胞质谱流式检测平台

采用基于Fluidigm Helios流式细胞仪(Mass Cytometry Systemfor Single Cell Analysis)用于单细胞质谱分析，该平台能够完成包括单细胞捕获、cDNA合成、实时定量PCR分析、目标区域扩增以及质谱流式细胞分析;

（6）基于高精度质谱的免疫多肽组学及免疫学检测平台

基于高精度质谱的免疫多肽组学及免疫学检测平台，能够完成包括多肽分离、纯化、合成、质谱分析、免疫学检测以及分子相互作用研究;

（7）生信云平台

基于生物信息分析方法的生信云平台，能够完成一整套的生物信息学解决方案，包括组学数据的质量分析、差异表达分析、差异表达物GO、KEGG、COG注释分析、聚类分析、相互作用网络等多层次网络和通路的分析。

 

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